真·女神轉生IV

主人公(名字可變更，以下簡稱弗林)做了一個奇怪的夢。
在沙漠般死寂的世界裡，某人邀請他一起維持世界和平安穩的夢。
以及在硝煙四起的城市裡，某人邀請他一起毀滅和改變世界的夢。
還有一個身著白衣的小女孩，在一片廢墟中用破碎的語調請求弗林，讓她重見光明的夢。

弗林被青梅竹馬伊薩卡從夢中叫醒，發現自己在御門湖湖畔睡著了，而二人正要去參加一年一度的臂鎧儀式。能夠啟動臂鎧的人就會被選作武士，當上武士就意味著成為雅奢層。伊薩卡長期以來一直為成為武士而刻苦努力。然而，儀式上只有弗林能啟動臂鎧，而無法啟動臂鎧的伊薩卡則灰心離去。
接著，弗林遇到了同期成為新人武士的同僚：舉止溫文爾雅的紳士少年約納坦、同為凡俗層，血氣方剛的少年沃爾塔、好強的少女伊莎白、以及雅奢層出身的少年納巴爾。
這時從玩家的視點可知，夢裡邀請維持世界和平安穩的人是約納坦，邀請破壞和改變世界的人是沃爾塔。約納坦和沃爾塔說他們也做了同樣的夢，因此感覺弗林似曾相識。
弗林等人被告知了武士的任務。在東之御門國的地下，有一個叫作奈落的地宮，裡面有人們只有在神話中能看到的惡魔，也與「汙穢之人」的居所連接。武士需要討伐奈落裡的惡魔，保護國家，同時也可以利用臂鎧與惡魔交涉，把惡魔帶在身邊為己所用。
弗林努力執行任務，卻被看不起凡俗層的納巴爾和武士前輩陷害。就在此時，沃爾塔和反感階層歧視的約納坦、伊莎白前來助陣。一行人想教訓納巴爾一番，對他窮追不捨，但納巴爾自己卻不慎被捲入了惡魔的結界中。
無法拋棄同伴的弗林他們突入惡魔結界，在那裡遇到了輪椅上的男人和謎之少女。
輪椅上的男人自稱史蒂芬。弗林一行從史蒂芬那裡得知，惡魔召喚程序和臂鎧的OS巴洛斯是他所創造，也得知了破除結界之法。同時，史蒂芬還說了「那位少女將未來託付給你們」這種不知所云的話。弗林一行打敗惡魔後，結界隨之消失。

雖然從惡魔手中救出了納巴爾，但他的精神卻完全錯亂了。而這一事件也深厚了弗林、約納坦、沃爾塔和伊莎白的友情。翌日早晨，沃爾塔邀請三人去御門湖邊吃早飯，除了拒絕邀請的伊莎白外，三人一起去下城麵包店買麵包做早餐，而麵包店老闆卻說了一些有關純文學、黑武士和安息日的事情，並對雅奢層的自私自利好一番抨擊，聽得三人一頭霧水。到了御門湖畔，遇到了不知為何會出現的伊薩卡，他說了幾句莫名其妙的話後便離開了，三人並未在意。餐畢，弗林在麵包店偶遇了伊莎白，她正與麵包店老闆談論書籍的事情。
當日深夜，男子三人偷偷去看在屋頂的伊莎白，卻被正醉心於漫畫的她發現。就在此時，四人看到遠處燃起了熊熊火光，那正是弗林和伊薩卡的故鄉吉祥寺村的方向。原則上新人不能參與遠徵，但在同伴的極力申請下，武士長霍普同意了他們前往吉祥寺村。武士眾匆忙集合趕赴現場，然而村裡已經到處都是惡魔，弗林的父母也不幸身亡了。據生存者所說，吉祥寺村遇襲時正在舉行安息日。名為安息日，實則是村人聚眾看一些非法書籍(純文學或漫畫)，和抱怨雅奢層的大會。然而，隨著安息日的舉行，參加者中開始有人變成惡魔，而把這些非法書籍帶進村裡的正是伊薩卡。搜索倖存者的時候，弗林找到了伊薩卡。在大肆傾訴自己無法成為武士的不滿和悲傷後，伊薩卡也變成了惡魔。打敗伊薩卡後，他在最後一瞬恢復了理智，說希望弗林能改變世界後，便灰飛煙滅。而後，弗林等人接到逮捕罪魁禍首黑武士的命令，隨後便遇到了安息日的中心人物：能操縱惡魔的黑武士。黑武士為這幾個年輕人對自己的國家一無所知而深表遺憾，而後放出惡魔莉莉姆，對幾人施放魅術後逃走。
之後武士們被修道院院長雨果召集到修道院，斷定黑武士是從奈落最底層來的，委託武士們穿過奈落前往汙穢之人的居所，同時修道院的重要女性人物嘉比首次亮相，也向武士眾強調了抓住黑武士的重要性。去汙穢之人的居所是違背武士教義的行為，雖然約納坦和沃爾塔都對去禁忌之地表示不滿，但最終還是一起前往。弗林他們將守護亞奎拉王之封印的米諾陶洛斯打倒後，繼續前進。而在更下面的區域，則有強大的惡魔美杜莎把守著。美杜莎把弗林他們當作是田山的狗腿子，說了一些莫名其妙的事情後被打倒。接著，弗林一行終於看到了傳說中汙穢之人的居所——天上是一層厚厚的巖盤。放眼望去，一片黑暗中建築物的燈火閃爍，宛如天上繁星點點，好不美麗，看呆了眾人。那便是——東京。而連接東京和東之御門國的腳下的建築物正是日本第一高塔——東京晴空塔。

弗林等人走下東京晴空塔，看到小混混在門口把守。小混混們誤以為弗林一行是天使，屁滾尿流地逃走了。
然後弗林他們去附近的街道，上野，在人外獵人協會登記。人外獵人協會是東京擁有與惡魔戰鬥力量的人們的互助組織。在東京，惡魔召喚程序和弗林他們的臂鎧具有相似的功能，都可以召喚惡魔，擁有惡魔召喚程序的人作為獵人活動。弗林他們一邊作為獵人接受委託，一邊繼續東京之旅。
途中，東京的現狀便不顯自彰了：東京惡魔猖獗，人類生活在以車站為中心的地下。而地下之所以相對安全，是因為八部聯合阿修羅會締結了不讓惡魔們向地下的人動手的契約。阿修羅會是以名叫田山的人為首的黑幫組織。阿修羅會開發了一種叫赤玉的東西，那是惡魔最愛吃的東西。惡魔從阿修羅會那裡得到赤玉供給，便不會襲擊人類。因而，能從地下出來的人只有有能力與惡魔對抗的獵人，或者擁有赤玉能夠迴避與惡魔戰鬥的人。同時也有很多人對阿修羅會的高壓政策表示反對。
弗林一行的東京之旅繼續，到達了霞關的惡魔討伐隊基地。那裡如今已是廢棄的避難所，也有黑武士裝備的戴莫尼卡套裝。巴洛斯不知為何感到十分懷念，並為弗林等人解析數據。數據顯示，東京惡魔出現的時間是25年前，天蓋的建成也是25年前。惡魔討伐隊是受到A國美國的援助，為惡魔開設的組織。因為巴洛斯不知道討伐隊的隊員名單，所以不知道黑武士的真面目。
（在這裡從居民的對話中可知，東京和御門國的時間有流速差。）

繼續東京之旅的弗林等人在銀座遇到了一個叫小光的少女，說如果他們說的黑武士與書有關的話，可以去池袋一家叫淳久堂的大型書店看看。弗林一行前往池袋，而池袋已經變成了阿修羅會的反對派利用的惡魔——西王母的地盤。然而西王母以人為食，池袋如今已經誰都無法踏足。阿修羅會分裂出的組織蓋亞教的教徒們妄圖打敗西王母，卻被接二連三地吃掉，連最後一位蓋亞教的強勢美女教徒加賀也被吞入腹中。正在西王母得意之時，加賀在西王母腹中攻擊，犧牲自己給了弗林等人打倒西王母的機會。
弗林等人探索池袋的淳久堂書店，而黑武士正在此處。弗林他們打倒了莉莉姆，抓住了黑武士。帶她回到御門國，經修道院審判公開處刑。此時，頭盔下黑武士的真面目被揭開，而那張臉和修道院的重要人物嘉比一模一樣。處刑之前，黑武士大聲揭露東之御門國的醜惡和虛偽，隨後便被處刑。

之後，弗林他們接受了嘉比的秘密請求，要求他們救出被困在東京新宿的同胞。新宿的囚禁設施封靈塔受到阿修羅會的嚴密監視。弗林等人打敗了阿修羅會的監視者，救出了同胞。而那三名同胞由於身著拘束具，絲毫無法想起自己的身份，茫然的弗林一行依舊聽從嘉比的話，將同胞帶回。一回國，嘉比馬上又進行了下一步委託。原來，本該被處死的黑武士，竟然消失了！防止民心動盪，修道院對弗林一行要求：這次不用活捉。收到命令的弗林一行再次前往東京進行探索，在那裡卻被阿修羅會的人傳喚。阿修羅會的首腦田山將前往東京探索的前輩武士作為人質，威脅弗林等人，如果不想讓同胞償命，就打倒保護澀谷的靈型國防兵器「甲賀三郎」。此外，田山還委託他們刺殺敵對的蓋亞教團的頭目百合子。縱使弗林一行十分憤怒，但是田山以黑武士正在蓋亞教團之中為由勸誘他們，而且還有人質在他們手中，弗林一行不得不前往蓋亞教團參加入團儀式，以取得刺殺百合子的機會。弗林等人雖然通過了蓋亞教團的入團考試，但由於身份暴露而被打入地下。
地下的弗林等人，對前方三個岔路進行選擇以判斷自己的內心。沃爾塔的選擇偏向於變革，約納坦的選擇偏向於保守，最後兩條路都通向百合子的所在，蓋亞教的大堂。而見到的百合子的真實身份正是黑武士，隨即黑武士顯出了真正的原形——惡魔莉莉絲的身姿。莉莉絲道出變革的重要性和東京的現狀，以及御門國的虛偽。約納坦把這番話當作對國家的侮辱，正要向莉莉絲砍去，卻被沃爾塔橫劍阻止了。沃爾塔表示，他在東京這一遭，產生了至今為止在御門國生活中從未想過的疑問。正在曾經的一對好友兵刃相向之時，莉莉絲告訴他們，六本木新城有阿修羅會骯髒的秘密，那裡才能看到真正的邪惡。
正在尋找去六本木新城的方法時，小光出現了，叫她去見東京的頭麵人物之一藤原。藤原是為數不多的知道御門國存在的人，藤原請求弗林等人詢問東京人移居御門國的事宜，從而和他們交換情報。

根據從藤原那裡得到的情報，弗林他們前往六本木新城。六本木新城的地下設施裡，有許多兒童和管理他們的阿修羅會的人。在那裡弗林他們知道了赤玉殘忍的生產方法：赤玉由專用的器具從人的腦髓中吸取感情製作而成。被提取赤玉的人會失去感情、思考能力，有朝一日無法提取赤玉的時候就會被廢棄。最初阿修羅會從東京各地綁架人類提取赤玉，但是即使這樣仍然供不應求，因此阿修羅會強迫其中一些人成為「種豬」、「蛋雞」不斷繁殖，生下來的孩子長大後成為赤玉的原料，以達到赤玉的可持續供給。為了讓孩子們情感豐富，而讓赤玉的品質更優質，田山還培養孩子們的興趣。知道了阿修羅會的秘密的弗林等人在到達最內部時，遭遇了為了工廠的防禦而放置的靈型國防兵器·八十禍津日神，吸入迷幻氣體而失去了意識。
隨後，弗林他們再次被帶到了田山的面前。田山問他們為什麼不打倒百合子，沃爾塔反問田山的赤玉工廠又人道在哪裡。然而，田山表示，那是「必要之惡」。原來，東京街頭殘留的破壞痕跡不是25年前的惡魔們所為，而是當時作為暴徒的人類所為。阿修羅會為東京帶來了秩序，比只會抱怨的普通人做了更多。所以為了多數者，少數的犧牲也是無可奈何。弗林等人明白了，這就是東京的真相，這就是汙穢之人的真相。隨即田山把弗林他們趕了出去，讓他們趕緊去幹掉百合子。

不知所措的弗林等人，收到嘉比之命回國。
回到久違的東之御門國，他們發現國家發生了很大的變化。新的領導人出現並將國王驅逐，雅奢層和凡俗層之間的紛爭、黑武士的信徒都統統消失不見。弗林等人聚集到嘉比那裡，新的領導人正是弗林他們從封靈塔救出的三名同胞，其真實身份是米迦勒、拉斐爾、烏列爾等神話中的大天使，同時，嘉比的真實身份竟然是大天使加百列。約納坦由於親眼見到神話中的天使而大為感動，但伊莎白卻提出了東京人想要移居御門國一事。然而，大天使說東京人不可能住在御門國。同時，大天使們再次委託弗林一行殺掉莉莉絲。
結束了和天使們的會見，弗林一行的反應也各不相同。沃爾塔要前往莉莉絲所在的地下；約納坦為了守護御門國，準備動身討伐莉莉絲。伊莎白不知所措，需要再考慮。沃爾塔、約納坦兩人分別邀請弗林和自己一起行動。


之後根據選擇二者何方行動，分為沃爾塔路線、約納坦路線（此處並非結局分歧點）。無論選擇哪方，伊莎白都不會加入隊伍。


【約納坦路線】
約納坦加入隊伍，一起前往築地本願寺討伐黑武士（莉莉絲）。
黑武士被擊敗前告訴弗林和約納坦，沃爾塔已經前去啟動無限發電爐，於是二人飛快趕到市谷駐屯地地下。
在那裡，看到了田山的屍體和變成石頭的靈型國防武器·倭建命，而後沃爾塔用奪來的遙控器啟動無限發電爐·大和，魔界之門開啟。


【沃爾塔路線】
沃爾塔加入隊伍，一起前往築地本願寺見莉莉絲（黑武士）。莉莉絲對他們說，若從田山手中奪走無限發電爐·大和，便能打開魔界之門，讓惡魔湧現人間，世界將變成一個強者可以隨心所欲變革的世界。
二人前往市谷駐屯地，打敗了靈型國防兵器·倭建命，並使用從田山手中奪來的遙控器將無限發電爐·大和啟動，田山被魔界撕碎消失。


（以下為共通劇情）


三人被捲入啟動的無限發電爐中…。
在純白的空間裡，白色的人影告訴弗林，接下來將展示不同選擇所導致的可能性。當弗林醒過來時，卻不知為何與本應分頭行動的約納坦沃爾塔二人匯合。
出了門發現，這是一個接受了神之審判的世界。神選中的人被繭帶走，其他人則留在地上，被神的「裝置」【魔王 普魯託】吐出的毒液慢慢侵蝕並殺死。是一個秩序至極點的「沙漠東京」。
一開始，這裡的人們對弗林一行充滿敵意。但是，當人們的精神領袖，一位瘋癲的老者——清治看到他們的臂鎧時，卻十分驚喜，並讓所有人以客人之禮相待。原來，清治最得力的助手，也是沙漠東京實際上的決策者——輝在夢中收到了白人（純白空間的白色人影）的啟示，說救世主（Messiah）會降臨拯救他們，又給了輝一個遙控器。見到弗林等人的輝表示，他們如果想要遙控器，就要打倒魔王普魯託。然而，使用遙控器的話，這個世界也會充滿惡魔，但是輝作為頭領，自信地說:「我要使役他們，並利用他們來重建家園。」最後輝表示，出於對弗林等人的敬意，將新建設的東京改名為「東之御門國」，為這個充滿壓抑和絕望的世界帶來了希望和自由世界線收束。

啟動市谷駐屯地的無限發電爐後，弗林又被白人們帶去了另一個世界線。

而這是一個拒絕神的意志，將天使屠殺至盡的世界。在這裡，戰火四起，幫派火併，人類中的強者與惡魔融合，成為惡魔人；而弱者則通過向惡魔提供食糧腦髓而生存，成為家畜人。是一個混沌至極點的「爆炎東京」。
而弗林等人見到了這個世界的輝，他表示，現在的東京王名為健二，健二夢見白人對他說：其他世界的某人將會降臨，只要他啟動遙控器，健二就會死。因此，他不顧一切追殺弗林等人。而這個世界的輝依靠弗林等人的力量奪取了東京王的寶座後，在這個充滿暴力和混沌的世界建立起了規則和秩序世界線收束。打倒了健二，奪取並啟動遙控器，弗林在純白空間又一次見到了白人。

弗林面臨著選擇。白人們表示，無論弗林選擇哪種道路，都無法擺脫神的意圖，那麼是否要讓世界歸於虛無呢？


（接下來是決定各結局的路線分歧）


【虛無結局】
如果回答說要讓世界歸於無，白人會解釋：「無限發電爐本來就是為了製造黑洞的裝置」。 弗林破壞無限發電爐，讓其失控產生黑洞，將整個宇宙吞噬。 原來，白人正是被天使們毀滅的舊人類的思念體。白人們早已對世界絕望，如今終於得償所願，十分滿足。


如果回絕了白人將世界回歸虛無的要求，白人會問弗林想怎麼做（一選項為維持現狀（秩序），一選項為破壞現狀（混沌），一選項為不知道。然而，這裡的選項與秩序/混沌的數值有關。如果某一側的偏差值在10以內，則選相反一側的選項，即可到達中庸結局。但是，如果數值向某一側傾斜過多，那麼在這裡無論選擇哪個選項，都不會影響最後到達的路線），而無論回答哪項，弗林都會被傳送到白黑之森。


【混沌結局】
似乎也見過白人的沃爾塔同樣被傳送到了白黑之森。這時小光也出現了，並展示她的真實身份——路西法。討伐了森林裡的白人之後，他們回到了現實世界的市谷駐屯地。
為了對抗秩序側的首領梅爾卡巴，沃爾塔獻出了自己的生命復活路西法，和弗林一起進攻東之御門國。
途中伊莎白試圖用武力阻止弗林，但抵擋不住弗林和路西法的反擊，最後為了不弄髒弗林的手而自殺。
從天空塔到達奈落，米諾陶洛斯之間已然變成了天使們創造的煉獄（Purgatorium）。
穿過煉獄到達天上樂園（Paradiso），見到梅爾卡巴，打倒梅爾卡巴後煉獄消失，弗林和路西法到達東之御門國。

路西法變回了小光的樣子，和弗林一起從御門城的堡頂俯瞰整個國家。城下町正熊熊燃燒，惡魔從奈落源源不斷溢出。

小光問向弗林。


【秩序結局】
似乎也見過白人的約納坦同樣被傳送到了白黑之森。這時加百列出現並表示，「光之戰士」的職責就是討伐4個白人回歸併救贖原來的世界。討伐了森林裡的白人之後，他們回到了現實世界東之御門國的新宿村。
為了對抗剛剛復活的混沌側首領路西法，約納坦與四大天使合體，以身殉教，成為了梅爾卡巴。
四大天使為了消滅汙穢之人，也就是東京人民，打算讓無限發電爐·大和失控產生黑洞吞噬東京，因此前往市谷駐屯地。
途中伊莎白試圖用武力阻止弗林，但抵擋不住弗林和梅爾卡巴的反擊，最後為了不弄髒弗林的手而自殺。
駐屯地內是路西法宮殿（Lucifer Palace），路西法在最深處等待，打倒他到達無限發電爐·大和麵前。
而此時梅爾卡巴表示，因為弗林和自己都與汙穢有過接觸，因此也是不潔之物，同樣也應消失。發電爐啟動，包括弗林和梅爾卡巴在內，東京的一切都被黑洞吞噬了。

東之御門國的廣場上，亞奎拉像被推翻，取而代之的則是弗林的雕像。

汙穢之物被趕盡殺絕，這是一個永遠平靜安寧的世界。
一個僅存在【神所謂的】無垢之人的世界。


【中庸結局】
史蒂芬出現在黑白之森，他表示可以幫助弗林回到原來的世界，以破除東京的天蓋，拯救人們，讓東京女神復活（東京復興）。
討伐了森林裡的白人之後，弗林獨自回到了現實世界。和伊莎白會合後，他們思考究竟該做什麼時，與藤原等人交談得知曾經的好友約納坦已經變成梅爾卡巴，而沃爾塔則變成路西法。在此危急之刻，巴洛斯提出尋求東京守護神的幫助。此時藤原遞給弗林一把太刀，讓他試著拔出。
原來25年前，全世界都遭到了轟炸。某位少年在東京之守護神·將門公的協助下，犧牲自己的生命在東京上空形成了天蓋，保護東京免受飛彈轟炸。這把太刀上附著將門公之靈，而弗林是那位少年的轉生體，所以太刀被弗林輕鬆拔出。
為了尋求將門公的幫助，弗林和伊莎白前往25年前前世少年自盡之處——銀座四丁目十字路口。在那裡有一堆岩石，弗林抽出將門太刀，岩石共鳴，將門公之影顯現。然而將門公表示，自己目前的靈力不足以移開天蓋，祂給了弗林一個聖杯，讓他用東京人民的希望盛滿聖杯，凝聚成「希望之大魂」。
正好在同一時期，獵人商會的酒館裡，為了活躍獵人業界，打算舉辦選出人外獵人冠軍的大會。酒館的老闆說「從外面來的那傢伙成為冠軍的話，一定能成為東京人的英雄」。為了讓東京人重拾希望，弗林在東京到處奔走、打倒惡魔、收集素材等，完成了大量委託後終於獲得了冠軍。
新晉獵人成為了冠軍，人們看到了希望，光芒從聖杯裡湧出，形成了希望之大魂。
將希望之大魂交給了將門公。但想要移除天蓋，需要打敗妨礙他們的攫取了善意之大魂的梅爾卡巴和攫取了惡意之大魂的路西法，將門公拜託弗林打敗二者，並取回兩枚大魂。
為了在天蓋消失之前讓生活在東之御門國的人們避難，首先前往東之御門國打倒梅爾卡巴，得到善意之大魂。
伊莎白為了說服東之御門國的大家，和弗林分頭行動。弗林又去東京打倒了路西法，得到了惡意之大魂，然後去新宿·神舞供街約定碰頭的店等待。在那裡，見到了前來避難的東之御門國人民。
弗林和伊莎白一起去將門公那裡交出善惡兩枚大魂，將門公恢復原本的樣貌，天蓋消失，東京恢復光明。

一掃陰霾的魔界中，曾經小女孩模樣的東京女神已然變回美麗少女的樣子。她感謝弗林讓她重見光明，而可以聽出，她的真正聲音正是臂鎧中一直陪伴我們的系統——巴洛斯一切都在史蒂芬的計畫之中。