本頁面記載《百日戰紀-最終防衛學園-》中二週目的各分支與劇情。
遊戲二週目共包括16個章節（Chapter00~Chapter15），21個篇章，100個結局。
Chapter00 真相大白篇
結局01 再見了最終防衛學園[1]
 以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
回到第2天晚上的澄野首先見到的是具象化後的聖嬰，將一切告知了對方。考慮到上一週目聖嬰所言的「打破禁忌穿越回過去可能會發生意想不到的改變」，澄野的異血之力使所有人（包括侵校生在內）體內的異血之力都得到了增強。澄野詢問了當前是什麼時候，隨即意識到當天晚上蒼月將要襲擊SIREI。 來到體育館後澄野發現下一秒蒼月就要得手了。將一切全盤托出後實力劇增的澄野輕鬆薄紗了蒼月。SIREI對蒼月的背叛表示非常氣憤，隨即就在復活機的資料庫中刪除了蒼月的DNA這樣一來他將再也無法復活。此時聖嬰的具象化也現身並將澄野的情況告訴了SIREI。現在，澄野將決定蒼月的生與死...... 【分歧點：要如何處置蒼月衛人？選擇：將他關押起來】（若選擇「給出致命一擊」則進入Chapter14/15） SIREI表示OK，用無人機運走了蒼月將他關押在庭院內的籠子裡。第3天SIREI將同學們召集並告訴他們蒼月一事，當提到體內湧現出莫名的能量時，SIREI表示和澄野有關，眾人也很想知道澄野是如何知道蒼月要背叛一事，面對同學們的目光，澄野決定...... 【分歧點：要向大家坦白嗎？選擇：坦白】（若選擇「不坦白」則進入Chapter13）
澄野決定向大家坦白一切，並與每位同學分別進行了交流，大家紛紛表示願意參戰。第4天，SIREI提前開放了所有教室，並任命澄野為隊長，隨後SIREI與澄野先後與被關押的蒼月進行了交談。後幾日，同學們繼續著日常與訓練，然而澄野卻隱約覺得SIREI似乎隱瞞了什麼，SIREI也因出現了澄野這一意外因素而向「全人類的整體意見」請求指示。 第7天，澄野所「預言」的襲擊如期而至。在迎戰第一部隊長——秩序之化身-穆翁時，大家目擊了一位披著斗篷的神秘人，澄野推測其可能為回到過去後歷史發生的改變，且因為異血能力增強的影響，現在所有人都能聽懂侵校生部隊長所說的話了。穆翁被擊敗後，告訴澄野我驅力是屬於他們侵校生的力量，令澄野感到不解。此時SIREI連上通訊並讓澄野等人儘快完成處刑。
為了增加戰力，澄野打算趕在第十天（上一週目第二學園遭遇大規模襲擊導致最終失去了喪白萌子的那天）之前將第二防衛學園的同學們都接過來，趕到時（第8天）卻發現第二學園已經遇襲。奄奄一息的面影將現狀告訴了澄野，目前其餘情況與上一週目一致，霧藤希與萌子正在前往敵營準備奪回NIGOU。 然而此時SIREI那邊也傳來了急報，最終學園那裡侵校生也提前發動了新一輪大規模攻擊。SIREI希望澄野他們能夠儘快回防避免學園被攻陷，此時的澄野陷入了糾結之中...... 【分歧點：我該營救哪一方？選擇：營救第二防衛學園】（若選擇「營救最終防衛學園」則進入Chapter12 諾莫科巴篇） 且不論想要幫助霧藤希（嘉琉亞）的心情，這一次如果拋棄這邊不管的話說不準還會發生什麼，而最終學園那裡實力增強的眾人應該足以應對襲擊吧。澄野決定營救第二防衛學園，於是便與隊員們向侵校生的營地進發。在找到霧藤後，眾人一起發動進攻，在銀崎高達的幫助下成功使被敵方洗腦的萌子脫離了控制，最終擊敗了原第五部隊長信仰之化身-帕彌思。
【分歧點：要說出霧藤希的事嗎？選擇：說】（若選擇「不說」則進入Chapter11 青春篇）
【分歧點：要讓誰做敢死隊員？選擇：兇鳥狂死香】（若選擇「厄師寺猛丸」則進入Chapter10 領袖魅力澄野篇；若選擇「川奈翼」則進入Chapter10 維希涅斯篇）
第15→16天，大鈴木與霧藤和好。銀崎解鎖新記憶，萌子將兇鳥的珍愛之物帶回，兄妹之間出現隔閡。
第21天晚上第六部隊長 自然之化身-依娃來襲。 【分歧點：該怎麼處置依娃？選擇：俘虜她】（若選擇「給出致命一擊」則進入Chapter09） 澄野與被關押的依娃交談卻被擊暈隨後失去了一部分記憶。依娃被SIREI帶去了醫務室。
【分歧點：要讓她破壞NIGOU嗎？選擇：讓她破壞】（若選擇「阻止她破壞」則進入Chapter08 休閒篇）
【分歧點：我該救誰呢？選擇：丸子樂】（若選擇「大鈴木夢羅」則進入Chapter07 選擇篇）
【分歧點：要不要讓他成為同伴？選擇：要】（若選擇「不要」則進入Chapter06 連續防衛篇）
【分歧點：要殺死蒼月衛人嗎？選擇：不殺】（若選擇「殺」則進入Chapter05 遍地蒼月篇）
【分歧點：該怎麼處置依娃？選擇：交給銀崎】（若選擇「保護依娃」則進入Chapter04 依娃篇）
【分歧點：要為人類戰鬥嗎？選擇：戰鬥】（若選擇「不戰鬥」則進入Chapter03 獨裁政權篇）
【分歧點：要接納蒼月衛人嗎？選擇：接納】（若選擇「不接納」則進入Chapter02 告別蒼月篇）
【分歧點：要和SIREI戰鬥嗎？選擇：戰鬥】（若選擇「不戰鬥」則進入Chapter01 重啟篇）
|
Chapter01 重啟篇
結局02 歡迎來到最終防衛學園
在真相大白篇Day100，進行選擇：
【分歧點：要和SIREI戰鬥嗎？選擇：不戰鬥】
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
|
最後一切計畫如期進行。為卸下毀滅生命的罪惡感等心理重擔，全員在返回後自願?接受了SIREI的記憶改寫部分同學原先設定中的消極記憶全部被改成了積極的。霧藤希（唯一倖存的人類）與十一位同學們將一起在被不滅之火蕩平後沒有其他生命存在的弗特盧姆星球上開始全新的生活。 |
Chapter02 告別蒼月篇
結局03 最後的心願
在真相大白篇Day82，進行選擇：
【分歧點：要接納蒼月衛人嗎？選擇：不接納】
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
|
眾人不願接納蒼月，蒼月只好獨自離開，臨走前SIREI交給他一顆不滅之火炸彈，稱如果維希涅斯來殺他，希望能在被吸收異血之前引爆它。蒼月徒步走到第二防衛學園，兩天後蒼月遇到了一批被侵校生追殺的弗特盧姆人，蒼月對其伸出援手，引導他們到學園內避難，之後在和一位小女孩的對話中理解了他們的苦衷。第二天侵校生大舉進攻學園，蒼月讓弗特盧姆人逃跑，自己一個人拖住侵校生，隨後引爆炸彈與侵校生同歸於盡。在臨死之前，蒼月回想起了自己要求SIREI改寫的與大家在一起的快樂回憶，並希望其他同學能在戰鬥中獲得勝利，迎來幸福。 |
Chapter03 獨裁政權篇
結局04~06
在真相大白篇Day77，進行選擇：
【分歧點：要為人類戰鬥嗎？選擇：不戰鬥】
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
【分歧點：要與混沌軍結盟嗎？選擇：結盟】（若選擇「不結盟」則進入結局004）
蒼月與澄野認為佳繆是維希涅斯設置的陷阱，於是打算把她抓起來，在一片混亂中佳繆刺死了霧藤希後又被澄野所殺。最後澄野等防衛隊員只得在人類與弗特盧姆星的戰爭中夾縫生存。
佳繆逝去後弗特盧姆人失去了領袖開始內戰，地球軍也加入了戰爭局勢一片混亂。繼承了佳繆的遺志的霧藤與澄野開辦了一所學校，希望向更多人傳遞愛與和平。
15年後，澄野與佳繆成功在弗星與地球的各方勢力間翰旋，最終達成了停戰協議，實現了霧藤的心願。 |
Chapter04 依娃篇
結局07、08
在真相大白篇Day63，進行選擇：
【分歧點：該怎麼處置依娃？選擇：保護依娃】
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
|
澄野決定保護依娃，部分同學支持部分反對，銀崎在糾結之後仍持刀衝向了依娃，卻被陷入混亂中的依娃反殺並被吸收了異血。之後依娃陷入了昏迷，醒來後仍保持著洗腦的狀態不記得自己殺死了銀崎，眾人先將依娃當作俘虜繼續關押，打算殺掉依娃的聲量也逐漸變大... 澄野後續時不時地來看望依娃，並通過複述從她口中得知的女兒「佳繆」喚醒了依娃原本的記憶。澄野與恢復記憶後的依娃進行了許多交流加深了彼此之間的理解，最終決定在SIREI將被修好的第71天之前偷偷放走依娃。 誰知翼神提前修好了SIREI，並使得它注意到了澄野的背叛行為，在第70天澄野即將放跑依娃時帶著幾位同學現身。千鈞一髮之際早已逃跑的蒼月丟了顆閃光彈讓澄野與依娃獲得了逃跑的機會。 澄野與依娃出逃前蒼月將裝備與行囊交給他們隨後目送他們離開，隨後在與霧藤希的交談中得知她也參與了計畫的一部分。澄野二人出逃後比留子嘗試說服SIREI暫時不要引爆澄野體內的炸彈，SIREI在考慮後表示同意。 澄野與依娃最後抵達了依娃養女佳繆所領導的混沌軍據點，過上了一陣和平安逸的生活。不久後澄野得到消息，維希涅斯將要對學園發動總攻，於是澄野決定... 【分歧點：營救最終防衛學園嗎？】
依娃自然看透了澄野的心，便與其一同去營救。在決戰的過程中依娃爆發出了驚人的能量，最後與維希涅斯同歸於盡，彌留之際向澄野做了最後的告別。
很快維希涅斯吸收了全部力量成為新神，佳繆的混沌軍也分崩離析，澄野只得與懷上了孩子的依娃一起浪跡天涯。 |
Chapter05 遍地蒼月篇
結局09~012
在真相大白篇Day57，進行選擇：
【分歧點：要殺死蒼月衛人嗎？選擇：殺】
Chapter06 連續防衛篇
結局013、014
在真相大白篇Day52，進行選擇：
【分歧點：要不要讓他成為同伴？選擇：不要】
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
|
澄野經過考慮後沒有讓汐音加入防衛隊，汐音對此表示理解。Day57的防衛戰中，投靠侵校生的蒼月刺殺未遂想要逃跑，此時汐音出現並將其攔住，隨後引發爆炸將蒼月蒸發，但也因此使得自身陷入極度虛弱的狀態，導致不滅火牆的強度被大幅削弱，敵人的攻勢將更為頻繁猛烈。 接下來直到Day99一共要打20多場防衛戰，頂級坐牢體驗 第99天特防隊發現居然要打兩個牢維，隨後得知牢維找到了一台能讓人跳躍到其它時間軸的設備，從那裡把部隊長們與另一個牢維也帶了過來。特防隊在歷經一番苦戰後艱難地取得了勝利。第100天，遙望著守護至今卻也已經殘破不堪的學院，澄野覺得... 【分歧點：戰鬥......】
儘管這次依舊有夥伴犧牲（連續防衛篇分支前的飴宮、兇鳥與大鈴木），不過剩下的成員們一起奮戰到了最後。澄野決定與大家一起坐上逃生艙，為戰鬥畫上休止符。
這次依舊有未能拯救的夥伴，於是澄野決定再重啟一次百日戰紀。霧藤對此表示擔憂，不過澄野心意已決。 |
Chapter07 選擇篇
結局015~022
在真相大白篇Day33，進行選擇：
【分歧點：我該救誰呢？選擇：大鈴木夢羅】
Chapter08 休閒篇
結局023、024
在真相大白篇Day31，進行選擇：
【分歧點：要讓她破壞NIGOU嗎？選擇：阻止她破壞】
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
|
澄野不希望NIIGOU被破壞，卻也發現自己的記憶好像的確存在問題；此時SIREI出現使用電棍擊暈澄野並對其進行更徹底的洗腦改造。 在後續的日子裡，澄野發現死去的飴宮兇鳥都還健在，蒼月也沒有逃跑；悠閒的生活讓澄野執著於「是否會把盒裝牛奶喝乾淨」、「誰偷了大家的襪子」等小事。 第48天澄野發現厄師寺在與面影進行德州撲克對決，隨後打算幫助厄師寺完成撲克特訓。在又一次向籠子裡的蒼月尋求建議時，也逐漸發現了目前自身的狀況很不對勁。 與達爾沙一戰後澄野負傷倒下，周圍的同學們其實早已發現澄野的種種不對勁之處，澄野心中的異樣感也迫使其在醒來後意識到了所處「現實」的荒謬，這時SIREI再次出現，將洗腦一事告知了澄野。由於目前防衛戰已無獲勝的可能，SIREI便給澄野一藍一紅兩顆藥丸，讓他做出最後的選擇... 【分歧點：選擇現實還是夢境呢？】
澄野吞下了紅色藥丸回到了現實，同學們已被團滅，澄野抱起奄奄一息的霧藤與她告別後加入了戰場。
澄野吞下了藍色藥丸...隨後看到所有同學齊聚一堂喝起了盒裝牛奶。 |
Chapter09
在真相大白篇Day21晚上，進行選擇：
【分歧點：該怎麼處置依娃？選擇：給出致命一擊】
幸運之匣篇
結局025~032
Day22晚上，進行選擇：
【分歧點：要選擇去找哪邊？選擇：過子】
災厄之匣篇
結局033~040
Day22晚上，進行選擇：
【分歧點：要選擇去找哪邊？選擇：人影】
| 結局033~036 |
|---|
各種異常狀況出現。Day23晚上教學樓中一位手持鐮刀的神秘人逼近霧藤，背後同時有人在喊澄野。 【分歧點：該怎麼辦？】
澄野依舊沒能就下霧藤，目睹了慘狀後連續昏迷70多天直到第100天醒來，其他同學似乎都消失了，最後在泳池發現了奄奄一息的比留子，此時真兇出現，澄野定睛一看竟是過子...
回頭一看比留子及時趕到並拿來了我驅力刀。後面過子失蹤、面影之死等異常狀況持續發生。
Day33迎戰第3部隊長 憎恨之化身-亞達烏奇；Day36蒼月逃跑，Day37像是依娃的幻覺女鬼再度現身，引澄野到圖書館讓後把澄野掐暈，火人破譯特殊的書籍。
Day39今馬劫持霧藤希做為人質，Day40主動出擊攻打侵校生營地並迎戰第4部隊長 醜惡之化身-昆德烈。Day47迎戰第10、11部隊長。Day49食堂裡萌子身亡，此時SIREI突然通過廣播告知NIGOU死亡與遇襲之事，然而食堂裡的幻覺女鬼讓澄野把匣子撿起來藏好... 【分歧點：該怎麼做？選擇：去救SIREI】（若選擇「撿起匣子」則進入結局037~040） 等趕到的時候SIREI已經寄了。之後把幸運之匣給今馬，裡面有一隻染血的玩偶。隨後澄野救出霧藤，比留子打暈今馬將其關押。Day55幻覺再現，比留子告訴澄野是他自己掐住自己脖子。Day56發現今馬死亡，Day57迎戰第7部隊長 和諧之化身-禪泰。
Day58比留子告訴澄野自己多次重複了這100天的歷史，過子因為打開匣子成為殺人兇手，因此這一次先將過子綁架了。 Day63新一波敵人來襲，Day64比留子將平行世界穿越設備一事告知澄野，無法跨越時間只能前往平行世界的同一天，她把失控的過子送往了其他平行世界，蒼月Day36也穿越到其它平行世界順帶毀掉了設備。Day65~Day71澄野與厄師寺一直都在找匣子。 Day73發現大鈴木死在一樓的教室，丸子認為要驅魔，比留子認為幽靈什麼的都是無稽之談。 【分歧點：要贊同誰的觀點？選擇：贊同雫原】（若選擇「贊同丸子」則進入結局036） Day76從火人那裡得知幸運&災厄之匣的傳說。Day77厄師寺獨自外出探索匣子，失蹤數日後於Day84晚上現身不過明顯不對勁。Day86晚上行為怪異先殺了丸子隨後向川奈撲去，被掌握了SIREI技術的川奈引爆身體內的炸彈，隨後眾人發現了厄師寺腦內的寄生物，將其消滅。
Day87第0部隊長 霸道之化身-達爾沙來襲。Day89火人將有關災厄之匣與嘰的事悉數告知雄性嘰會在青蛙等動物的體內排精，其後被女王嘰的宿主捕食。Day90川奈表示可以開發出識別幸運之匣指紋的功能，Day92發現除澄野外上面還有晶馬的指紋，晶馬認罪並被綁。 Day93達爾沙再次來襲，在看到疑似女鬼並交談後揚長而去。比留子後續證實晶馬在說謊。Day99晚澄野發現玩偶突然襲擊比留子，及時阻止後二人再審晶馬，得知那隻玩偶裡面是晶馬由於思念狗狗列歐而悄悄養著的，被雄性嘰附身的生物。正當晶馬要指認真兇時警報響起敵人來襲。 大將軍氣勢洶洶地來襲結果被僅剩四人+火人的澄野他們幹掉。回頭去找銀崎發現其已慘遭殺害。Day100即將登上逃生艙時，澄野經過推理確認了真兇的身份... 【分歧點：我該怎麼辦？】
由於女王嘰只能在其它女王嘰留下的屍體上產卵，而銀崎的屍體上沒有異變，因此只存在一隻女王嘰。且因為川奈擁有控制SIREI的技術無需將其殺掉，因此犯人只能是霧藤。 除被雄性嘰附身的生物玩偶殺掉的今馬、萌子（被刺多處）以外，面影大鈴木（吊死+腳踝放血）晶馬都是被附身的霧藤乾的。早在Day26之後霧藤就被寄生了。 「霧藤」認為同學們應該下不去手將自己除掉，關鍵時刻川奈引爆了霧藤體內的炸彈，眾人將暴露出的女王嘰殺死。最後澄野比留子川奈三人懷著複雜的心情登上了逃生艙，啟程前往人造天體。
思緒紊亂的澄野沒有登上逃生艙而是獨自一人回到房間，「霧藤希」隨後來到了澄野身邊，感謝他沒有指認自己。一番飽含深情的交流後，澄野閉上了雙眼，平靜地等待著死亡的降臨。
選擇「贊同丸子」後，丸子與澄野因為害怕怕詛咒所以一直在做驅散靈魔的法事，其他人紛紛表示受到了嚴重的精神汙染......所幸從他們開始做法事以後再也沒有新的犧牲者出現。登上飛船前丸子表示到了人造天體以後也要繼續驅魔喲。 |
| 結局037~040 |
|---|
|
【分歧點：該怎麼做？選擇：撿起匣子】 澄野將匣子藏起來以後沒有將其交給今馬，與今馬對峙時女鬼出現房間開始晃動，比留子乘亂打暈今馬，霧藤得救。火人告訴澄野增強異血之力後或許能和女鬼對話。 Day56晚上匣子裡的玩偶突然襲擊澄野，比留子及時趕到將玩偶剖開發現了謎之生物的存在，澄野私藏匣子一事也被暴露。Day57迎戰第7部隊長 和諧之化身-禪泰，擊敗禪泰後澄野將其異血吸收。 後來澄野能夠看到幽靈的本體是通過異血之力殘存的依娃，依娃告訴澄野自己故意把幸運之匣一事告知是因為她也分不清幸運和災厄之匣的區別，也不知道災厄之匣裡有什麼。房間的晃動也是她造成的。 原先依娃想誘導他們開匣子做為報復，當看到澄野他們只是一群孩子後自己改變了想法。聽到依娃說自己將已故兄嫂的孩子視如己出，便去尋找那個孩子所在的村莊，不過這一行為被其他看不見依娃的同學所懷疑。Day72晚上分支出現： 【分歧點：我該如何選擇？選擇：對看到的東西避而不談】（若選擇「將看到的東西告訴大家」則進入結局039、040） 今馬突然逃了出來襲擊澄野，被擊暈後繼續被關押。之後依娃恢復了女鬼形態，澄野認為或許是對自己堅持選擇消滅侵校生的報復。之後澄野自帶血腥濾鏡，一日遭遇霧藤襲擊後僥倖逃生。 Day82川奈死亡，Day91大鈴木死亡（吊死+腳踝放血），Day92銀崎死亡（被刺多處）。Day87第0部隊長 霸道之化身-達爾沙來襲。Day93達爾沙再次來襲，在看到疑似女鬼並交談後揚長而去。 Day94澄野跟著丸子跑進森林，只見厄師寺比留子霧藤三人倒在血泊之中，丸子突然出現並指認是澄野殺了所有人，隨後舉刀沖了過來... 【分歧點：該怎麼做？】
澄野反殺了丸子，隨後意識模糊，最後一刻恍惚間回到了圖書室，被女鬼掐著脖子，女鬼告訴澄野大家都是被你害死的。
丸子發現殺不死澄野，澄野居然還在笑。丸子逃跑後，女鬼再次現身，澄野意識到除依娃外還存在另一個女鬼（幽靈），經由我驅力創造而出，代表著自己心中的負罪感。 【分歧點：我該如何選擇？選擇：將看到的東西告訴大家】 同學們聽聞侵校生村莊的消息後，分成了不希望飛彈把星球上所有生命燃燒殆盡，與必需對敵人重拳出擊兩派。Day80依娃殘存的力量不足即將消失，與澄野告別時讓他不要太過糾結這些事情。依娃消失後同學們之間的氛圍變得融洽了起來。 Day87第0部隊長 霸道之化身-達爾沙來襲。Day92，霧藤希將復活機中的解析程序設置完成，用以檢測依娃是否是通過澄野的異血之力維持存在。此時分支出現： 【分歧點：我是怎麼想的？】
澄野做出回答後霧藤很快用鐮刀偷襲，澄野只得一路逃跑，最後發現所有同學都及時趕到，比留子引爆了霧藤體內的炸彈。事後復盤髮現真正的霧藤應該早就死去了，而大家是因為房間晃動才注意到異常的，依娃是好人。 Day93達爾沙再次來襲，在看到疑似女鬼並交談後揚長而去。火人告訴大家想要阻止飛彈發射必需先找到相關的電子設備並破壞掉。澄野他們在第99天完成了這一工作，誰知維希涅斯突然來襲眾人不敵，此時幽靈形態的依娃背刺牢維完成關鍵一擊。 第100天大家完成了飛彈的拆解工作。在所有人即將啟程之際澄野自願留下。澄野打算找到依娃養女所在的村莊，把依娃的功績傳播到五湖四海。
澄野說著說著就似了。Day93達爾沙再次來襲，澄野在作戰室看到了所有同學，達爾沙被擊敗後爆炸而亡。Day99大將軍來襲後發現自己好像遇到了不死軍團，隨後自爆。Day100澄野恍惚間看見了包括自己在內所有人的屍體，耳邊只迴蕩起霧藤希的放聲大笑。 通過前面線路中的線索推測，很有可能是被女王嘰附身的霧藤希殺穿了所有人，澄野的屍體可能被其它未知來源的雄性嘰附身？也可能是澄野在被殺死之後，由於殘存的異血之力而持續出現各種幻覺。 |
Chapter10
領袖魅力澄野篇
結局041、042
在真相大白篇Day15，進行選擇：
【分歧點：要讓誰做敢死隊員？選擇：厄師寺猛丸】
維希涅斯篇
結局043、044
在真相大白篇Day15，進行選擇：
【分歧點：要讓誰做敢死隊員？選擇：川奈翼】
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
|
然而川奈翼並沒有膽量動手引爆炸彈，維希涅斯不費吹灰之力便贏得了全面勝利，帶領眾部隊長佔領了學園，將除澄野外的其他同學關在各自的房間裡看守，只有川奈能在外活動為他們送飯與打雜。 澄野被維希涅斯單獨關進了休息室，維希涅斯對其十分感興趣，便與他在接下來的日子裡進行了許多次一問一答小遊戲，並告訴澄野自己的回答中只有一個是謊言。 與此同時第三部隊長亞達烏奇也在策劃著對維希涅斯的反叛行動，並經由與川奈進行溝通將此事告訴了她；NIGOU也在暗中活動為澄野傳遞信息。第28天叛亂即將發起，維希涅斯告訴澄野她將會殺掉其他所有人，此時澄野決定... 【分歧點：我應該做的是......】
澄野決定動手，不過維希涅斯早有預料並輕鬆制服澄野，在他的脖子上套上鎖鏈後帶著澄野將敵我雙方所有人盡數殺死。最後與達爾沙對戰將其擊敗，維希涅斯讓澄野吸收所有屍體的異血最終與自己決戰，澄野別無選擇。二人決戰了數日後澄野倒下，維希涅斯來到防衛室前，勝券在握的同時也感受到了身為強者頂點的孤獨。
澄野並未能將其說服，維希涅斯不分敵我雙方大開殺戒，受了重傷的亞達烏奇決定讓川奈將自己吸收。不久後拿到我驅力刀的同伴們朝著休息室趕來，第11部隊長尤拉夢達米打算先將澄野了結，誰知維希涅斯突然出現為澄野擋刀，澄野也希望能救下負傷的維希涅斯，此時川奈出現為了保險起見將二人貫穿，維希涅斯帶著澄野用盡最後的力氣逃出學園，最後二人幸終。 |
Chapter11 青春篇
結局045~048
在真相大白篇Day11早上，進行選擇：
【分歧點：要說出霧藤希的事嗎？選擇：不說】
Chapter12 諾莫科巴篇
結局049~052
在真相大白篇Day08，進行選擇：
【分歧點：我該營救哪一方？選擇：營救最終防衛學園】
Chapter13
SF篇
結局053~060[2]
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
|
【分歧點：要向大家坦白嗎？選擇：不坦白】 之前聖嬰說過直接告訴大家可能會使歷史發生劇烈改變，那麼，在知道未來的情況下慢慢引導他們...澄野撒了個慌說無意間看到了蒼月的筆記本上寫著陰謀，將信將疑的眾人立馬跑去庭院質問蒼月。SIREI卻不緊不慢表示就算蒼月說謊自己早已錄下證據。SIREI問澄野上一個輪迴都知道些啥，澄野如實道來（霧藤的部分除外），SIREI聽完後流露出微妙的神情。 蒼月決定配合澄野撒謊。SIREI後續如約告訴眾人真相，所說的內容沒有超出澄野的情報獲取範圍，或許同時受到體內力量增加的影響所有人都表示願意參戰。晚上，比留子識破了澄野的謊言並意識到他是從未來穿越回了現在。面對震驚的澄野比留子並沒有透露更多事情。
第4天晚上澄野意外發現比留子和SIREI之間好像在做什麼交易，隨後又無意間目睹到獨自穿越不滅之火牆外出的比留子，決定跟蹤之。比留子在一個設施內穿上了防護服準備啟動設備，澄野突然沖了上去想要問個究竟，於是和比留子一起經歷了一段傳送...... 由於沒穿防護服，澄野在此過程中眩暈了一段時間並全身出現不適症狀，比留子讓澄野待在原地不要動，但澄野卻一路跟進了學園，發現某特殊教室（後續可知是停屍房）中居然有著蒼月的屍體（非木乃伊化），隨後在復活室見到了比留子，卻被對方掐住了脖子，隨後暈厥過去...某一瞬間恍惚間醒來看到復活室的棺材內好像裝著某人。徹底醒來後與比留子一起返回設施內，穿上防護服後一同傳送了回去。 儘管澄野此時心中湧現出數百個想要問比留子的問題，不過對方告訴他接下來幾天只要聽從自己的指揮做事並不要追問，就會在第9天晚上將所有的事情都告訴他。第一件事就是重返第二防衛學園將那邊的學生以及NIGOU接回，為後續的防衛戰做準備。
在迎戰第一部隊長——秩序之化身-穆翁時，大家目擊了一位披著斗篷的神秘人，澄野推測其可能為回到過去後歷史發生的改變，且因為異血能力增強的影響，現在所有人都能聽懂侵校生部隊長所說的話了。穆翁被擊敗後由於聲帶受損無法發聲，SIREI和NIGOU從後方發來指示讓學生們給其最後一擊。眾人戰後開了Party，澄野早到並目睹了比留子與SIREI、NIGOU的交談，不過依舊沒有獲得任何新情報。 第二天，第二防衛學園的眾人在見到蒼月並聽取其心聲後打算放他出來並讓他也加入戰鬥，不過比留子的一席話讓他們打消了這個念頭。在擊敗第二部隊長——美德之化身-帕珂倫後，昨天的兜帽神秘人現身，揭開面具一看正是敵方統帥大將軍。對方自報家門說自己是希望之化身-維希涅斯，打算調查突然增強的異血力量而來到此地，隨後帶走了戰敗的帕珂倫，意在不再繼續讓防衛學園的眾人吸收異血，並撂下了一句「想要日後慢慢虐殺你們讓你們感到絕望」的話後泰然離去。戰後，比留子提示下一次進攻將發生在第15天。
第9天一早蒼月突然溜了，厄師寺在復活機房間找到他並打算狠狠揍他，澄野上去阻攔誰承想厄師寺沒控制好力度將澄野打飛並使其撞壞了復活機。SIREI、NIGOU趕到並開始修復，眾學生將蒼月押解回去，詢問他是咋越獄的，蒼月堅持說是同學中的某人幫他，不過偵探過子通過現場痕跡推理他是獨自完成越獄的。保險起見眾人將蒼月換了個房間關押。 晚上，比留子獨坐啜泣，澄野上前詢問但對方表示沒有哭哦。澄野想要讓比留子兌現第9天晚告知一切的承諾，比留子提出了最後一個要求：吻我。 【分歧點：要親吻雫原嗎？選擇：不吻】（若選擇「吻」則進入墜入愛河篇） 比留子離開了，澄野並沒有挽留。在第10天的自由時間，澄野向眾人詢問比留子喜歡什麼禮物的同時也在收集蒼月是如何逃跑的線索 已到達劇情鎖定地點1，需達成特定的【解鎖條件】才能繼續前進。解鎖條件：到達結局34、36、72、76，到達劇情鎖定地點3（推理篇Day82）
|
| 結局053~056 | ||
|---|---|---|
|
【分歧點：要跳躍到哪條TL去？選擇：青春TL】
澄野和比留子跳躍去青春TL，確認了怠美的屍斑編號是「5」。 時間轉到第67天，蒼月和川奈發明瞭能發送特殊電磁脈衝的雷射槍。由於澄野大部分時間和比留子一起行動，很少與其他同學交流，大家繃緊神經度過了這66天，澄野決定在接下來的三天和大家一起進行娛樂活動。眾人在第68天舉辦泳池派對，在第69天逛廟會，最後在第70天在天台放了一場煙花。 第71天，比留子告訴澄野自己做了一個夢，夢到在第101天除了她以外的所有人都在人造天體上，而她永遠被困在了這個循環，澄野安慰了比留子。比留子和澄野玩「猜硬幣」的遊戲，如果澄野猜中了，第73天比留子和澄野一起外出探索，如果沒猜中就什麼都不做。 【分歧點：硬幣的哪一面朝上？選擇：正面】（若選擇「反面」則進入結局056）
澄野猜中了圖案。第73天，比留子和澄野一起去洋樓探索，並告訴澄野自己想讓沒猜中硬幣TL的澄野和比留子協助自己獲取屍斑編號。第74天比留子和澄野跳躍到沒猜中TL，告訴大家目前只剩下厄師寺，今馬，澄野和比留子的屍斑編號沒有被確認， 四人經過討論分配了任務：沒猜中TL的二人去殺人魔TL，確認厄師寺的屍斑編號，猜中TL的二人去喪屍TL，確認今馬和比留子的屍斑編號。之後，二人回到自己所在的TL，讓川奈幫忙製作了透視目鏡，以便觀察喪屍的屍斑編號。隨後，二人在第79天跳躍至喪屍TL，確認了今馬的屍斑編號「1」和比留子的屍斑編號「4」。第84天，沒猜中TL的二人與他們交換了屍斑編號，得知厄師寺的屍斑編號是「7」。在交流完後，沒猜中TL的二人試圖跳躍回他們的TL，但時間已過，他們回不去了。 第85天，二人帶著其他同學進入地下室，輸入了八位同學的屍斑編號。 【分歧點：要按下按鍵4嗎？選擇：不按】（若選擇「按下它」則進入結局053）
澄野按下了數字4，隨後學園在一陣爆炸中灰飛煙滅。全作最簡陋最敷衍的結局之一
第86天，在告別另一個TL的二人後，二人帶同學們跳躍到按下4後的TL，見證了在這之後學園遭到爆破的慘狀，比留子跳躍後身體出現不適。第87天達爾沙來襲，澄野在比留子提醒下順利躲過達爾沙的攻擊。第88天二人從SIREI口中得知，求救發信機是假的，其本質是由人類高層設置的啟動「同歸於盡計畫」的裝置，當特防隊十人中其中九人徹底死亡時，讓最後一人啟動裝置引發爆炸，與侵校生同歸於盡。第89天，眾人得知不滅之火飛彈侵襲後汐音也會死亡，希望通過研究生命維持設備救出汐音。
第90天，二人跳躍至青春TL獲得Ω物質，之後交給川奈用來研發生命維持設備（嬰兒廣口瓶），第91天SIREI和NIGOU前來組織，被川奈用雷射槍破壞使其暫停運作。第93天達爾沙再臨，被眾人擊敗。第94天眾人發現飛船被基本粒子細菌完全腐蝕。第98天，怠美提出計畫，讓眾人跳躍到其他TL並使用那裡的逃生艙，但澄野認為這樣會殺掉另一個TL的眾人，因此否決了這個提議。當天晚上，澄野發現比留子不在，通過追蹤PL記錄跳躍到殺人魔TL，發現比留子在看著這條世界線的比留子和澄野
第100天，澄野根據此前發生的事情，提出了一種逃生的可能性。
澄野帶著眾人用嬰兒廣口瓶救出汐音，然後帶上SIREI和NIGOU跳躍至獵殺TL，但到達時眾人發現，在特防隊全滅之後，人造天體上的人類把汐音的克隆體帶到學園裡給飛彈充能，因此這條線上還會發動全方位攻擊。比留子因穿著帶破洞的防護服PL三次，發生PL障礙倒下。 【分歧點：我最後的決定是......】
澄野抱著比留子奔向逃生艙，隨後全方位攻擊發動毀滅了星球上的其他生命。全員存活，但在逃生艙內的伊娃受到衝擊解除洗腦，意識到自己的女兒實際為其養女的佳繆在攻擊中死亡的她發誓要消滅人造天體上的所有人類。
比留子帶著澄野去地下室，在澄野即將炸毀學園以防止全方位攻擊進行的時候，其他同學趕到地下室。眾人接力抱著比留子去逃生艙，在全方位攻擊即將發動的同時，汐音啟動裝置將學園炸毀，解救了這顆星球上的其他生命。特防隊全員存活，澄野和比留子所經歷的時空循環也在眾人生命的力量下打破。
澄野沒有猜中圖案。第73天，比留子和澄野在教學樓附近發呆，並告訴澄野自己的計畫。第74天猜中TL的比留子和澄野跳躍到這裡，告訴大家目前只剩下厄師寺，今馬，澄野和比留子的屍斑編號沒有被確認， 四人經過討論分配了任務：沒猜中TL的二人去殺人魔TL，確認厄師寺的屍斑編號，猜中TL的二人去喪屍TL，確認今馬和比留子的屍斑編號。隨後，二人在第79天跳躍至殺人魔TL，確認了厄師寺的屍斑編號「7」。第84天，二人跳躍到猜中TL，與猜中TL的二人交換了屍斑編號，得知今馬的屍斑編號「1」和比留子的屍斑編號「4」。在交流完後，二人試圖跳躍回他們的TL，但時間已過，他們回不去了。 在等待32小時後，二人返回了自己的TL，在庭院三樓休息室發現了其他同學的屍體，隨後兇手出現並砍斷了二人的脖子。過子G在第84天從推理TL跳躍到這條線，並殺害了這條線的所有人。 |
| 結局057~060 |
|---|
|
【分歧點：要跳躍到哪條TL去？選擇：殺人魔TL】
【分歧點：明天的防衛戰我要......選擇：出戰】（若選擇「不出戰」則進入結局060）
比留子認為澄野做出了明智的選擇。Day73晚，比留子告訴澄野上一次並沒有跳躍到殺人魔TL上而是因為澄野的失誤跳躍到了喪屍TL，由於此時嘰的融合程度更深因此已無法再對澄野G進行治療。Day74晚澄野決定獨自跳躍到殺人魔TL去了結澄野G，遇到了殺人魔TL上的澄野與霧藤後開始了追擊。然而在面對這條線的自己時，澄野最終沒能下得去手，反而被完成了人格切換後的澄野G襲擊。澄野G隨後脫下了澄野的防護服並給他換上仿製的學生鎧甲，以交換二人的身份，最後用電鋸切割澄野的後背並殺死了他。
【分歧點：我要撲向過子G嗎......選擇：撲過去】（若選擇「不撲過去」則進入結局057）
澄野擔心PL障礙造成的影響沒有第一時間撲過去，只得眼睜睜地看著過子G與霧藤完成了跳躍。隨後與比留子二人一起追了上去，搜尋未果後不聽比留子的勸告執意一個人留在這條TL上繼續搜索，結果依然一無所獲。第100天上午10點不滅之火飛彈如期發射，澄野在懊悔中化為了灰燼。
澄野佯裝並無大礙硬撐著加入了作戰，最後大家靠著汐音與毒氣陷阱擊敗了維希涅斯，欣慰的澄野最終力竭而亡，在眾人的擁簇下死去。
作戰開始後澄野一時間陷入了昏迷，Day100醒來後生命體徵也依舊很微弱。比留子告訴澄野用來轉移汐音的嬰兒廣口瓶不見了被推理TL的比留子順走的。不久後澄野命懸一線，在將要撒手人寰之際回想起了推理TL的記憶，並讓比留子帶同學們一起跳躍到第100天不會發動全面攻擊的推理TL上去。 與結局100 第100天的訪客互為「拼好飯」結局 同學們相認後，比留子獨自一人跳回了原來的SFTL，抱著澄野的屍體許下了一定要脫離無限循環的誓言。 |
墜入愛河篇
結局061~068
【分歧點：要親吻雫原嗎？選擇：吻】
Chapter14
鮮血淋漓篇
結局069~076
| 結局069~072 | ||||
|---|---|---|---|---|
【分歧點：要如何處置蒼月衛人？選擇：給出致命一擊】 澄野吸收了蒼月的異血，SIREI認為做得好，不過聖嬰卻對此表示不安。第3天，SIREI將一切告知其他同學，不過大家並不相信澄野，且認為擊殺蒼月的行為欠妥，澄野將上個一百天的全部內容告知（霧藤的部分除外）後眾人仍表現地將信將疑。SIREI決定給蒼月的遺容化個妝讓他看起來安詳一些。第4天一早比留子和澄野率先來到停屍房瞻仰了蒼月的遺容，隨後丸子發現了一個不得了的事情...
教室中的黑板上用血色字體赫然寫著「立刻滾出這所學園，否則我會大開殺戒」。某人的惡作劇？不過大家很快發現SIREI被四分五裂了，澄野驚覺和一週目時一模一樣，儘管這次已經提前排除了蒼月。面對黑板上的警告，澄野認為...... 【分歧點：是否應該離開學園呢？選擇：暫時離開】（進入Chapter14，若選擇「選擇留下」則進入Chapter15） 澄野將顧慮告知眾人，部分同學認可而另外幾位同學對澄野的「穿越者」身份仍表示懷疑並不願離開學園。澄野只得軟硬兼施同時故弄玄虛暫且說服了他們。離開學園後澄野帶領眾人前往第二防衛學園接人，NIGOU仍選擇留下。
兩夥人合流返回學園已是第7天，黑板上的警告仍在，而侵校生突然來襲，和上一週目的節奏也不一樣。眾人在戰場上看到了披著斗篷戴著兜帽的神秘人，澄野認為或許歷史的走向已經發生了相當程度的偏差。擊敗第一部隊長後，澄野發覺由於異血之力增強所有人都能聽懂部隊長的話，正打算進一步詢問時面影率先搶走了人頭。 第8天意料之外的事再次發生，大量侵校生提前來襲，結束戰鬥後眾人得到了第二學園NIGOU那邊的訊息，並派出小隊親自前往查看最後證實了那邊的淪陷與NIGOU的死訊。第11天，怠美在圖書室發現了疑似學園裡的殺人魔留下的筆記。第14天晚上，比留子告訴澄野明日會有敵襲，澄野震驚。 第15天，不屈之化身-巴拉加盧索與救贖之化身-莎恩辛兩位部隊長同時攻了過來，併合體成為巴拉加盧辛，擊敗二者後在比留子的指示下澄野讓川奈利用先前製作的不滅之火炸彈完成了補刀。晚上澄野的頭痛又犯了，而這次一睡就是一整天，第16天晚上澄野在迷迷糊糊中意外發現自己被搬到了生物藥品室...
生物藥品室中比留子也癱坐在地上，而一位全副武裝的陌生人正舉著電鋸逼近比留子，澄野急忙與之展開搏鬥，並與其一起摔落在教學樓外，隨後電鋸人追擊澄野被逼得無路可走。面對著緊逼的電鋸，澄野決定...... 【分歧點：我要如何應對？選擇：猛踢敵人小腿】（若選擇「躲開攻擊」則進入喜劇篇） 澄野這一腳使得攻守之勢異也，電鋸人跑進教學樓後澄野無奈跟丟。
澄野總是感到飢餓與頭痛。澄野多次調查殺人魔日記與校史。比留子好像一直躲著澄野。Day21俘虜依娃。Day25發現依娃被殺死，之前保管的電鋸失蹤。Day31根據火人的線索找到了電鋸，晶馬找到防護服，澄野設定密碼6914將其鎖在櫃子裡。 Day33第3部隊長 憎恨之化身-亞達烏奇來襲，隨後大將軍維希涅斯搶人頭，與澄野他們交手失利後撤退。川奈製作出了生命跡象檢測儀，發現數字是15，比目前的14人多了一個。 Day38面影在與丸子爭執後一度產生了想要將他殺掉的想法。Day40澄野等人去火牆外探索，發現侵校生基地裡面已經橫屍遍野。丸子與怠美看到了2隻謎之生物。Day42丸子怠美乘校車往返一日遊對大家說是去取我驅力刀。 Day43澄野與霧藤萌子一起去找學園裡動靜的來源，不久後發現萌子被殺，穿著防護服的電鋸人再次出現，澄野霧藤被逼近一間教室中，此時... 【分歧點：我要......選擇：撞破窗戶】（若選擇「躲開攻擊」則進入結局073~076） 澄野抱著霧藤跳向窗外，自己因為磕破了頭被放進復活機直到第46天才醒來。眾人發現放在櫃子裡的防護服和電鋸都不見了。
Day47第10部隊長 慈悲之化身-紐嘉恩克與第11部隊長 夢想之化身-尤拉夢達米來襲，比留子提前發給大家耳塞避免幻覺產生。戰鬥結束後兩個部隊長都被特防隊員吸收。 Day50晚上眾人在食堂舉辦派對。Day51發現厄師寺死在房間裡，眾人提議在體育館集中就寢，輪流值班。Day57第7部隊長 和諧之化身-禪泰來襲。 Day59澄野在圖書館中找到新線索發現殺人魔有關的書中內容是虛構的。Day64晚上大鈴木獨自離開體育館，澄野跟上前去二人偶遇電鋸人，澄野將其引到防衛室門前在將要被殺之時突然神志不清...第二天澄野安然無恙，大鈴木的屍體被發現。 Day67~71澄野莫名連著昏迷了數日。Day72與侵校生作戰後維希涅斯通過投影發來宣戰佈告。比留子約澄野Day74凌晨1點在食堂見面，霧藤此時也想和澄野交流一下上個100天裡他倆的關係... 【分歧點：要接受誰的邀請......選擇：霧藤希】（若選擇「雫原比留子」則進入結局071、072） 澄野與霧藤二人外出，正當澄野想告知一切時電鋸殺人魔再度出現，二人分頭逃跑，澄野跌落樓梯後再次看到了舉著電鋸即將揮下的電鋸人...這一次澄野被擊殺，第一視角轉向霧藤一側，霧藤發現了澄野的屍體，感到十分悲痛。 後來大家接二連三的被殺死。第98天凌晨川奈來到霧藤房間想要一起睡覺，二人貼貼後發現殺人魔來了而且想用電鋸強行破門，只得從窗戶逃跑一路來到工作技術室，川奈上前和殺人魔搏鬥不幸身死，殺人魔卻很快離開。 倖存的霧藤與晶馬狂死香發現目前生命檢測儀顯示的數字是5。隨後維希涅斯入侵，三人靠著川奈開發的生物武器將其擊敗。Day100飛彈廣播與逃生艙如期而至，此時殺人魔突然現身並用電鋸破壞了逃生艙。 在霧藤的提議下三人跑到停車庫，駕駛校車向火牆外衝去，不久後殺人魔突然在車前出現，霧藤見狀毫不猶豫地撞了上去，誰知那殺人魔被撞了以後竟來到了車頂並用電鋸破開車體進入其中，此時... 【分歧點：我應該怎麼辦呢......】
霧藤按下滅火器按鈕，獨自衝上前去與殺人魔一起破出窗外，校車穿過火牆霧藤認為姑且保下了剩下二人。殺人魔被短暫撞暈，霧藤揭開頭套，看到了不可置信的一幕...殺人魔很快用玻璃碎片刺向霧藤，在生命的最後一刻霧藤與其對視，心中充滿著困惑...
霧藤不顧一切地向火牆衝去...校車撞到混凝土牆後來了個急剎車，殺人魔因慣性衝出車外被不滅之火吞噬。火牆外，不知飛彈何時來襲的三人漫無目的地徒步向遠方走去...
【分歧點：要接受誰的邀請......選擇：雫原比留子】 結果因為面影的亂入比留子什麼也沒有說。Day77晚上澄野在男廁發現晶馬的屍體。Day79從今馬兄妹那裡得知似乎出現了兩個澄野？Day80晚體育館著火，澄野與怠美遇見殺人魔，分頭行動後第二天怠美在休息室泳池被殺。 Day82今馬兄妹再次提出看到過另一個「澄野」，Day83兄妹在告知澄野設置了殺人魔誘捕器後被發現死在了生物藥品室裡。Day86晚眾人得知殺人魔也會偷食物於是事先埋伏，發現了攜帶奇怪儀器的侵校生，比留子將其丟出後發生了爆炸，生命監測顯示7人與目前的人數一致。 眾人由於不信任彼此再度分開就寢。Day87第0部隊長 霸道之化身-達爾沙來襲，澄野梅開二度掉了腦袋又接頭霸王。川奈解析了侵校生殘留的零部件發現與殺人魔的行動軌跡對不上。Day89晚川奈去操場撿到了侵校生掉落的儲存器。
隨後川奈與澄野遭到殺人魔的襲擊，從樓梯上將其制服後發現其真身是面影。面影坦白為了欣賞同學們逃命時的絕望神情而假扮成殺人魔，比如說Day64防衛室前和Day80怠美那次的殺人魔都是面影假扮的。關押了面影後，丸子提議將殺人魔的服裝電鋸藏到圖書室。 Day90發現了丸子的屍體。Day91比留子將自己也是穿越者一事告知澄野，並回想起了其它世界線災厄之匣篇結局037、038前面澄野追丸子到森林裡發現三人屍體的那次自己臨死前的回憶，認為大家只要留在學園裡一定會發生災難，因此最初自己才在黑板上寫下血字警告。 Day92面影死去，晚上火人時隔許久再次現身，似乎和之前一樣有什麼難言之隱。Day93達爾沙再次來襲，被擊敗後維希涅斯上前搶人頭，並留下同真相大白篇相似的決戰預告。Day94發現兇鳥被電鋸人破開房門殺害，比留子在飲水機發現安眠藥的成分因此眾人晚上才沒有察覺。 Day95比留子帶澄野來到停屍房分析受害者的異同。Day96說出了推理：由於面影的亂入，Day43~89殺人魔並沒有連體衣與電鋸，只能改用銼刀做兇器，而比留子遲遲不說的原因是擔心因此而使得「期間目擊殺人魔與澄野同框」的證詞失效，導致某人受到懷疑...Day97川奈死亡。
Day98澄野起床洗澡時發現自己房間的淋浴室內有血跡，隨後拆下換氣扇板發現裡面有殺人魔的連體衣、電鋸，柴刀和雨衣，澄野決定不將這件事告訴給其他人，並將所有物品塞進衣櫥內。當天晚上澄野坐在操場的長椅上，隨後比留子走來，二人在夜空之下互相依偎著度過了短暫的平靜時光。Day99維希涅斯發動襲擊，霧藤發現了川奈留下的生物武器並用其重創了維希涅斯，最終維希涅斯被三人聯手擊敗。Day100凌晨，澄野腦內的聲音告訴他殺光所有人，隨後發現自己的身體不受控制地穿上了防護服。並拿起電鋸開始追殺比留子和霧藤。
比留子意識到殺人魔是被寄生的澄野，但澄野此刻已無法控制自己的行動。殺害比留子後，霧藤趕到用滅火器砸向澄野使其行動不能，在看到殺人魔是澄野後，悲憤交加的霧藤用電鋸結束了澄野的生命。
澄野將霧藤逼入絕境，雖自身意志想要停下身體卻完全不聽使喚...霧藤慘遭殺害後，比留子在背後用扳手短暫擊暈澄野將他捆了起來，面對手足無措的澄野，比留子將真相娓娓道來...
意識到這一切的澄野讓比留子一人獨自坐上逃生艙，但比留子拒絕了。飛彈發射倒計時所剩無幾，比留子沒有留下澄野獨自離去，而是給了他一個吻...這一刻彷彿就像是永恆，直到整顆星球都被不滅之火徹底吞噬。 |
| 結局073~076 |
|---|
|
【分歧點：我要......選擇：躲開攻擊】 澄野與殺人魔搏鬥但不敵，殺人魔將電鋸逼近澄野卻又突然停下，此時霧藤將殺人魔一腳踹出窗外，因為意外電鋸砸落在殺人魔身上使其一命嗚呼，揭開頭套一看竟是面影...（從萌子死後到澄野與霧藤發現前，面影才剛拿到被脫在泳池裡的防護服與電鋸）
澄野沒能忍心殺死霧藤，只能放任兇鳥與自己被喪屍霧藤咬死。Day73~Day99澄野沒有知覺，醒來後循著同伴們的聲音來到門廳，隨後喪屍大軍一併湧入，澄野意識到此時自己也是其中一員了。 厄師寺留下殿後，隨後在工作技術室中川奈被喪屍兇鳥啃食，喪屍澄野似乎能與站在一旁的喪屍霧藤心意相通。丸子用改錐擊殺了喪屍霧藤，澄野將丸子咬死，隨後又咬死了銀崎，最後只剩下了大鈴木... 【分歧點：看著大鈴木的脖頸......】
喪屍澄野一時間抑制住了喪屍的衝動。大鈴木逃到體育館後被喪屍大軍包圍，隻身一人用一把電鋸擊殺了所有喪屍。來到澄野面前時，大鈴木希望澄野能夠再次發動回到過去的力量拯救所有人，隨後含淚擊殺了喪屍澄野。
最後除了大腦被破壞的喪屍以外，所有變成喪屍的同學們都登上了逃生艙，向著人造天體飛去...... 【分歧點：要對霧藤動手嗎......選擇：動手】
與維希涅斯決戰時澄野將川奈製作的喪屍誘捕器向其扔去，引來一眾喪屍將牢維啃食殆盡...第100天澄野與兇鳥二人即將前往逃生艙時，喪屍們一起湧了過來... 【分歧點：我該做的事情是......】
澄野與兇鳥在千鈞一髮之際進入逃生艙時，喪屍厄師寺抓住並擰斷了澄野的腿，兇鳥在與厄師寺的搏鬥中與其一起跌落，最後被喪屍啃食。臨死前兇鳥希望澄野能夠連同大家的份一起活下去。
澄野獨自拖住喪屍讓兇鳥成功進入逃生艙，不過喪屍們沒有啃食澄野而是將他帶到某個地方並限制住行動，最後雌性產卵體女王嘰出現將澄野寄生，不滅之火的飛彈發射將星球夷為平地。 |
喜劇篇
結局077~084
【分歧點：我要如何應對？選擇：躲開攻擊】
Chapter15
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
|
【分歧點：是否應該離開學園呢？選擇：選擇留下】
|
死亡遊戲篇
結局085~092
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
|---|
|
寬屏模式顯示視頻 寬屏模式顯示視頻 【分歧點：要參加獵殺侵校生嗎？選擇：參加】
澄野決定參加遊戲，藉此找出殺害丸子的兇手，然而其他同學除了怠美和沒有明確表態的比留子以外都不願意參加遊戲，怠美和澄野商討計畫，讓澄野去說服厄師寺，銀崎，今馬和過子參加死亡遊戲。澄野從丸子的屍體上取下外套，將其和SIREI的殘骸一起帶去給厄師寺看，成功勸說厄師寺參加死亡遊戲。之後，在澄野和厄師寺的勸說下，其他三位同學也決定參加死亡遊戲，同時怠美也成功勸說其他人參加。
眾人趕到休息室，主辦者帶著一群巨型蜜蜂現身，此時大鈴木提出自己拒絕參加遊戲，隨後被巨型蜜蜂抓起並吸乾異血，眾人無論如何攻擊主辦者都無濟於事，只好暫時答應主辦方的條件。第26天，主辦者宣讀規則，讓大家去獵殺侵校生並獲取獵殺積分，每一場遊戲持續十天，十天之後積分排名墊底的玩家會被蜂群吸乾異血。
澄野決定找人組隊合作，然而很快就被其他同學所排擠，澄野找到比留子卻發現她已經和怠美組隊，只好獨自出發獵殺侵校生。獨自獵殺的澄野很快陷入包圍圈，此時面影出現並提出要和澄野組隊。 【分歧點：要和麵影組隊嗎？選擇：組隊】（若選擇「不組隊」則進入結局092）
未與其他隊友組隊的澄野很快孤立無援，被侵校生包圍而命不久矣。
澄野和麵影組隊，並看到比留子和怠美獵殺了大量侵校生，二人毫無意外地排在第一和第二的位置，而澄野和麵影則位列三，四名。第27天比留子向澄野提出對抗主辦者的計畫，讓澄野將比留子殺死的蜜蜂屍體交給面影解剖，並調查主辦者的真實身份。澄野和伊娃對話，推測主辦者是獨立於學園學生和侵校生的第三方，澄野因擔心伊娃拿到面具後同伴會意識到伊娃也是侵校生並殺死伊娃，這讓伊娃受到了很大的心理刺激。 第29天，澄野和麵影排在第四和第六，銀崎排在最後一名，而很少主動出手擊殺侵校生的川奈排在第五，面影指出合作玩家可以對獵殺獲得的積分進行分配，而川奈正是通過打輔助提分的。澄野從喪白口中得知主辦方似乎24小時不吃飯不睡覺向蜜蜂下達指令，面影在解剖後發現蜜蜂本體其實很脆弱，推測是通過我驅力進行強化的。當天晚上，比留子告訴澄野，怠美熱愛死亡遊戲是因為怠美在她的家庭裡長期受到父母和老師虐待，渴望通過進行死亡遊戲的方式讓大家一起面對這種視人命如草芥的極端境遇，比留子擔心怠美在遊戲中死亡一直在照顧著怠美。 第30天兩組人一起參加獵殺，比留子在取防護服備用品的路上遭到第三部隊長的襲擊，面影提出扔下怠美逃跑。 【分歧點：要去救飴宮嗎？選擇：救】（若選擇「不救」則進入結局091）
沒能救下飴宮與雫原的澄野被厄師寺與九十九兄妹懷疑是殺害了她們的兇手，於是澄野被關進了籠子，無法再通過獵殺侵校生獲得點數，第一輪遊戲結束時因為排名墊底慘遭處決。
二人和怠美一起迎戰第三部隊長，途中怠美殺死身負重傷的比留子並吸收了她的異血。比留子遇襲的事情被川奈目擊，之後川奈找到二人並加入對抗主辦者的聯盟。在這場戰役不久怠美便陷入昏迷。 第二天，澄野與主辦方對峙，澄野用禮物機做出的十字弓打破了主辦方的防護服，之後面影穿著防護服擊退了蜂群，隨後把小型不滅之火炸彈塞進防護服的破洞並引爆了它，主辦者在不滅之火中被燒死。 面影發現主辦者死後蜜蜂仍然存活，川奈告訴澄野神秘房間有奇怪的聲音，澄野進入房間後發現兩個穿著防護服的神秘人從SF線跳躍而來的澄野和比留子，被對方注射麻醉針昏迷一天，昏迷前對方告訴澄野自己與獵殺侵校生遊戲無關。第32天川奈告訴澄野自己在尋找QB液，但澄野對此一無所知。
第33天眾人擊敗第三部隊長，此時主辦者突然出現並吸收了第三部隊長的異血，此後其他十幾名主辦者也一起出現，死亡遊戲被重啟。第34天，澄野發現逃生艙被基本粒子細菌腐蝕。第35天，澄野去看望分數墊底的銀崎，陪伴他度過了他生命的最後一天。此後，銀崎遭到處刑被吸乾異血。
第36天，澄野把銀崎的死訊告訴伊娃，與伊娃達成和解。第38天霧藤病倒，喪白和兇鳥一直在照顧她。第41天，喪白找澄野求助，澄野把從主辦者手上獲得的部隊長異血交給喪白，救下了霧藤。
第42天，霧藤，喪白和兇鳥加入聯盟。第44天，澄野得知自己由於吸收了兩次蒼月的異血，繼承了他的殺手天賦，但擔心自己可能被蒼月取代的顧慮很快被夥伴們的勸慰打消。第45天，川奈找到QB液，但告知澄野修復逃生艙需要五十天的時間。 第46天，眾人改變分組計畫，由澄野帶著分數比較危險的川奈上分。此時的川奈已經對澄野產生了好感。第47天，眾人遭遇第十部隊長，霧藤身負重傷，喪白提出留下自己一個人拖住第十部隊長，其他人帶著霧藤回去治療。 【分歧點：要把喪白留在這裡嗎？選擇：留在這裡】（若選擇「不留在這裡」則進入結局090）
澄野決定大家一起與喪白萌子並肩戰鬥，回到學園後才發覺中了調虎離山之計，學園已然被侵校生攻破。
喪白犧牲，眾人回到學園後迎戰第十部隊長和第十一部隊長，澄野再次將部隊長的異血輸給霧藤，霧藤恢復後再次產生排異反應，危機之下眾人讓霧藤吸食伊娃的血液。在吸食的過程中伊娃和霧藤互相感受到對方的人生，伊娃把霧藤視為自己的「女兒」。之後，霧藤長期照顧伊娃，但也因此分數落後。第54天，今馬，過子和厄師寺趕到關押伊娃的籠子前把霧藤打傷，試圖殺死伊娃以救下分數排名倒數第二的過子，被聯盟眾人擊敗。眾人放走伊娃，讓伊娃和她的另一個「女兒」佳繆見面。
第56天，學生們主動出擊進攻進攻侵校生基地，迎戰第四部隊長。霧藤中途離開去照顧伊娃。在得知霧藤面臨的處境後，伊娃決定犧牲自己保住霧藤的性命。 【分歧點：要殺了依娃嗎？選擇：殺】（若選擇「不殺」則進入結局089）
澄野不忍心殺死依娃，但厄師寺與九十九兄妹希望殺掉依娃獲取積分，於是兩夥人大打出手，最後全軍覆沒。
伊娃自爆身亡，同時厄師寺和九十九兄妹一起擊殺第四部隊長，因此兇鳥成為了最後一名。兇鳥自願犧牲，注射了面影製作的毒藥。第二輪遊戲結束後主辦方不出意料處刑了兇鳥，在吸收兇鳥異血後紛紛中毒倒下，最後一名主辦方聲稱下一任主辦者將會到來，並自爆以隱藏自己的真實身份。
【分歧點：要問出藏身之處嗎？選擇：問】（若選擇「不問」則進入結局088）
由於無法找到更多的侵校生，川奈的排名只得一直墊底。臨近處刑前澄野決定帶著川奈乘坐校車甩開殺人蜜蜂一路向遠處奔馳遠走高飛。晚上，二人相互依偎在一起暢想著未來，在甜蜜的氛圍中閉上了雙眼......然而在不知不覺間川奈被一隻突然出現的蜜蜂吸乾了異血。
【分歧點：應該對抗的敵人是......選擇：主辦者】（若選擇「達爾沙」則進入結局085）
眾人決定先專心對付達爾沙。達爾沙被擊敗後主辦者按照規則將其異血分發給了排名前三的隊員，正當眾人認為終於集齊了發射飛船的燃料後，卻發現怎麼也找不到佳繆的身影，回頭一問主辦者才得知佳繆放心不下眾人跑出來觀戰，之後被主辦者發現並被殺害。大家不願意接受這個事實，然而還是在晚上找到了佳繆的屍體。霧藤希情緒激動地衝向主辦者，最後被蜂群處決。
|
推理篇
結局093~100
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
|
||
|---|---|---|
|
【分歧點：要參加獵殺侵校生嗎？選擇：不參加】
【分歧點：殺害過子、刺殺銀崎的人是？選擇：銀崎晶馬】（若選擇其他同學則進入結局093）
由於澄野的胡言亂語眾人決定將他關到籠子裡。隨後澄野一直昏迷到了Day99，籠子的鎖被打開，澄野在校園裡發現除自己與霧藤以外的十一人全部死亡，部分同學背後的心臟被剜走部分仍然保留。最後澄野也受到襲擊倒在了血泊之中。
【分歧點：殺害銀崎的兇手是誰？選擇：依娃】（若選擇其他人則進入結局094~096，選擇澄野拓海則進入結局097） 澄野胡亂指認了一人又說不上理由，眾人決定將他關到籠子裡。隨後澄野一直昏迷到了Day100，籠子的鎖被打開，澄野在校園裡發現共有9人死亡，此時霧藤、萌子出現在操場上，並指認澄野為兇手，澄野認為... 【分歧點：殺死大家的兇手是......】
萌子聽聞後突然暴走，舉起一把屠刀向澄野砍去，澄野略施體術奪刀並反殺了萌子，霧藤因萌子之死而喪失了理智，抄起掉落在地上的刀殺死了澄野。
霧藤聽後因想起學園裡的慘狀而放棄了思考，獨自一人向不滅之火牆奔去並躍入其中被焚燒殆盡，澄野見狀後也喪失了理智跟著跳了進去。
澄野認為二人不可能是兇手，或許是自己無意之間殺了其他同學，並放棄了抵抗。萌子隨後用屠刀將澄野斬首。
澄野覺得有很多證據表明自己可能是那個兇手，正當眾人想把澄野關起來的時候澄野突然表現出抗拒並一路狂奔逃離，隨後拿上滅火器準備離開學園，抵達火牆時發現面影早已恭候多時，並打算殺掉澄野。千鈞一髮之際霧藤趕到並替澄野捱了面影的一刀，澄野見狀後悲憤交加，與面影纏打在一起並向火牆滾去，最後二人被不滅之火蒸發殆盡。
【分歧點：要阻止依娃說下去嗎？選擇：不阻止】（若選擇「阻止」則進入結局098）
澄野擔心如果X在眾人之中的話，可能因為擔心暴露身份而選擇引爆炸彈與大家同歸於盡，於是阻止了依娃繼續說下去。依娃隨後放聲大笑，認為眾人的下場註定是悲慘的，隨後主動引爆了身體內的炸彈。
【分歧點：X的真實身份是？選擇：九十九過子】（若選擇其他人則進入結局099）
澄野猜錯咯，於是X一槍把澄野秒了。全作最簡陋最敷衍的結局之一
|
| ||||||||||||||||
