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基本資料
親屬或相關人
Marco-00
兔月（第一部）
水瀨愛水瀨綾（第一部）
石動（第一部）
薰（第一部）
峰岸春香（第一、二部）
只有走在地球最深處的人才能看到的世界
在那個地方，出現在我們面前的是最偉大的雕塑家——大自然
龍泉洞——由神創造的美麗的、巨大的鐘乳洞，總深度超過了3000米
迄今為止，沒有人看到過它的最深處為何風景
地下湖的湖水清澈，深處的道路十分複雜，資深的潛水員也難以探索
韓松洞——世界上最大的洞穴，深度超過200米，霧氣瀰漫，河水流淌，草木茂盛
在20世紀末的探險家們踏入這裡之前，一直是與地面隔絕的另一個世界
植物、昆蟲、鳥類、動物、菌類，洞穴中的生物與地表完全不同，是獨特的生態系統
蓮見遇到了一個奇怪的機器人，他說著蹩腳的日語，自稱來自未來
為了避免七天後將會到來的隕石雨
二人一同從富士山腳下的巨大隕石坑下降
在這個充滿神秘生物的地下世界裡
是有力揮著劍的少女嗎？還是…
——《地殼之下》
隕石襲擊事件後的公元2101年
正式成為部隊一員的少女蓮見，被委託以人生中第一次的遠距離任務
加里曼丹叢林中目擊到了未確認的生物武器
本應是一次簡單的調查，但是…
——《美人魚之謎》
蓮見栞是由八角家（）製作的成人向的遊戲《傳說·地殼之下 -蓮與最後7日-》與其續作《美人魚之謎-蓮與深海姐妹》[1]的女主角。蓮見的行為模式十分奔放，被馬可評價為「不顧後果、埋頭猛衝」（也因此不論是設定圖還是立繪，第一部時的蓮見均攜帶側重力量的Mighty模式，而非側重速度的Swift模式），常帶著輕鬆的表情突然做出很超乎尋常的事情，也經常讓同行的馬可十分擔憂。然而在蓮見那要強的表面下，也隱藏著脆弱的一面。
經歷
以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀
| 蓮見與最後的七天 |
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我們所居住的世界下面有什麼？
現代的出色研究雖然已經揭示了很多內容，但其中的絕大部分仍是未解之謎；就連地球表面覆蓋的薄薄的地殼，也只被解明瞭一小部分。
如果，隕石沒有墜落在富士山腳下，少女也沒有到達那個巨大的陷落洞底部，富士山地底無數的熔岩洞穴之謎，可能就不會留在人們的記憶中了。
公元2082年[2]，隕石墜落在靜岡縣御殿場市富士山的山腳下，但並未引起火山爆發，而是穿過熔岩洞穴，達到了6000米深的地底。
公元2101年1月1日，新世紀之時，無數外星生物以無法被偵測到的、單個直徑為1~2米的隕石雨的形式降落到地球，然而人類並未團結起來，而是互相猜疑；當時的聯合國管理AI「索菲亞」也無法處理。付出了巨大的犧牲後，存活下來的人類派遣可變通用型第五代安卓機器人「馬可（）」回到流星雨發生的2101年前並破壞2082年隕石的本體以阻止「流星雨之夜」的到來，希望改變現狀。
2100年聖誕節的前夜，蓮見在東京的某個小巷中被兩個男人脅迫並在被催眠的情況下遭到強○。絕望之中意外遇到了從24年後的未來通過時光旅行來到現在的機器人「馬可」，在馬可的幫助下脫離了困境；在馬可支支吾吾地提出想要與蓮見一同前往地下探險時，蓮見欣然答應，並將其作為馬可贈予的「聖誕禮物」。之後的交流中，蓮見以「只有一週的時間，會給父母發郵件」為理由搪塞了馬可對蓮見父母的擔心，並以「想要見到馬可」為理由回答了馬可對蓮見於深夜中獨自待在偏僻小巷中的疑問。之後，馬可變形為類似平板的終端形式，方便蓮見攜帶。
當你真心渴望某些東西時，整個宇宙都會協力幫助你實現願望。
確定了目標為到達隕石坑的隕石本體後，蓮見與馬可於聖誕節上午偷偷進入了隕石坑附近的陸上自衛隊御殿場東基地，並在當地旅店「諾提拉斯」中遇到了店長之一的NPF服務所屬通用型安卓機器人「兔月」。馬可稱蓮見為從市谷派遣到當前基地的特命隊員，併入侵情報局的伺服器，為蓮見製作了虛假的ID；之後兔月將旅店二樓最右側的房間分配給蓮見，作為活動據點使用。在整頓好後，蓮見便朝著富士山隕石坑進發。
| 第一日-腐爛廢坑-熔岩池 |
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2100年12月25日,9:18
海拔761m，氣溫6.6°C，氣壓692.1mmHg（924hPa）
由於受到幹擾，絕大部分電子設備在離開設有衰減器的御殿場東基地後都會無法使用[3]，因此隕石坑內只能使用水銀柱式的氣壓測量計一類的原始設備。隨後於洞穴中，蓮見取得了由紅鉛礦（即鉻鉛礦）組成的第一枚寶玉，可以與馬可的驅動機構連結並產生強大的能量結晶。蓮見偶然發現了通向外面的洞口，並看到了遠處的箱根山。雖然蓮見對那裡即將舉辦的新年接力賽表現得很有興致，但當馬可提起蓮見的可能正在擔心的家人時，蓮見卻十分不滿，並直言「這是讓自己感到很不舒服的話題」。
海拔746m，氣溫15.1°C，氣壓696mmHg
原本只應存在當地自然生物與外星生物的富士山隕石坑，不知為何出現了人類的身影還對蓮見有著敵意。之後蓮見選擇使用火焰攻擊點燃燃氣，但引起了劇烈的爆炸，馬可在保護蓮見後批評從在東京偶遇時就過於莽撞蓮見，並希望蓮見能夠珍惜自己、與馬可認真合作、並聽取馬可的意見。在馬可的建議下，蓮見在巖壁薄弱處打孔，將地下水脈引向正在發生礦井火災的地方後撲滅了火災。
海拔612m，氣溫26.8°C，氣壓709mmHg
在礦坑的最深處，蓮見遭遇了僅在地下2650m的區域有著目擊記錄具有三個頭的星外生物「地獄犬」，在遭遇3000°C高溫攻擊、護盾效率降低過半、戰鬥服在高溫下損壞、馬可變形而成的劍亦被炙烤至高溫的絕境下，蓮見在馬可的建議下反過來利用積蓄的高溫成功擊敗了地獄犬，並成功撤退回地面。
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| 第二日-冷氣橫穴 |
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2100年12月26日 8:07
旅店中，蓮見被告知與外星生物接觸S○X會受到汙染影響並影響精神，雖然短期內不會影響，但需要進行後續處理——洗澡、好好睡覺或○721等會讓人放鬆精神的方式消除。研究所中，石動博士還警告蓮見與外星生物接觸會導致遺傳創傷（基因信息遭到汙染，從而與那個外星生物變得越來越相似），但也可以通過相同的方式消除影響。偶然之間，蓮見接觸到了許多在24年後參與了馬可的設計與製作的重要人物。
海拔12m，氣溫3.4°C，氣壓759mmHg
進入洞穴沒多久，蓮見便遇到了被外星生物製造的特殊冰塊凍住的人，在同伴的請求下蓮見使用火焰解救了被凍住的人。之後二人透露自己隸屬於一個名為「水瓶座之瞳」的組織，並因說話方式十分傲慢並掀了蓮見的裙子而激怒了蓮見。在物理超度了洞穴中遇到的另一名組織成員後，蓮見在洞穴中找到了「冰潔」的寶玉。
海拔-17m，氣溫7.0°C，氣壓762mmHg
進入一處古老寺廟的地下後，蓮見遇到了雖然是小孩、但卻是水瓶座之瞳的成員的「尼古拉」，將其擊敗後，蓮見對其施加了懲罰進行手○並仔細研究了一番其結構，但卻在放鬆警惕之時讓尼古拉被在洞口遇到的二人救走。
海拔-34m，氣溫11.6°C，氣壓763mmHg
擊敗深處的詛咒骷髏後，蓮見暫時回到地表休息。
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| 第三日-纏繞濕原 |
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2100年12月27日 8::42
馬可向蓮見坦言開發自己的小組中有一人名叫「斑鳩教授」，在將馬可送往2100年時意外以電子漂流的形式向馬可輸入了一份人格數據，但這一行為違反國際法，而作為這份人格數據的原型的那個人因為「某種原因」被關押在偏遠的收容所之中，且馬可表明這份人格數據並未啟動，且蓮見有著將其刪除的權利。在蓮見的要求下，馬可向蓮見講述了這個人的故事。
人格數據的原型名為「馬可」，是斑鳩教授的戀人，也間接促成了Marco-00的開發；之後斑鳩教授參加了富士山隕石破壞計畫，而作為外交官、與政治作鬥爭的馬可卻被逮捕並判處禁閉。斑鳩教授偷偷取出了馬可的人格數據並偷偷貯存在Marco-00之中，但事情暴露，斑鳩教授被迫緊急啟動傳送裝置將Marco-00送往過去，但由於電力供應不穩，Marco-00到達過去的時間比預定的時間要晚很多，之後馬可自動啟動，為了尋找拍檔而在城市之中徘徊，之後便在小巷中遇到了蓮見。
之後，蓮見決定不刪除Marco-00內馬可的人格數據，但也沒有選擇為Marco-00安裝馬可的人格數據。
由於隕石坑深處的五合目基地的電波衰減器出現了故障，噴出的大量不可視離子影響了包括機器人在內的精密設備；由於缺乏能直接降入深處的直升機，蓮見決定由自己和可以維修電波衰減器的馬可徒步前往。
海拔-721m，氣溫28.3°C，氣壓831mmHg
海拔-872m，氣溫29.7°C，氣壓847mmHg
洞穴中，蓮見發現了未知生物的卵，之後確認為該處生活的一種蜘蛛的卵。
海拔-1136m，氣溫26.7°C，氣壓875mmHg
蓮見遇到了一名昏倒的探險者。雖然沒有明顯外傷，但身體上覆蓋著不知名的粘液。在前方不遠處，蓮見遇到了外星生物「湖沼魅魔」。將其擊敗後，蓮見打通了前往五合目基地的道路。但在五合目基地的隱秘角落，蓮見遇到了當時在小巷中的兩個男人，但蓮見再次被以同樣的手段催眠白給並強○。之後，馬可協助當地的陸尉修復了衰減器。
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| 第四日-第一研究所-地獄鐘乳洞 |
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2100年12月28日 9:22
蓮見在修復衰減器後回到了御殿場基地，水瀨愛因在第一日的對話中得知「24年後有一名叫做水瀨綾的研究員參與了Marco-00的研製」一事而與蓮見與馬可交流。在與水瀨愛的對話過程中得知愛是肉體已經死亡而意識連續的TP（複製人格）安卓機器人，以前的愛名為「水瀨綾」，由於從出生開始身體情況就很差，便在研究TP機器人的父母的操作下，將綾的人格複製到了一台TP機器人的身上。變成機器人的綾看著躺在病床上的另一個自己，並拔掉了「另一個自己」佩戴者的人工呼吸器。但之後，水瀨綾原本的身體奇蹟般地康復了，而作為TP機器人的水瀨綾便變成了一個複製品，她的父母也不再認為她是水瀨綾。由於法律上不存在複製元的人類，機器人水瀨綾便喪失了自己的家。之後石動博士將機器人水瀨綾領養、並將她改名為水瀨愛。
打斷對話的是石動博士帶來的壞消息。前天（12月26日）水瀨綾的情況卻突然惡化，並於昨晚（12月27日）去世，而水瀨綾的父母則想將水瀨愛領養回去。愛陷入崩潰並一個人待在研究所的三樓，石動博士希望作為同齡人的蓮見能夠給予愛些許慰藉，但愛表示自己暫時不想與任何人說話。
重新回到五合目基地後，馬可表示因自身搭載的電波衰減器可能無法承受超過3000米深度的電波的情況，因此暫時無法繼續向下探索。而強化電波衰減器性能的「元件」可能在五合目基地的第一研究所有少量庫存。但第一研究所已被廢棄，同時內部有著漂浮的不明機械。為了進行探索，蓮見決定向第一研究所進發。
海拔-2276m，氣溫23.1°C，氣壓995mmHg
蓮見取得了寶玉「雷光」。馬可通過打倒的機械，認為其為等離子驅動，使用離子屬性的攻擊會很有效。此外，由於受到隕石坑內汙染顛簸的影響，這些機械已經無法人為操控，並且可對蓮見造成汙染。
海拔-2262m，氣溫25.3°C，氣壓990mmHg
蓮見偶然遇到了拘束特化的D)S-07，並將其擊敗。
海拔-2272m，氣溫25.3°C，氣壓993mmHg
解除二樓的安全裝置後，蓮見在設施內遇到了水瓶座之瞳的成員，戰鬥過程中再次遇到尼古拉。與之戰鬥過程中，蓮見受到教團魔術師的催眠，在喪失理智的情況下以驚人的力氣撂倒了尼古拉並強制對其進行口○。
海拔-2266m，氣溫25.2°C，氣壓992mmHg
蓮見取得了電波塔的鑰匙，並從水瓶座之瞳成員手中得到了一枚限制馬可的功率的插件。之後，蓮見在塔內迎戰突然出現的DOS-00。
| DOS-00一戰中的BAD END分支 |
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觸發條件：蓮見在變身中敗北
由於變身耗盡了馬可的電池，蓮見無法使用馬可的緊急脫出機能。敗北的蓮見被DOS-00帶走，換上了猥褻的衣裝。在極致的快感與洗腦機器的作用下，蓮見屈服於DOS-00並遭到了精神改造，以一個玩具娃娃的身份永遠地存活下去。
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擊敗DOS-00後，蓮見在其身後的機器取得了更高性能的濾波器。由於更深層的部分還沒有探索，因此蓮見只能尋找其他的隱藏道路接近隕石坑內的隕石。確認了在深度4800m左右有著水瓶座之瞳的秘密據點後，蓮見決定在次日尋找能夠前往該基地的秘密方法。
離開研究所後，蓮見回到了纏繞濕原，並在地獄鐘乳洞內取得了寶玉「翠玉」。
| 再次遇到催眠男人的BAD END分支 |
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觸發條件：蓮見第三次遇到催眠男人
無法抵抗內心深處慾望的蓮見再次找到了當時在小巷中將自己催眠的男人。
之後無止境地使用變身挑逗男人、並被無數次催眠後，蓮見的催眠已經無法解除，髮色也被固定為了變身後的藍白色。
蓮見的探險旅途，也到此結束了。
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| 第五日-「水瓶座之瞳」中繼基地 |
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2100年12月29日 9:39 雨天
愛在次日決定回到原來的家裡，並決定再次以水瀨綾的身份活下去。蓮見也收到了在峰岸改造下成功搭載反波動素子的馬可。但石動博士因為過度操勞而病倒，並被送到了附近的醫院。愛因為沒能在博士離開研究所前給博士答覆而感到自責。幸運的是，博士並非處於命懸一線的狀態，但仍需修養一段時日。愛與蓮見約定在新年之時前往醫院拜訪石動博士。之後，蓮見通過推測與問詢隊員，在五合目基地值班室旁的井蓋下找到了通往水瓶座之瞳中繼基地的隧道。
海拔-3908m，氣溫24.7°C，氣壓1235mmHg
由於馬可難以破解基地中大門使用的非電子鎖，因此蓮見決定以旁邊的RAG遊戲將意識連接到遊戲內的14cm尺寸仿生機械人中，並從機台中取出鑰匙，並通過鏡子在遊戲裡的兩個世界中穿梭。然而內部的怪物並非遊戲的角色，而是從外部侵入的外星生物。通過水流旋渦的實驗，馬可認定該處並非真正的鏡世界，而是通過機關佈置成像是鏡世界的機關屋。在之後的探索中，蓮見遇到了可以擬態成先前強大敵人的外星生物「夢魘」，在戰鬥過程中，地板塌陷導致蓮見掉入深層，並陷入昏迷。
在聖誕之夜會發生奇蹟，雜誌上是這樣寫著——鼓起勇氣，走在夜晚的街道吧，也許會遇到改變你命運的人。
蓮見出生在一個普通的家庭。每天做著單一的、重複的事，漸漸地使得她有了逃離這樣的生活的想法。在走廊盡頭遇到了剛剛結束了文化祭演出的的音樂社團的前輩。
你也來試試吧？
意外加入的蓮見，在排練結束後的黃昏，被前輩邀請著，並沒有直接回家，而是繞路前往原本可能一輩子都不會前往的樂器店。
原本應該是這樣的——
咚
就在那時，夕陽從我眼前掠過。
身體中的重力突然消失了，呼吸也停止了，身體像是爆炸了一樣。
在眼花繚亂的景象中，有著把我撞倒的汽車。
我，無法改變…
雖然蓮見的身體得到了及時的治療，但頭部留下了難以治癒的異常。在父母的要求下，蓮見的身體進入了風險極大的冷凍睡眠，而蓮見的意識則被複製到了機器人的身上。
因為我想改變，所以受到了懲罰——
突然從昏迷中驚醒的蓮見，理清自己從二樓掉落的狀況後，由於在昏迷中夢到了過往的經歷，陷入了情緒不安定的情況。
我其實…很害怕。
這一個星期，雖然看到了自己從未見過的世界，但是，畢竟——我們來到了這麼遠的地方…
雖然一開始只是無憂無慮地跟著馬可，但是周圍的景色變化得太快了，我從來沒有想過會變成這樣。
我做了一些無法挽回的事情，當我的…處女被奪走的時候，我感到非常後悔和難過，所以我就不想回憶了。
不知不覺中，我好像已經到了一個無法回頭的地方…我感到非常害怕。
並不是說要放棄探險，只是，這一個星期對我來說有點太快了。
現在我的存在的理由只有馬可一個人，如果馬可不在了，我不知道該怎麼辦。
這麼久以來都沒有關心過蓮見的情況，非常抱歉。
我會一直陪伴在蓮見小姐身邊。如果蓮見小姐希望的話，我會一直陪伴在您身邊，直到永遠。
至少在2101年前，我都不會離開蓮見小姐的。
不管怎麼樣，蓮見小姐就是蓮見小姐。
…
馬可，今天回去後我有話要和你說。
在馬可的幫助下穩定了情緒的蓮見，繼續在這個世界裡探索著。由於馬可在先前定位到了所需的鑰匙在三樓，因此二人便向著那個方向前進。
| 根據戰鬥情況的非結局分支 |
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觸發條件：蓮見在變身中被裝備「束縛帶」，並經過兩回合
在與錫制女王的戰鬥中，蓮見被錫制女王的拘束衣束縛，戰鬥服也被改造為黑色的膠衣。由於外星生物的攻擊影響了馬可的機能導致蓮見無法解除變身，在無法自主從拘束中逃脫的情況下，蓮見被迫撤退回基地，並尋找其他人（御殿場東基地、五合目基地的任意人或五合目基地左上的男人）幫助解除拘束衣。
在解除拘束衣後，蓮見再次返回中繼基地並繼續探索。
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破解了全部謎題後，在遊戲的盡頭，蓮見再次與夢魘對峙。
| 敗給夢魘的BAD END分支 |
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觸發條件：蓮見在變身中敗北、或者被傀儡線完全支配
由於變身耗盡了馬可的電池，蓮見無法使用馬可的緊急脫出機能。蓮見被夢魘帶走並被附身，精神世界中的蓮見被藍色的細線變成提線木偶一般的存在，在夢魘的催眠下沉浸在快樂的泥潭當中，忘記了戰鬥至今的理由，再也不會醒來了。
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成功擊敗夢魘後，蓮見取得了中繼基地大門的鑰匙，並回到御殿場東基地整備。
2100年12月29日 22:12
夜晚的御殿場東基地後的高台上，只有蓮見和馬可二人。
從這裡可以看到這麼美麗的夜景，我之前在這裡待了五天都沒有發現。
我做了個夢。在RAG中失去意識的時候，我做了一個最不想回憶起的夢。
那是我學校文化祭的那天，一切都徹底改變了…我當時正和新認識的朋友一起回家。那天真的很開心，我發現自己第一次可以毫不拘束地和別人聊天。在回家的路上，我們決定去附近的樂器店看看…我覺得自己當時真的很開心，好像有什麼美好的事情即將發生。我覺得有什麼奇妙的事情要發生了。
但之後，周圍的一切都變得模糊不清。然後，我被車撞了——
醒來時，我在一個我不知道的白色房間的床上，門口貼著什麼什麼研究室的標牌。雖然我記得在意識消失之前，我躺在柏油路上。但是，我身上不僅沒有感到疼痛，甚至連一道傷口都沒有。我突然意識到，我所在的地方根本不是什麼醫院。
當我醒來時，媽媽抱著我，然後告訴了我——
身為人類的那個我，已經無法被救治了。現在的我是由鈦和生物部件組成的機器人。
我的腦海一片空白——
一開始完全沒有實感，早上起床、吃飯、去學校，和身為人類的時候的感覺一點也沒變。但有時會突然感到身體的不適。手臂中金屬摩擦的聲音，頭腦中咔噠作響的聲音，我不能讓任何人發現。每天我都覺得我的秘密會被發現，明天可能就不能去學校了，我一直在考慮這些事情…這大概就是詛咒吧。我被詛咒什麼都不去想的生活。再也不能成為自由的人類了，這是變成這樣的詛咒。
從這裡可能看不到，但在太空中飛行著許多人造衛星，對吧？那些人造衛星和探測器，世界各地的人們都在努力將它們發射到太空。但是這幾千、幾萬台機器被地球的重力束縛著，一直在周圍旋轉。一直旋轉，在太陽能電池壞掉之前，一直…
但是也有例外。旅行者一號，五台無人探測器之一，超過了人類第一次看到太陽系外的先驅10號，飛離地球，朝向最遠的地方。在黑暗的宇宙中發出永遠無法到達地球的信號，獨自飛行的孤獨探測器，我很羨慕。
如果願望能實現，我也想做自己想做的事情，不用在意任何人的眼光。
蓮見想做什麼？
我…
我想試著唱歌。像在小小的視聽室的舞台上唱歌的前輩們一樣，高聲唱歌、盡情發聲、然後有一天被所有人認可，在更多人面前…這不是我從小就夢想的事情，只是一時興起，但是，這只是一個夢…聽起來不是很蠢嗎？夢想一個永遠不可能實現的未來。
但是我來到這裡後，不知道為什麼，這裡的環境輕易地就將我改變了。也許，這就是我一直想要的東西。
我很奇怪吧？如果我能在10年內決定未來的我所走的道路，我會比現在更加感到害怕。像旅行者號一樣，踏上永遠不能回來的軌道，在廣闊的宇宙中獨自一人…我的父母能原諒我這種自私的願望嗎？「請不要做那樣的事」的真正的理由是什麼呢？
馬可，我不是機器人！雖然不是機器人，但如果不再被人需要，我也會感到寂寞的…我沒有自信孤身一人去，我從一開始就沒有…我想要擁抱…
非常抱歉，蓮見。其實我從一開始就注意到了，蓮見你所隱瞞的這件事情。我的眼中甚至可以看到生體部件下面的結構。
太過分了…
非常抱歉。
你擅自偷窺，這件事不會就這麼算了…
非常抱歉。
我對馬可什麼都不知道…
…
其實我還有一件事情沒告訴蓮見。
實際上，為了執行阻止流星群到來的最終序列，目前可用的神經電路容量不足。必須在後天深夜十二點之前，啟動安裝在我內部的「馬可」的人格數據。
…如果安裝了「馬可」的人格數據，現在的馬可會怎樣？
現在的我是存在於BIOS程序中的對話算法，沒有人格。安裝後，「馬可」將接管神經電路的所有功能。
那麼，現在的馬可就不在了呢…果然很不公平啊。自己的事情辦完了就匆匆離開，最後我還是被拋棄了。我不能一直將這個探險繼續下去…明天結束之後，我必須回家去…我沒有像愛一樣有那麼強大的內心。如果沒有馬可，現在的我就…
蓮見的話就沒問題了。就像蓮見相信我一樣，我也相信蓮見的力量，所以沒問題的。
……
謝謝。
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| 第六日-水瓶座之瞳總部 星之殿 |
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2100年12月30日 8:07
在取得大門鑰匙後，蓮見決定利用水瓶座之瞳的中繼基地後的隧道下降到4500m以下的深度。
海拔-4811m，溫度34.8°C，氣壓1334mmHg
由於正門存在崗哨，蓮見決定從左側的側門潛入。在側門倉庫中，蓮見找到了可以快速移動的「高速移動裝置」，可以利用登記的坐標瞬間來回移動。由於分配器處也有著很多戰鬥員，為了突破此處，蓮見找到了分配器的控制室，並採用「只要是不認識的按鈕就統統按一遍」的熊孩子策略使機械臂撞上分配器，並吸引走了戰鬥員的注意力。之後通過通風管道逃脫了戰鬥員的追擊。
在研究設施中，蓮見發現水瓶座之瞳的成員正在研究可以在一個神經電路中搭載多個人格的TP機器人，該做法存在著嚴重的倫理問題。正當蓮見處於震驚中時，尼古拉再次出現。但其他戰鬥員出現時，尼古拉卻稱蓮見是自己的朋友，暫時躲過了戰鬥員的盤查。但就在尼古拉想與蓮見進行對決時，蓮見使用鋯石粉末迷惑了尼古拉的視線，並再次進入通風管道逃脫。
在地下的伺服器室，蓮見發現水瓶座之瞳的服務期內存貯著30萬人份的人格數據，並希望將之融合，通過集合全人類智慧的方式來做出重要的決定。之後，蓮見毀壞了這裡的伺服器。
海拔-4839m，氣溫35.5°C，氣壓1337mmHg
在暴力追殺無禮的戰鬥員到死路後，蓮見遇到了前來支援的尼古拉，並與之戰鬥。
| 與尼古拉戰鬥的的非結局分支 |
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觸發條件：蓮見先前在與巨漢戰鬥員的戰鬥中被納米機器F○TA化
由於蓮見的小蓮見難以被戰鬥服隱藏、再加上蓮見突然發○而使小蓮見彈了出來，嚇得尼古拉無法動彈。被○欲沖昏了頭腦的蓮見強行命令馬可調出備用的戰鬥服套在尼古拉身上，並使用小蓮見將尼古拉後門畢業。之後納米機器自主脫落。
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擊敗尼古拉後，蓮見拿到了尼古拉身上的鑰匙卡前往地下三層。但地下三層存在著無法通過的攔截網，而控制著攔截網的終端就在走廊的盡頭。
在那邊嗎…如果有其他的出口就好了——
都到這裡了還說那麼麻煩的話。
蓮見？難道——
如果入侵者裝備著等離子槍，那就很容易通過了呢。
暴力破解攔截網後，蓮見繼續前進。
海拔-4854m，氣溫28.1°C，氣壓1360mmHg
在設施的最深處，蓮見遇到了社長「星雲」，星雲對馬可表現出了極高的興趣，試圖奪走馬可。同時，也使用病毒入侵馬可的變身系統，使得蓮見呈現半變身的狀態如果變身的話則會變成半○的狀態。在馬可使用的戰鬥技術均被解析且更強地運用的情況下，依然艱難擊敗了星雲。
| 蓮見汙染度過高的BAD END分支 |
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觸發條件：蓮見在本場戰鬥時汙染度在80以上
由於戰鬥耗費了很長時間，蓮見被迫撤出星雲社。由於蓮見渾身刺痛無比，因而在半夜偷偷離開了御殿場東基地，走入了洞穴。雖然在馬可的幫助下變身並擊退了外星生物，但接下來的幾天蓮見的身體也逐漸發生了變化——外星生物的攻擊汙染著蓮見的身體，讓蓮見逐漸失去理智。蓮見逐漸地只會象徵性抵抗外星生物，並全盤接受著外星生物對自己身體的慾望。被外星生物迷住的蓮見就此喪失了繼續戰鬥的意志，淪為了外星生物的玩物。
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戰鬥結束後突然發生了地震，蓮見被迫使用快速移動裝置撤退回地表，而這樣的地震在馬可的數據當中卻並未有任何記錄。
極光的光之帷幕遮蔽了天空，隨著風搖曳著。
沒有在馬可記錄當中的、非常糟糕的事情正在發生著。
迅速前往五合目基地避難的眾人瞭解了地震發生的原因——隕石坑中噴出的磁場亂流導致關東上空出現了磁場穿孔，地磁場的強度在30分鐘前急劇減弱，不僅對機器人、還可能對飛機、自然界的生物產生影響。同時，由於水瓶座之瞳的基地崩塌，尋找前往隕石坑底層的道路也變得十分困難；同時由於地磁場變弱，也無法依靠指南針進行探索，再找到新的道路已經幾乎不可能了。
但根據手塚的研究，雖然有6500m深的隕石坑卻只有6000m左右的深度，且雖然隕石坑底部有大量地下水流入、洞內卻沒用充滿水。因此手塚認為坑底有著一個小型的熔岩洞，而水流入了此處。也意味著要達到6500m的深度需要先降落到6000m深處的隕石坑底，再沿著狹窄的洞穴河流行進500m。在此基礎上，直升機之類的設備完全無法使用。
為了突破當前的困境，蓮見與雲井草長決定使用極度危險的降落傘、並與能夠承受降落傘重量的強度且能快速充氣的橡皮艇結合。除此之外，馬可還裝備了兩個利用時空扭曲進行跨維度跳躍的裝置：其中一個在從24年前的未來來到現在時候已經使用，但另一個可以用於與蓮見一同從洞穴底部逃脫。
然而，這個裝置只能使用一次。一旦使用，屬於斑鳩教授的「馬可」就無法回去了。
眾人緊急設計、製作著蓮見需要的裝備，而蓮見則被要求去暫時休息，為明天的決戰做準備。
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| 第七日-隕石坑底部 蠢蠢欲動的深淵 |
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2100年12月31日 17:33
在地下瀑布的入口，眾人終於緊急完成了蓮見需要的裝備。在交代完一切後，蓮見向眾人告別，開始了最後的征程。
GOOD TO GO！！
————
海拔？？？m，氣溫？？？[4]°C，氣壓？？？mmHg
外星生物已經開始侵蝕並同化周圍的物質，使得坑底看起來如同一攤爛肉；與此同時，隕石本體的反應也已經十分接近了。在補給過後，蓮見便朝著隕石的方向行進。為了突破阻擋道路的觸手，蓮見決定將其燒掉。然而在此時，「肉瘤變異體」出現了。
| 肉瘤變異體戰敗的BAD END分支 |
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觸發條件：肉瘤變異體戰鬥中戰敗
蓮見被吞噬在不知道哪裡是生物的巨大肉壁中，四肢完全被肉壁觸手捕捉、成為了無法自拔的奴隸。每次高○到來，觸手都會發出強烈光芒將這份記憶烙印在蓮見的腦海之中。理性被侵蝕的蓮見沒有任何後悔，而是就此沉淪其中，精神就此墜入了無底的深淵。
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擊敗肉瘤變異體後，蓮見遇到了隕石的本體「法爾斯·阿納克圖魯斯」。
讓一切罪惡的根源——在這裡結束！
激戰過後，蓮見以等離子砲擊敗了法爾斯·阿納克圖魯斯。但此時地板突然崩裂，蓮見在無邊的黑暗中不斷下落，以驚人的速度接近地球的中心。
馬可…
…
再度睜開眼時，蓮見看到的不是熾熱的地核，而是蔚藍色的地球。
在黑暗中墜落了多久呢？當我注意到時，身體不再受到空氣阻力，只是漂浮在寂靜中。
那是地球嗎…？
是。
我，發生了什麼？
破壞了·法爾斯··阿納克圖魯斯時，其體內積累的時空扭曲開裂，我們似乎被吸入了其中。
那麼，穿越時間和空間來到這裡了…？
不，時間軸上沒有發生位移的跡象。現在是 2100年12月31日23時56分 。
而且，我現在可以呼吸，明明這裡是宇宙…
這個…我也不知道。
黑暗中漂浮著無數星星。這些星星大多數來自銀河系之外，超越遙遠的距離，照耀著這裡。這是一個伸手不見五指的黑暗孤獨的世界。
進入迴避序列的最終過程——
誒…？
蓮見，小隕石群現在正在接近地球的軌道。
！流星雨怎麼樣了？！
現在即將到轉法爾斯··阿納克圖魯斯向宇宙發射的電波，修正小隕石群的軌道。通過發射修改後的電波避免小隕石群撞擊地球。
…你真的能做到嗎？
當然，我就是為此而設計的。
地球在無底深淵的黑暗中浮現出來，太陽照耀著地球的另一側，釋放著生命的光芒。
這個星球的城市裡，人們正在等待新的太陽升起。
希望新的世紀成為美好的世紀，希望即將到來的時代充滿溫暖。
這個巨大的球體，彷彿是祈禱的形狀。
…馬可短暫的旅行者計畫也就到此為止了。
再過幾十秒，進程就會完成，我內部的「馬可」就會醒來。
馬可——
…28…
你在聖誕節救我的時候，是因為覺得我很適合這次的任務才這麼做的吧？
那個…我被編程成要對最初遇見的人這麼說。
…23…
當你鼓勵我時，我還覺得你的程序做得很好呢。
這個…
…19…
我知道了，你只是一個對話算法而已吧？
——即使如此——這一週真的很開心！
謝謝你！
不，我應該謝謝你。
…11…
…我…也能夠喜歡上新的馬可嗎？
——
我不知道，但是——
…8…
在這個黑暗的宇宙中，萬有引力一定會把兩個人吸引在一起的。
馬可…
…3…
蓮見，非常感謝你一直陪伴著我。
…1…
——馬上就要迎來22世紀了…
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| 結尾 |
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果然只有真正的「馬可」才會這麼說話…
雖然不知道以前的馬可是怎樣的，但這就是真正的我。
感覺…好像安裝了新的「馬可」一樣。
……
…蓮見？
啊。難道不是真正的馬可從一開始就醒了？
不，沒有那回事…
對於第一次見面的人說自己「進行了非法的電子行為」會讓人警惕不是嗎？就目前而言，這像對話算法的說辭我就不多說了…
所以，我認為你的性格數據從一開始就安裝了——
真是麻煩啊。
回想起來，只能說有時候對話算法回答得太好了。
那個時候的事情…我不知道。
明明對我做了奇怪的事情。
我沒有做過什麼奇怪的事情——不，我不知道那是什麼。
嗯…？
我和斑鳩教授，你更喜歡哪個？
什、什麼————哈、蓮見？！
…噗，啊哈哈哈哈哈哈！
蓮見，你這是什麼意思？
沒什麼，我們走吧。不快點的話我們可能要遲到了。
根據今天早上收到的郵件，石動博士已經恢復健康並開始進食了。
愛小姐的心意傳達到了呢。
原來如此。
還有我的心意…
蓮見？
總有一天，有人會讀到這個故事。但願它只是一個故事。
請跟隨我（）…
一起重讀這個故事。
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| 蓮見在旅途中的所見所聞 |
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第一日
方解石：石灰岩中非常普遍的礦物質，主要組成部分為與蛋殼、貝殼的主要物質相同的碳酸鈣，是地殼中長石、石英之後第三多的礦物組，因被分割時會形成精確的平行四邊形而得名。特性之一為「雙折射」：由於方解石的晶體結構將光線墳場兩部分通過，在紙上寫下字跡、再將方解石置於字跡上方，在紙上的文字沒有移動的情況下，文字會像鏡頭一樣浮現在方解石的上表面。
黃鐵礦：由鐵和硫組成的礦物質，由於橘石貝殼由碳酸鈣組成，酸雨等物質滲入時就會被溶解掉，留下完整的化石形狀後，滲出的黃鐵礦就會成分就會凝固成相同形狀的黃鐵礦；在自燃形成的岩石裂縫中也會生長出黃鐵礦和方解石等物質。
石英：為地殼中第二多的礦物組之一，主要組成成分為二氧化矽，大部分石英體積並不會很大；大型石英結晶也被稱為水晶，是非常有價值的礦石，也可用作裝飾品。由於混入了鐵離子，偶爾也會產生紫水晶和黃水晶；除此之外，也有著人工製造的人造水晶，作為各類機械的「心臟」使用：給人造水晶加上電壓，水晶便會以極其精確的振動頻率[5]進行振動，計算機根據時鐘電路發出的ON和OFF的節奏進行計算處理。
毒鐵礦：鉀鐵碑鹽酸水水合物，因為含有砷而對人體有害，進入人體時會引起嘔吐、腹痛、阻礙器官功能乃至死亡，即使沒有急性中毒也可能因為在體內殘留而導致慢性中毒。
地下水脈：加壓層中流動地下水時有時會聽到嗡嗡聲，就像在地面上流動的河流一樣。
磷灰石：常見礦物質，具有多種不同類型，一種常見類型為鈣氟磷灰石，與牙齒的組成成分相同，同時也是骨頭的主要成分之一。
辰砂：主要成分為硫化汞，由自古以來就被用作紅色的顏料和藥物，雖然會會引起肺水腫和腎臟損傷，但使用特殊塗料的辰砂幾乎無害，即使用來喝湯也不會生病。
礦井火災：除非所有的煤炭等燃料都燒盡，否則便無法撲滅；或者在關閉礦山的前提下將礦道完全淹沒。
第二日
隕石：一般分為石隕石、鐵隕石、兩者混合的石鐵隕石。石隕石和常見的岩石沒有多大區別；鐵隕石是以鐵為中心的合金，也被稱為隕鐵，在進入大氣層時幾乎不會燃燒，在日本的明治時代也曾用隕鐵製作過被稱為流星刀的日本刀。
冰柱：常見於低於冰點的洞穴，也稱為冰筍，形成原理與鐘乳石相近，從天花板滴下的水滴在接觸地面的瞬間凍結，然後堆積起來變大。
冰晶石：白色的渾濁石頭，與鋁工業緊密相關：鋁的大規模使用歸功於1886年霍爾-赫勞爾特電解制鋁法的發明，該方法通過在1000攝氏度的電爐中融化冰晶石，然後將鋁土礦（氧化鋁）放入其中，通過電解分解製得鋁。冰晶石的折射率與水幾乎相同，光線從水中穿過冰晶石時幾乎不會發生折射，看起來就像冰晶石消失了一樣；但冰晶石並不會在其中融化，也因此被稱為「不會融化的冰」。
冰洞：冬季積雪滲透到地下，在地層上條件相符的情況下便會形成比外界溫度更低的冰洞。
熒石：漂亮的藍色礦物，本身並不發光，在照射紫外線或緩慢加熱時會發出微弱的螢光，但加熱會使結晶體結構無法承受從而破裂。
重晶石：與方解石十分相似，成分為硫酸鋇，是最常見的含鋇礦物，可作為藥品、玻璃、塗料、紙張等的原材料。
方沸石：含有鈉離子、鋁離子、水分子等成分，呈現出針狀的生長方式，觀感接近棉花，但十分脆弱，開採觀賞用的方沸石時需要手工操作且十分小心，因而大而無傷的方沸石十分昂貴。
孔雀石：形似泡沫的綠色石頭，成分為含有銅離子的碳酸鹽（與綠礬的成分相同），因有著像孔雀一樣美麗的花紋而得名，拋光後不同粒度的層重疊在一起，會形成同心圓形的圖案，傳說在古代曾被用作眼影，也可作為顏料。
金紅石：形似針頭，為二氧化鈦的正方柱狀晶體結構，通常從鐵礦石中生長出來，是工業上最重要的鈦合金材料，成品被應用於電腦機箱、自行車架。高爾夫球桿、化妝品、催化劑、人工關節、建築材料、宇宙飛船外殼等多種領域，具備高強度、耐熱性、耐腐蝕性。
第三日
解理：礦物易於斷裂的方向，可用於作為判斷礦物的依據之一。
電氣石：其中一種為鋰電氣石，兩端明顯分為兩種不同顏色，並以熱電效應而聞名於世：當鋰電氣石受熱時，兩端會帶有正負電荷。
方沸石：其中一種成分為鋁矽酸鹽（水軟化劑），也是洗衣粉與洗滌劑的成分之一。沸石中含有的鈉離子可在不破壞沸石本身的結構下自由進出，可與硬水中的鈣離子、鎂離子交換並達到軟化水的效果。
菱錳礦：主要成分為碳酸錳，形似紅寶石（氧化鋁[6]），可呈現出菱形六面體狀、鐘乳石狀等多種形狀，顏色也從桃紅色到灰色不等，
亞歷山大石：綠柱石的一種，由於含有微量的鉻而在光照下會產生顏色變化（紅色光源中呈現紅色，藍色光源中呈現綠色）。
膽礬：主要成分為五水硫酸銅，呈藍色，加熱後失去水分子，會變成白色的無水硫酸銅；重新加入水後則會再次變回藍色。也因此直接保存時具有一定難度。
第四日
鐘乳石：和方解石成分相同，很漂亮，但也十分脆弱。
自然金：地球上無法自然製造金，能製造金的地方在宇宙中僅有恆星超新星爆炸的中心，包含金、銀在內的重元素均是在地球形成過程中吞噬了超新星爆炸的碎片而存在於地球上。此外，海水中也溶解了約15000噸的金。
青鉛：鉍金屬。
第五日
鉍晶：將鉍片放在鍋內用中火加熱，在271°C左右融化後變成液體；鉍在冷卻固化的過程中會形成骸晶：結晶時角部分比面部分先固化而形成凹陷的形狀，由於表面氧化膜的折射現象，有些地方看起來會變成藍色或者黃色。
科裡奧利力：在北半球，無論是怎樣的旋渦（放水時產生的旋渦、颱風等）都會變成逆時針方向（左旋），但在南半球，旋渦會變成順時針方向（右旋），而在極點、赤道位置，由於力較小，水會慢慢流向中心。
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| 外星生物的來歷 |
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外星生物偶然遇到了於1978年發射的旅行者一號，並找到了其上搭載的唱片「地球之聲」。
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| 蓮與深海姐妹 |
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2101年10月28日 13:38:07 加里曼丹東海岸 原始密林
流星雨事件的一年後，蓮見正式加入了軍方。在第一次遠行任務中，以驚人的氣勢直接從高處突入森林，並利用馬可的新功能一口氣掃清了降落範圍內的敵人——
雖然很想這麼說，但其實是由於峰岸使用的定位系統導致投放蓮見的位置出現偏差，因此蓮見被直接丟到了敵人數量眾多的區域。
2101年10月28日 17:19:54 太平洋上某處
傳送到前線基地後，峰岸小姐簡單介紹了基地內的系統，並委託蓮見在森林內尋找敵人的據點。之後，蓮見向峰岸展示了在探險過程中找到的生物片段，峰岸表示這種物品可存貯的信息量極大，可以將人體內的數十兆細胞的數據全部存貯；但因為是分段存貯且十分精密，峰岸也無法確定這些生物片段存貯的數據的主人是誰。
粘液山谷
在森林中探索時，蓮見遇到了鋼鐵人魚的成員、穿著奇特暴露的少女「莎希」。莎希突然撤退，並留下了巨大的粘液蠕蟲阻攔蓮見的追擊。擊敗粘液蠕蟲後，蓮見回到基地。在蓮見的調查之下，峰岸得以對敵人的生物兵器進行深入研究，並製作了新裝備。同時，峰岸也對蓮見每次給出的H的異常狀態報告過於詳細的事情感到擔憂。
……身體撐得住嗎？
呃…啊啊…那個…
狩獵之地
由於地面大規模被破壞，痕跡上接近於直徑3m左右的大型樹木被連根拔起，在對拔出樹木的理由進行分析時，馬可認為可能是樹木自己在帶著根系進行「移動」。
窮追不捨
在調查中，蓮見遇到了莎希的姐姐，同樣屬於鋼鐵人魚的人造人「芽衣」，在追問其目的的過程中，芽衣表示蓮見有著「具有成為自己的東西的素質」。之後芽衣撤離，並留下了巨大的花朵阻撓蓮見。
| 1-4 根據異常狀態攜帶情況的分支 |
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觸發條件：蓮見以攜帶「胎動的魔種」的狀態回到自己的房間
由於寄生在身體內的魔物處於臨產狀態，蓮見回到基地的個人房間，並產下了藍色的寄生觸手，這個觸手具有著吸收蓮見體內的汙染的能力。在吸收一定量的汙染後，寄生觸手也會長大。
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| 1-4 BAD END分支 森之苗床 |
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觸發條件：蓮見以攜帶「胎動的魔種」的狀態進入BOSS戰
在體內種子的渴求之下，蓮見被控制著、迷失在了森林的深處。在花粉的作用下，蓮見被快感折磨的身體自然而然地放棄了抵抗。不斷被播種、不斷被汙染的蓮見就此在森林深處成為了魔種繁殖的工具。
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2101年10月30日 太平洋上某處
擊破巨大花朵後，結束了森林探索的蓮見回到基地，並將情況報告給了峰岸。峰岸認定可能存在著一個由人造人領導的犯罪組織，但蓮見因為過往的經歷，暫時不願將鋼鐵人魚的二人認定為壞人。通過對蓮見打倒的植物型生物兵器的分析，推測出了可能是鋼鐵人魚基地的地下設施的所在位置。由於總部到達需要很長時間，因此只能暫時由蓮見一人進行探索。
又是地底探索啊…
想起在富士山[7]的經歷了？
那可真是段令人不想回憶起來的冒險啊。
是令人印象深刻的冒險呢。
馬可君請閉嘴。
封閉研究所
到達基地後，突然出現的半截身入土的莎希的投影狠狠地誇耀了一番自己完全無視財政赤字所打造的這所基地。之後莎希表示，雖然自己製造了一些奇奇怪怪的生物，但扔希望這些生物有著完整的生命形態，在完成莎希的研究後可以回歸自自然、自由自在地生活，同時也向蓮見表達了自己的真實目的。
所有的人造人都有一個願望——那就是更接近人類。人造人只是靠編程來模仿人類的行為而已，而莎希與芽衣的目的便是真正具有人類的身體、人類的靈魂、人類的溫暖。
隔離區I
敵人的奇特生物在此處散播著氣體，吸入氣體後會對蓮見產生影響。馬可可以在蓮見蹲下並減少運動期間使用戰鬥服淨化蓮見吸入的這種氣體。後證實該氣體的作用為催○，並會使人上癮、主動前往散播氣體的生物處吸入氣體。
由於前方就是基地的控制室，因此芽衣出現並阻攔蓮見的前進。對話中芽衣證實了莎希的動機，但卻未回答莎希是否為人造人的問題，也未與蓮見發生交戰，而是撤退後並留下磁力機器人阻攔蓮見的前進。由於磁力的影響蓮見無法接近進行近身戰，因此使用不被磁力影響的爆炸桶破壞了機器。
隔離區II
蓮見遇到了大量飛行的意識幹擾器，只要這些機械飛到未啟動的機器人頭上，就可以對其進行控制。在找不到可進行控制的機器人後，這些機械便飛到蓮見的頭上，試圖控制蓮見。雖未能完全控制蓮見，但數據模塊仍會不斷地對蓮見進行汙染，同時也對蓮見進行了催眠，阻礙著蓮見的正常行動。由於該處的汙染氣體大量洩漏，封鎖裝置被觸發，蓮見在封鎖裝置完全將該區域封鎖前成功離開了封鎖區域。回到基地後，峰岸分析了蓮見收集到的信息，並從汙染中提取出了少許可以增強精神力的物質。
2101年10月31日 09:08:42 人魚啟航
即將破壞基地的控制中樞時，蓮見發現這個控制中樞本身就是一個巨大的自主防禦堡壘。在戰鬥中，先前已經對蓮見進行了解析的意識幹擾器也在不斷地通過無線連結的方式在蓮見的身體上追加異常狀態。
| 2-4 BAD END分支 莎希的催眠拷問 |
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觸發條件：蓮見攜帶「意識幹擾器」的異常狀態進入BOSS戰
由於被迫佩戴了 ，蓮見的位置被莎希實時掌控著。醒來之後，蓮見雖然已經變身，但戰鬥服系統已經被莎希入侵並改造為了別的款式。隨後在莎希的催眠拷問中，蓮見雖盡力抵抗，但內心的防壁還是一點點地被瓦解。最終在莎希的刺激與光球的催眠之下，蓮見無法抵抗快感的侵蝕，在恍惚之中成為了鋼鐵人魚的一員。
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擊破控制中樞後，海水湧入了地下基地。正當認為鋼鐵人魚已經無法再作惡時，巨大的潛水艦「自由之尾」號離開了地下基地，向著深海進發。由於蓮見對地下基地造成了大規模破壞，潛水艦被迫緊急出航，並上浮進行補給和檢查。峰岸定位到潛水艦在距離加里曼丹東海岸100公里的地方浮上了水面，並且會一路向東進入太平洋。得到了情報的組織將會在24小時內進入戰鬥狀態，並將潛水艦擊沉。蓮見認為莎希可能是和自己境地相似的TP型人造人，即通過手術將人類的大腦信息、感情全部複製入機械神經的變成人造人的人，通常只會在遭受巨大事故和身患絕症的人使用的極限手術改造。蓮見並不想讓潛水艦被擊沉，因此表達了從補給處侵入潛水艦並與兩名人造人交涉的請求，但峰岸警告蓮見，潛水艇一旦開始下沉，蓮見便無法傳送回基地，因此一定要在察覺到危險的第一時間回到基地，同時也希望馬可能夠阻止在關鍵時候沖昏了頭腦的蓮見。之後，通過對生物片段的進一步分析，峰岸認為其中承載的信息屬於和蓮見差不多大的女性小孩子，可能由於身體的損傷十分嚴重，就像被電車撞了一樣七零八碎，便寄希望於技術進步的未來將身體列印出來進行治療。
不休的心
「莎希到低是否為人造人？莎希的願望實現後打算做什麼？為什麼莎希只想著完成其他人造人的願望？莎希的裡面到底是誰？」
在蓮見的一切疑問都沒有得到解答的情況下，交涉破裂了；即使把軍隊已經準備對潛水艦發射對艦飛彈的事情高速芽衣，也沒有阻止二人讓潛水艦進入太平洋的決心。在第一次交涉破裂的情況下，蓮見朝著潛水艦的深處前進。
潛水艦內部有著大量的隸屬於鋼鐵人魚的女性戰鬥員，一旦捕獲到蓮見變為強制為蓮見戴上「絕望項圈」，干涉馬可的變身機能，使得通過變身呼出的戰鬥服變為鋼鐵人魚的戰鬥員的侵蝕戰鬥服的款式，使蓮見的身體變得敏感、產生依賴感的同時，無法通過解除變身的方式將其脫下。
在船內，蓮見發現了奇怪的椅子狀裝置。雖然是敵人設施內的裝置，但卻可以對馬可充能。
由於向下前進的道路被管道阻擋，馬可建議蓮見另尋道路。然而蓮見選擇了更加直接的方式——破壞正上方的爆炸桶吊籃，從而直接炸毀管道。
之後，蓮見再次遇到了椅子狀充能裝置，並為馬可補充了能量。
執拗的靈
再次遇到椅子狀充能裝置的蓮見，不假思索地坐了上去，並希望自己的房間裡也有一台這樣方便的充能裝置。然而在坐上去、放鬆警惕之後，蓮見不知覺間受到了催眠。
對自己已經被催眠一事毫無察覺的蓮見，見到第四個椅子狀充能裝置時也沒有一點猶豫地坐了上去——甚至已經忘了自己一開始為什麼會使用這個椅子。不知不覺間被裝備上了意識幹擾器、絕望項圈，變身也遭到幹擾的蓮見，外觀上已經與鋼鐵人魚的戰鬥員幾乎沒有差別了。
突破了防線後，蓮見再次遇到了芽衣。
| 3-3 BAD END分支 芽衣的快樂拷問 |
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觸發條件：蓮見使用了關卡3-1、3-2中合計4個催眠椅子，且未在進入BOSS戰前破壞BOSS房間內左上角的核心
由於使用了原本是為鋼鐵人魚的戰鬥員使用的充能椅子，蓮見的戰鬥服被芽衣完全解析，原本的戰鬥服被強制替換為了與鋼鐵人魚的戰鬥員一樣的緊裹全身的侵蝕戰鬥服。在芽衣的快樂拷問中，蓮見被迫說出了充滿背德感的話語，心靈的防線也逐漸崩塌，芽衣的動作也隨之變得激烈。漸漸地蓮見不再感覺身上的鋼鐵人魚的侵蝕戰鬥服十分異樣、反而充滿了幸福的感覺，對膠製的觸感感到強烈依賴，享受著被關在世界上最狹窄的地方的快感。在承認自己比起先前的戰鬥服更喜歡現在的侵蝕戰鬥服後，蓮見在快感的洗禮之中成為了鋼鐵人魚的戰鬥員。
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芽衣看到了蓮見所持有的生物片段，並表示這些生物片段原本由自己所持有。此時峰岸的通訊切入，峰岸將自己的調查結果告訴了蓮見——
確實有一名TP人造人失蹤，而人造人的名字正是莎希。14歲的莎希爬上市政大樓樓頂後不慎墜落、重傷入院；而莎希的家族為了以防萬一，進行了特別的模擬手術，但被轉移到人造人身上處於待機狀態的莎希被人奪走，並處於失蹤狀態。同時家族中也有一名女傭人造人失蹤，而失蹤的女傭人造人的名字正是芽衣。
在對潛水艦的飽和打擊即將開始的時刻，為了保護莎希在作為人類時從未獲得的「自由」，芽衣正式與蓮見開始了戰鬥。
擊敗芽衣後，蓮見想著莎希的所在之處前進。
終末的骨
由於已經接近潛水艦的核心區域，船內的佈防也變得更加嚴密。在森林中出現過的植物也在此處出現，同時還有隱藏在牆內的觸手陷阱隨時準備伏擊蓮見。
鋼鐵的美人魚
突破到艦橋的蓮見遇到了莎希。莎希仍決心將潛水艦駛入深海，並完成自己的研究——百年來人造人希望的、希望把自己變成真正人類的方法。然而，莎希卻聲稱並不是為了將自己和芽衣變成真正的人才進行著這項研究，莎希自己也從未有變回真正的人的想法。為了制止莎希，蓮見與莎希展開了戰鬥。
擊敗莎希後，芽衣將船體破壞，水湧入船體，並導致船體再也無法上浮。由於蓮見無法在船入水後傳送回基地，因此蓮見只能帶著未能勸說莎希的遺憾匆忙傳送回基地。
| 真結局 |
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觸發條件：蓮見在與莎希戰鬥前，集齊了全部的23個生物片段
擊敗莎希後，蓮見察覺到莎希在戰鬥中恢復了人類的記憶，從而停止了攻擊。然而莎希認為「比起做回人類，忘記一切做現在的自己比較好」——即使在研究過程中，莎希也失去了作為人造人的自由。在得到蓮見的鼓勵後，莎希終於放下了對蓮見的敵意。然而莎希被突然出現的多個生命體融合的暴走產物吞噬，為瞭解救莎希，蓮見說服了馬可，並與之展開了戰鬥。
雖然使得暴走的生物成功失能，但在蓮見解救出莎希之前，芽衣便私自將蓮見傳送出了隨時可能沉默的蓮見。而蓮見則因無法解救出莎希而無比悲傷。
在傳送生效的瞬間，蓮見聽到了暴走生物體內的、微弱的莎希的聲音——
Li…ian…蓮見……
謝…謝…
許久之後。
芽衣利用蓮見收集到的莎希的生物片段，成功再造出了莎希的肉體，並抹除了莎希作為人造人時的記憶。
我是芽衣，是為你服務的人造人。你的幸福，就是我的幸福。
歡迎…歡迎你…來到，明亮而又自由的世界。
一直…我一直…在等著你。
| 23個生物片段所在的位置 |
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第一大關中的隱藏地點比後續關卡要隱蔽很多，請務必細心觀察。
關卡1-1：關卡中盤、3米左右懸崖的空地中央的樹上；關卡最後，長空地前懸崖草陰的洞窟中；
關卡1-2：關卡中盤，下坡終點突出的岩石跳台下草陰進入的洞窟中；關卡最後，登山道的一棵樹的跳台向左上延伸的跳台的前方；擊破BOSS；
關卡1-3：關卡中盤。從橫臥的巨大樹木附近的草陰進入的洞窟落下的地方；關卡最後，在可攀爬的樹木中間，右側懸崖上的洞窟前進的地方；
關卡1-4：擊破BOSS；
關卡2-1：關卡初期，從長縱道路掉下的途中從左邊的道路，也可從之後的寬敞房間向左上走的道路進入；關卡中盤，第二道閘門的道路不向下、而向右上前進的道路的前方；
關卡2-2：沿著鐵管的道路前進回來的通道上不向下、而直接向左前進的通道的前方；關卡最後，在終點通道的正上方的通道向右走的前方；擊破BOSS；
關卡2-3：關卡中盤，從鐵管突出的縱向通道掉下來的下面；從放置第二個鑰匙的地點向右上延伸的通道的前方；
關卡2-4：擊破BOSS；
關卡3-1：關卡中盤，破壞大廳的平台後，大廳右下方的隔壁；關卡最後，從終點前縱向較長的空地向左下延伸的通道的前方；
關卡3-2：關卡中盤，史萊姆大量出現的通道的內部，放著鑰匙的房間的左上角；關卡最後，滑落長坡的最後一個向左的坡途中的平台上前進的前方；擊破BOSS；
關卡3-3：關卡中盤，用紅色的桶破壞大廳右下的隔壁前進的地方；關卡最後，用紅色的桶破壞大廳左側的隔壁前進的地方。
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軼事
《蓮與深海姐妹》作為八角屋的第三作，有一些敵人、道具的形象設計（會套頭的催眠水母、吸取汙染度的植物等）致敬了八角屋的首作《梅里迪斯之劍-革命之都與執行官少女》登場的怪物；而八角屋的第四作《缽那怪異譚》的「妖之法衣」的設計可能也源於該作。
第一部中的水瀨愛、峰岸春香、御殿場東基地中喜歡畫畫的一名隊員均在24年後參與了馬可的開發。
馬可即使被按下電源鍵也不會關機，但會被蓮見按得很疼。
馬可背部的一部分有著控制觸覺功能的元件，曾被蓮見連續把玩15分鐘。
第二部時期，馬可的變形結構、面板變得更加精細（作者的技術力上升了），人格系統也在峰岸的開發下變得更加完善，原本的兩種劍模式被整合為長棍的形態，雖然看著並不如之前的巨劍那樣強力，但實際上擁有著能直接把敵人的子彈原路打回的恐怖性能，對也具備著可以將大多數敵人一擊擊倒的強大威力；同時還追加了名為「爆裂處刑槍」的機能，威力十分強大，在可以連續發射的基礎上每一發子彈的威力都比蓮見使用長棍的攻擊力要高，但在耗盡能量前不能主動中斷發射的動作；雖然在準備動作期間馬可仍可提供保護，但在開始射擊後全部的能量均用於供給爆裂處刑槍，發射完畢後也會因為耗盡能量而解除變身。
第二部開始，變身不再需要喊出「命令【M/S】模式」，新的戰鬥服也比先前的樣式要舒適。但由於能量傳輸的維持程度不佳，因此第二部時正常情況下變身的時間受到限制，在蓮見的情緒不穩定進行○愛時也會導致能量洩露。
第二部劇情中，芽衣曾表達了想將蓮見據為己有的想法。之後在作者的PIXIV投稿中，作者繪製了「蓮見被芽衣和莎希姐妹捕獲、被強制穿上了與二人一樣的衣服、在催眠S○X拷問中進行同族化」的題材的插畫。
第一部中，作者曾在更新日誌中對自己的的通過泡溫泉減少汙染度的設計感到些許不滿。
蓮見醬都要中暑了！
於是在第二部中，調整汙染度的設備被換為了蓮見房間中的寄生觸手，且汙染度不會再影響結局，只會影響快感的增加速度與立繪（汙染度達到30時開始臉紅，50時露出無法忍耐的、單眼閉上的表情，100時變成阿黑顏）。
第二部中向下行進的升降機可以通過砸地攻擊破壞，真的很符合蓮見的性格呢。
注釋
- ↑ 分別為該社團的第二作與第三作
- ↑ 本作的18年前
- ↑ 蓮見的周圍有著馬可在有限範圍內展開的反波動領域，故蓮見可以使用包括馬可在內的電子設備
- ↑ 40°C以上
- ↑ 一兆赫，每秒100萬次
- ↑ 同樣為藍寶石的主要成分，不同之處在於紅寶石內含有微量的鉻，而藍寶石含有少量鐵離子
- ↑ 即第一部劇情
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