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序幕
序幕一（上）
登場人物：早瀨優香、羽川蓮實和守月鈴美、火宮千夏、；從外邊的世界來到奇普託斯的沙勒老師、七神琳和參加沙勒老師保衛工作的外籍特警部隊人員等。
| “ | ……我們盼望，七聲歎息。 ……我們記得，耶利哥的古則。 |
” |
（歡迎連接『什亭之匣』，沙勒老師。）
從奇妙的夢境中醒來後，沙勒老師從聯邦理事會幹部七神琳那裡收到了會長失蹤的消息。會長失蹤後，聯合都市奇普託斯頓時陷入混亂。為了平息這番混亂，沙勒老師和理事會幹事們一起動身前往沙勒活動室。
序幕一（下）
在沙勒老師和外國特警隊指揮官的指揮下，初次戰鬥十分順利，大家逐漸接近
序幕二（上）
凜發現引起這場騷亂的主謀就是來自百鬼夜行的若藻，並提醒了沙勒老師，各個學園代表和外籍特警隊人員她是從矯正局逃出來的危險人物。
序幕二（中）
在沙勒大樓建築地下與沙勒老師相遇的若藻紅著臉逃走了，隨後抵達的小凜將會長留下的「什亭之匣」交給了沙勒老師。
序幕二（下）
（正在連接什亭之匣，請輸入系統密碼。）
| “ | ……我們盼望，七聲歎息。 ……我們記得，耶利哥的古則。 |
” |
（連接系統已完成，確認使用人員為沙勒老師；歡迎連接『什亭之匣』，沙勒老師。）
沙勒老師啟動什亭之匣後結識了助理阿洛娜，順利回收了聖所之塔的控制權；接著凜給老師介紹了沙勒活動室，而老師也正是開始了在[聯邦搜查社 沙勒]的工作。 （等於正式開啟二週目，也是青春×奇蹟×武器的起點）
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