主人公在恍惚之間彷彿看到一個人走來。這位仁兄自稱本來也是和主人公一樣是個平凡的高中生，不過今天的他獲得全知全能之力已經不一樣了，現在是魔界的支配者，要主人公稱他魔神皇。又說主人公能見到他的尊面算是極其幸運的事，大概不會再有第二次了吧……講了一堆屁話後，魔神皇狂笑而去。
主人公正在莫名其妙之際，白日夢被同學搖醒。唉，原來已經下課放學了，想不到一個瞌睡睡這麼久。正當主人公收拾書包打算回家的時候，突然一聲天崩地烈的巨響，外面漆黑一片，大家都陷入驚慌恐怖之中。主人公正在不知所措想隨著周圍的人大聲哭叫之際，突然有一個叫做白川由美（ユミ）的同班同學來找主人公，說是要和主人公一同去看看到底發生了什麼事。
同伴選項A：如果主人公答應，之後的同伴就是白川由美。將搜刮來武器防具分給同伴由美穿上，兩人便結伴而行開始歷險。
如果主人公沒有答應，由美同學見主人公猶豫，教稍後迴心轉意再回來 2D教室找她也無不可。
同伴選項B：第一次進入 1F的音樂教室時，是一個女同學尖叫著體育館有怪獸；去過保健室之後，再去音樂教室則會見到眼鏡妹赤根澤玲子（レイコ），她說現在學校已陷入了魔界，大家都很慌張只有主人公比較鎮定的樣子，有話想和主人公說，但是事態緊急又沒空多講。話還沒說完，主人公被逃命奪門而出的人潮推出教室外；想說玲子的話不知所云，再次進入問個究竟。她說，學校進入魔界是怎麼一回事她已經明白了，而到底是誰幹的好事她也心裡有數，她也有辦法可以解除這可怕的危機，但是需要助手幫忙。其他同學都嚇壞了慌慌張張的不能成事，只有主人公還算鎮靜，希望能助她一臂之力。如果主人公答應，之後的同伴就是白川由美。答應之後玲子便詳加說明，說這是一個叫狹間偉出夫（ハザマ イデオ）的傢伙幹的好事，惡魔出現在學校是因為經過了時空轉移，學校已經跑到了魔界之故；想要解決這事，必須要盡快找出狹間偉出夫並阻止他才行。將搜刮來武器防具分給同伴玲子穿上，兩人便結伴而行開始歷險。
同伴選項C：轉到 3F的 2E教室，遇到一個金髮小子叫黑井真二的，滿口洋腔自稱查理（チャーリー）。他說現在一團亂七八糟，唯有靠自己才能打開生路，邀主人公一同探險解決。如果主人公答應，之後的同伴就是查理。於是查理拿出在混亂中A來的武器棒球棒和登山鍬、安全帽與主人公分享，兩人便結伴而行開始歷險。
同伴選項D：[注 2]主人公先在 2F東南走廊盡頭遇到風紀委員的阻擋，聽得 2C班的不良少年宮本明的消息。披掛整齊後在 1F西北角可以遇到不良少年宮本明。如果主人公邀他成為同伴，之後的同伴就是宮本明。將搜刮來武器防具分他穿上，兩人便結伴而行。同伴選項D接下來的內容與其他三個選項皆不同，參見宮本明篇。
在 2F東北角落面朝北時可以撿到一張磁碟片，將它收在懷裡，兩人同上 3F的 2H班找八幡老師，這個書呆子不知外面發生了什麼事，還在和你說他新買的筆記型電腦怎樣怎樣。聽老師吹牛完，可以到 1F的電腦室記錄了。不過在電腦室門口遇到奪門而出的電算部社長佐藤勝彥，後面還緊追著一隻餓鬼。棒球棒登山鍬齊下，一陣乒乒乓乓，將餓鬼打死解救了電算社長。佐藤說他本來是想經由網路和外界聯絡，結果聯絡不成卻收到一個怪程式，程式一執行就跑出怪物來，嚇得他屁滾尿流。又說這程式是一個叫STEVEN的人上傳的，網路上的名字大概是假名吧。眼鏡兄佐藤將裝有怪程式的磁片交給主人公，說他嚇死了，再也不碰這張磁片了。說到磁片，主人公想起懷中還有一張剛在 2F撿到的磁片，於是把它交給佐藤研究，這回佐藤倒是沒有推辭。
佐藤不幫忙，於是主人公拿著怪磁片到 3F找八幡老師要借他新買的筆記型電腦來看看這怪磁片裡到底裝什麼。可是八幡老師捨不得，拿出他自製的手腕型終端機充數。只好將就著使用，啟動電腦，將磁片插入安裝，主人公獲得了與惡魔交談召喚的能力及自動繪圖自動回復分析等功能。
離開八幡老師的教室，左轉正打算下樓時突然看到鬼影，適才夢中出現的傢伙又出現了，他自我介紹名字叫狹間偉出夫（ハザマ イデオ），不過現在已經獲得全知全能的法力，不再是以前那個弱小的高中生，要大家尊稱他為魔神皇（マジンノウ）。又說將學校引入魔界是他的傑作，全校的師生都在他指掌玩弄之中，主人公一行想要逃脫是不可能的，只是徒勞無功。不過為了好玩，特別賞賜一個提示，如果在體育館得到某樣東西的話，就可以進入魔界，但是進入魔界之後，只怕比待在學校裡更悽慘吧……說完又大笑離去。
拿著新獲得的手腕型電腦，可以到 3F西北的房間，在那裡會遇到穿學生服的雪人ヒーホー君，他很欣然的加入成為仲魔，是LV12的妖精傑克霜精。西南方的走廊連向體育館，進入體育館，映入眼簾的是一個奇怪的魔法陣，略加搜尋，找到謙虛之環（けんきょのリング）。此時魔神皇的聲音突然響起，說從學校到魔界要經過封印之間，用謙虛之環可以解除魔界的少許封印。當然，想要回到原來的世界，必須解除全部的封印才行。魔神皇又說，雖然如此，謙虛之環也沒那麼容易入手，首先必須打倒魔獸梅麗潔司（メリジェース）[注 3]。話說完，惡魔從魔法陣中現身，主人公兩人即行接戰。打敗魔獸梅麗潔司，取得謙虛之環便可以離開體育館。
離開體育館，風紀委員迎面而來，說大月老師問主人公兩人在體育館搞什麼鬼，口氣十分惡劣。既然老師找，兩人便走一趟 1F的化學實驗室。一見面大月老師對兩人取得謙虛之環十分不滿，說兩人想要離開學校是沒有科學根據的事，抓狂的襲擊過來。一樣利用仲魔ヒーホー君的魔法或攻擊將之擊敗，大月老師口中還忿忿的說，兩人想要平安的離開學校，是沒有科學根據的事，這好像是他的口頭禪了。
沿途聽學生說風紀委員將學校的通路都封鎖了，這種異常的舉動好像是風紀委員們被大月老師洗腦操縱的緣故，又說找這樣怪怪的問題教師來當風紀委員會的指導老師真是莫名其妙的事。因為所有聯絡道路都不能通行，所以主人公嘗試由 3F東北角的非常口逃生梯往外，連接到魔界。進入封印之間，只有中間的房間可以進入。一進入，謙虛之環自動被吸入，西面的封印被解開。從西邊的門進入，可以到傲慢界（ゴウマンカイ）。
一進傲慢界，上到 1F是商店街，在這裡可以聽到有關守護靈（ガーディアン）的情報。原來本遊戲中人是不會死的，所謂的死，就是換一個守護靈來附身，守護靈的能力也會影響主人公的能力。因為友人的魔法也是繼承自守護靈，所以若死的次數太少，反而學到的魔法有限；但是如果死的頻率太高，守護靈可是會越換越弱。[注 4]離開商店街，看到魔神皇的雕像，他說主人公想自力脫出魔界，是一種作不到卻又妄想的愚行，這就是傲慢的極致吧。所以他特別設置這傲慢界，讓主人公認識自身的無力。上到 3F，這裡有一大堆寶箱可以進補。4F有間歇泉可以跳回迷宮最初的入口，5F深處見到傲慢界的守護者墮天使維尼（ヴィネ），牠說要將主人公一行凌遲撕成碎片，不過卻不敵主人公一擁而上群毆。打倒牠可以得到粗食之環（そしょくのリング），這是解除下一個區域飽食界（ホウショクカイ）的封印的鑰匙。
飽食界的環境十分奇怪，像是植物盤根錯節繚繞一樣。前進數步又看到魔神皇的雕像，他說主人公能打敗墮天使維尼，還算是有點本事，歡迎進到飽食界來。又說人類是慾望深的生物，吃飽還不夠，還要追求吃得好，為了懲罰這種慾望，他安排了學校中最不可饒恕的一個人囚禁在飽食界深處，這個謎要主人公自己去解開。來到B8F有飽食界的統治者歐卡斯（オーカス）在不斷叫餓，隔壁房間兩個苦命的小廚師不斷在作菜應付歐卡斯的大胃口。想起魔界人說歐卡斯是人類變成的，牠會一直餓，永遠吃不飽，是因為有怪物寄生在牠體內操縱的緣故。可是要怎麼進入歐卡斯的體內呢？往剩下未走的迷宮瞧瞧，找來找去在B7F又看到怪老師大月的化學實驗室，有不祥的預感，所以先在附近的記錄的石盤記錄。一進去大月就嚷著說他已經經過改造，這回主人公要打倒改造過的他是沒有科學根據的事。仔細一看，果然大月老師的右手變成了機械手臂，可惜這種程度還不是主人公的對手，大月落荒而逃，留下縮小儀（ミクロプラズマ）一具。
看到這奇怪的道具，主人公突發奇想，可以把自己變小混進飲食中，隨著飯菜進入歐卡斯體內。跑到B8F的廚房趁著小廚師不注意使用縮小儀，果然成功的混進歐卡斯腹內。一路前進，最後是一個三叉路口，要選北邊的門才能見到控制歐卡斯無限食慾的寄生妖蟲（パラサイト）。打倒牠，拾起落下的勤勉之環（きんべんのリング），便自動脫出迷宮結束這段歷險。當主人公回神過來時，只見校長也正醒過來，口中喃喃的悔過，想必他就是被變成歐卡斯的人吧，不知他剛才有什麼奇怪的經驗[注 5]。握著勤勉之環，主人公邁向封印之間，向下一個迷宮前進。
在封印之間獻上勤勉之環，可以從西北的門進入怠惰界（タイダカイ），怠惰界是像礦山一樣的地方，不知這次魔神皇又有什麼花樣。果然魔神皇的雕像又在怠惰界入口出現，這回他說這次他要懲罰人類的怠惰。他說獸類就是因為怠惰所以是為獸類，而人類本來也是獸類之一，有了一點小小成就就自認是萬物之靈，逐漸怠惰起來。像學校這些人，整天醉生夢死，連迫近自己身邊的危機都不知不覺，本來是想讓他們在怠惰界裡像蟲子一樣工作到死的，不過基於他的慈悲，留給這些可憐的傢伙一線生機……說完雕像沒入土中，留下佇立在原地的主人公一行。下到B3F，見到學校的人都被抓到這裡來掘土，說是要掘到某樣東西才放他們自由，身後還有監工隨時鞭打。主人公四處探視，只見大家叫苦連天，見到主人公都是抱怨，這大概就是魔神皇說的怠惰本性吧。在一角見到校長已經癱在地上，於是主人公上前幫忙，在主人公的怪力下掘土自然相當神速。聽魔界人說，礦山十分堅硬，要月圓一週才能向前掘一步。天啊！這要掘到什麼時候？
女伴 Case：繞一繞有一個男同學叫主人公幫忙，想想還是自己掘來比較快，動手幫忙，掘到底是先前在學校 1F商店裡遇到的情侶龍一（リュウイチ）與曉子（アキコ），不知為何他們被變成了石像擺在這裡。月圓一圈才能前進一步，想必寶物一定是埋在礦山的深處，只好用心的掘。相信各位在怠惰界繞來繞去，心情已經有點煩了，怠惰之心油然而生。
男伴 Case：大英雄救世主幫忙掘土心情已經很差了，還遇到龍一（リュウイチ）向你訴苦，說曉子（アキコ）被魔神皇綁走了，看他哭哭啼啼的心情更壞更沒耐心，怠惰之心油然而生。
經過一段時日之後，主人公四處巡視大家掘土的進度，突然發現西北角歸宅部的男學生不見了，正在奇怪之際，突然土中跑出一隻怪物墮天使巴拉姆（バラム），說是主人公打擾了牠的睡眠。不見的學生想必是被牠啃的屍骨無存，現在牠又要來加害主人公一行。生死攸關之際，主人公便奮力接戰將之打倒逃生。經過這事件之後，主人公十分擔心同學的安危，深怕又掘出什麼怪物，更是加緊巡視。此時有些人已經掘到盡頭出現寶箱，不過好像都不是魔神皇要的東西。主人公到西南角探視一個始終默默無言掘土的男學生，這時一向沈默的他向主人公抱怨說土太硬了，再也掘不動。主人公聞言便代勞，掘沒兩下，挖出了寬容之環（かんようのリング）。就在此刻，魔神皇的聲音突然響起，說既然東西被發現了，就依照約定將學校的人放回學校，不必在這裡繼續工作了。於是所有的人都回到學校。
回到學校，想起在怠惰界B1F聽說恐怖的魔獸克魯貝洛斯（ケルベロス）被禁閉在一張磁片中，想起遊戲初撿到一張磁片交給電算部長佐藤，不知現在如何了，前往問問。剛到電腦室門口，又見佐藤面無人色匆忙的衝出來，只見克魯貝洛斯緊追在後。克魯貝洛斯被關久了十分惱怒，叫主人公讓路，因為克魯貝洛斯很強，所以若是主人公剛從怠惰界回來還沒準備好，不妨先忍一時之氣。如果不讓，就要在電腦室門口激戰；讓路的話在克魯貝洛斯往 1F商店方向離去。於是主人公進入電腦室記錄，再次往商店尋找克貝洛斯蹤影，克魯貝洛斯對主人公這樣陰魂不散的糾纏十分不悅，馬上展開一場激戰。要注意克魯貝洛斯住在地獄是火焰吸收的惡魔，不要用錯了魔法。一番激戰加以擊敗，克魯貝洛斯願賭服輸，心誠悅服的加入成為仲魔，牠是LV43的魔獸，等級應該超越主人公現有的等級，算是相當強力的同伴。
從此處開始，男伴和女伴的故事情節不同，參見女伴 Branch（嫉妒界、貪慾界）、男伴 Branch（憤怒界）。
女伴 Branch（嫉妒界、貪欲界）
拿著寬容之環再次前往封印之間，這次打開東面的封印，可以前往嫉妒界（シットカイ）。一進入嫉妒界就遇到魔神皇的雕像，他說看主人公兩人忙東忙西的讓他感到相當愉快，像這樣兩個人合作無間相互扶持前進是一件相當美好的事，可是現實的世界通常不是這樣的，叫主人公好好想一想他的話，說完雕像又消失了……想了半天不知何指，抱著滿腹疑團繼續前進，走沒多久突然看到一個模糊的人影走近，並不斷呼喚同伴由美/玲子。仔細一看，好像是個帥哥，而同伴由美/玲子竟像個花痴一樣手舞足蹈隨著帥哥的呼喚而去，留下呆立的主人公。此時魔神皇嘲笑的聲音又響起，他說對於主人公的同伴由美/玲子來說，同伴不一定非主人公不可，誰都可以是她的同伴嘛，叫主人公不要痴心妄想了。失去同伴的主人公只好一個人踏上征途，在嫉妒界裡尋找解決之道。
由美 Case：鍥而不捨的追蹤下，在 6F發現同伴由美的芳蹤。想不到她居然叫你回去，說不想見你。說已經不想和你一起受苦了，人家帥哥任她說什麼都會聽從，比主人公更加珍惜她。這時出現選項問主人公要不要放棄，開玩笑，爬了那麼久樓梯，好歹再說幾句話。想不到正要開口，由美就破口大罵，口出不遜之言，叫主人公自己去照照鏡子。主人公一時急怒攻心，差點被氣死，回過神來只見夜魔莉莉斯（リリス）在眼前張牙舞爪的攻擊過來。千辛萬苦將之打敗，魔神皇的聲音又響起，說剛才的莉莉斯是主人公心中因嫉妒而發狂的呈像，主人公能將她打敗，就算是克服了嫉妒之心，可以過關，空中落下無欲之環（むよくのリング）。隨後同伴由美再次出現，連連向主人公道歉，說剛才被幻影所惑，說了很多過份的話。看那楚楚可憐的模樣，想計較也不行。兩人結伴下樓，順便在 1F記錄的石盤記下這辛苦的一頁。經過這番波折想說沒事正要前往封印之間解除封印，沒想到又遇到大月老師。這回他又經過改造，威力更加強大，口中直嚷著主人公要活命下去是沒有科學的根據。有了同伴相助，大月老師就不是對手，落敗之餘他還莫名其妙，說他落敗是沒有科學根據的事，怎麼會這樣呢？趕走大月老師之後，兩人攜手前往封印之間，獻上無欲之環，東南面貪欲界的封印就解開，主人公又開始新的歷險。
玲子 Case：鍥而不捨的追蹤下，在 6F發現同伴玲子的芳蹤。可是她十分冷漠，說她已經不需要主人公作伴了。又說她現在和帥哥在一起十分滿足，問主人公難道能給她更多嗎？和主人公在一起，不但不能得到妥善的呵護，老是戰死，而且主人公對她一點都不溫柔。以前硬要主人公幫忙是一個錯誤，現在已經不需要主人公，一切都結束了。這時出現選項問主人公要不要放棄，開玩笑，爬了那麼久樓梯，好歹再說幾句話。想不到正要開口，玲子就破口大罵，口出不遜之言，叫主人公不要像個討厭鬼一樣糾纏不休。主人公一聽差點被氣死，回過神來只見夜魔莉莉斯（リリス）在眼前張牙舞爪的攻擊過來。千辛萬苦將之打敗，魔神皇的聲音又響起，說剛才的莉莉斯是主人公心中因嫉妒而發狂的呈像，主人公能將她打敗，就算是克服了嫉妒之心，可以過關，空中落下無欲之環（むよくのリング）。隨後同伴玲子再次出現，連連向主人公道歉，說剛才被幻影所惑，說了很多過份的話。看那楚楚可憐的模樣，想計較也不行。兩人結伴下樓，順便在 1F記錄的石盤記下這辛苦的一頁。經過這番波折想說沒事正要前往封印之間解除封印，沒想到又遇到大月老師。這回他又經過改造，威力更加強大，口中直嚷著主人公要活命下去是沒有科學的根據。有了同伴相助，大月老師就不是對手，落敗之餘他還莫名其妙，說他落敗是沒有科學根據的事，怎麼會這樣呢？趕走大月老師之後，兩人攜手前往封印之間，獻上無欲之環，東南面貪欲界的封印就解開，主人公又開始新的歷險。
進入貪欲界（ドンヨクカイ），這回倒是沒有馬上遇到魔神皇石像，所以暫時不知他要變什麼花樣。進入的地點是 3F，主人公尋找樓梯到達 1F，記錄點南面一牆之隔掛著實驗室招牌，闖將進去卻沒看到大月老師的蹤影。和魔界人聊天中知道本關的關主迦菲（チェフェイ）是由貪念聚合而成的，主人公開啟的寶箱越多，迦菲的力量就越強。在 1F的南面中央，終於又見到了熟悉的魔神皇石像向各位說明本關的遊戲規則。他說這關就是為了考驗人類的貪念設的，貪念越多，只會給自己招來煩惱。呵呵，想必主人公在此區前進，一定會受盡煎熬，越走越痛苦吧……笑完了石像消失，背後的樓梯就是下樓通往B1F之路。
主人公終於爬到 4F找到關主妖獸迦菲。據說迦菲的型態係根據主人公開啟寶箱的多寡決定，共有八種。其中有的是物理攻擊無效，有的是魔法攻擊無效，型態各種各樣，要小心應付。打倒迦菲之後落下溫厚之環（おんこうのリング），主人公正要拾起，不料大月老師自一旁搶出奪在手中，說想要的話到 1F實驗室找他，所以主人公還要多一陣奔波。到 1F的實驗室，這回大月老師有備而來，已經經過全身的改造，變成龐大的機器人，口中大呼主人公想要生離貪欲界是沒有科學根據的事。頗費了一番手腳將之擊敗，奪回溫厚之環，伸手一探大月老師鼻息。呃，這次好像真的掛了……
拿著溫厚之環到封印之間就可以解開全部的封印，於是選擇可以通過封印之間到達未知的領域。再睜開眼時，四周環境依然是學校的風景，可是除了保健室的香山老師之外四處無人，氣氛有點奇怪。一路上樓，魔神皇位於 11F，沒有門牌。一進房間，看擺設跟校長室一模一樣，只是魔神皇身後的匾額寫的是「理想」。主人公正要質問魔神皇到底在搞什麼鬼，沒想到他先開口，問主人公有沒有覺得奇怪，學校裡為什麼都沒有人？他說，這是他的學校，因為那些人都是不必要的，所以都沒必要存在，就好像垃圾被拋棄一樣的道理。又說，和主人公的遊戲到這裡也告一個段落，遊戲結束了，主人公也沒有必要存在，現在他要親自動手除去主人公一行。
由美 Ending：主人公當然不會束手待斃，於是展開一場血戰，魔神皇雖然強大，但終不敵主人公呼朋引伴的群毆。打倒魔神皇之後，學校離開魔界回到現世。定神一看，站立的地方是校門口穿堂，想說打了這麼辛苦的一仗應該要跑去記錄一下，可惜不能記錄，主人公逛逛校園最後走到校門放學回家算是完成這段歷險。在校門口，同伴由美問主人公，這段歷險雖然驚奇，可是說出來人家一定不會相信的，問主人公會不會因為沒能成為英雄人物而感到遺憾？
玲子 Ending：此時同伴玲子挺身而出大叫住手，流著眼淚對魔神皇說一行人不是來與他為敵，而是來救他的。魔神皇自然聽不下去，大聲斥喝叫玲子住嘴，並瘋狂的攻擊過來。主人公不能束手待斃，於是展開一場血戰，魔神皇雖然強大，但終不敵主人公呼朋引伴的群毆。
打倒魔神皇之後，落下解脫之環（げだつのリング）。玲子說要解開問題的根源，必須進入魔神皇的精神世界才行。於是低頭拾起解脫之環，利用解脫之環進入魔神皇的精神世界。在魔神皇的精神世界裡有一大堆傳送地帶，小心的辨別方向前進。在其中漫遊可以見到許多魔神皇的記憶，瞭解到他為什麼會有這樣的抓狂演出。說來他也是個可憐蟲，在學校裡被人家看不起，處處被欺負；只有保健室的香山老師對他還好，可是又限於師生倫理不可能有結果（所以香山老師不用去怠惰界掘土，也可以留在魔神皇自我構築的無人學校）。鼓起勇氣寫情書給女同學曉子，不但被冷酷的拒絕嘲笑一番，還被貼在公佈欄傳閱成為大家的笑柄（所以曉子和她男朋友龍一在怠惰界中變成石像，在另一個故事查理篇中石像甚至還摔個粉碎）。小時候媽媽受不了老公虐待，背了妹妹玲子離家出走，留下魔神皇狹間偉出夫孤單一人，讓他從小就缺乏母愛……。看到這些影像，想必各位主人公已經知道同伴玲子是誰了。是的，她就是魔神皇狹間偉出夫的妹妹，因為母親離家出走才跟了母姓。而她之所以不屈不撓的和主人公一同進到魔神皇精神世界，就是為了救她哥哥。
在精神世界最深處再次遇到魔神皇，這次出現的是他的怨念，乃是他對這世界的抗議。為了拯救他的靈魂，主人公一行必須打倒魔神皇的怨念，才能淨化他的靈魂。和前一次作戰大同小異，但是怨念變得更強了。辛苦的打倒魔神皇，怨念消失，少年又出現。只見他恍如失魂，口中不住喃喃的說，怎麼會輸呢？身為魔界支配者的他，怎麼會輸呢？……講著講著，少年的形體漸漸縮小，變成像小孩一般，並開始嚎啕大哭，怨天尤人的怪大家都欺負他。同伴玲子上前抱起他，溫柔的安慰他，教他不要哭。小孩問玲子說不會再跑到別的地方，不會再拋下他了吧。玲子答應小孩的要求，這才止聲不哭，同時也恢復成正常的偉出夫形象，和玲子相擁，說這才真正感受到真正的愛，希望玲子再也不要離開他，玲子也答應不會離開他，不會再讓他感到孤單。
主人公看到這場兄妹相認的感人大戲，激動得熱淚盈眶，低頭拭淚。再抬頭時，偉出夫和玲子的身影已經不見了，空中傳來玲子的聲音，說偉出夫歪斜成魔神皇的精神已經恢復了，所以主人公不能一直呆在精神世界中，必須趕快離開。於是主人公便被強制捲軸推送出去。途中還會聽到玲子向主人公解釋，其實他哥哥偉出夫本身並不壞，只是一直缺乏關愛，因而做出了偏差的行為。或許大家不能原諒他哥哥把學校帶入魔界的脫線行為，不過她保證不會再有第二次發生了，請主人公諒解。又說和主人公一起在魔界中歷險雖然辛苦，可是很高興，感謝主人公的協助，才得以拯救她哥哥。從此之後可能再也見不到主人公了，雖然很想和主人公在一起，可是偉出夫不能沒有她，而她也是她哥哥在這世上唯一可以依靠的人，所以她必須呆在她哥哥偉出夫身邊。於是主人公在依依不捨中和玲子分離，解放電腦中的仲魔離開魔神皇的精神世界。再睜開眼時，站在學校門前穿堂，回復正常的學校現在已空無一人，大家都放學回家了，所以主人公也踏出校門帶著滿身的疲憊回家。
男伴 Branch（憤怒界）
記錄之後回到封印之間獻上溫厚之環（おんこうのリング），憤怒界（フンヌカイ）的封印就打開。進入的位置是憤怒界 3F，四下轉了一圈，發現有兩個樓梯向下，一個門被怪老者擋住，說要有通行證才能通過。無奈之下，只有下樓去尋找他要的通行證。兩個樓梯下樓都是一樣，彼此相通。在 2F又見到龍一，一看到主人公就高興得大呼小叫，說他找到被魔神皇綁走的曉子了。此時魔神皇會帶著被五花大綁的曉子現身，說為了愛情追到這裡來也是很不容易的，不過他神聖的意志不容違反，想要解救曉子是不可能的，說完又伴隨著曉子的悲鳴離去。龍一淚流滿面之餘，回頭看見救星，馬上就向主人公一行求援。看他哭得那麼可憐，本來就要答應，可是查理卻說曉子是他的馬子又不是你的，你那麼熱心幹嘛？此處可以選擇施予援手或拒絕，想想查理的話蠻對的，便冷酷的拒絕，留下龍一在那邊哭天搶地。如果答應幫忙的話，查理會十分不悅的說，你要幫自己去幫好了，我才沒那閒工夫，離開主人公的陣容；能力不足的話，先不要讓查理離去，練一練功才好。丟下愛哭的龍一，下樓，1F是商店街，這裡的商店有販賣高級的武器及防具，當然索價甚高。北邊有一個怪叔叔，他說看主人公像是有錢人的樣子，同伴查理聽他這樣一說，怕他借錢，便謊稱不是。怪叔叔不信，要主人公原地跳跳看，答應他的要求跳動的話，口袋裡的硬幣會掉出來，被怪叔叔撿走，同時他也很不高興主人公一行騙他，怒氣沖沖的離去。如果不跳，花言巧語的圓謊的話，怪叔叔被謊言所惑，以為你一個窮人在憤怒界歷險十分危險，會送你寶劍無想正宗（むそうマサムネ）。繼續前行至西面，遇到一個護士打扮的怪女人自稱有好東西給你，但她堅持只和一個人說話，主人公兩人同行的話便不予理睬。所有的路都被擋住不能前進，主人公只有在憤怒界裡練功練錢，走來走去不小心又繞到 2F見到龍一，看他還在哭，跪著請求主人公去救曉子，實在不忍心便答應了。同伴查理看主人公和這娘娘腔的龍一糾纏不清，十分不悅，他生氣的說現在首要是離開這鬼地方，不是救人，怒氣衝天的走開。
缺了同伴查理的援助，只好多叫仲魔來彌補。再回到 1F找怪護士，這回她很高興的拿出憤怒的通行證（怒りの手形；いかりのてがた）給主人公，主人公伸手正要接下，想不到她說要主人公表示一點心意，貢獻10000元略表香火之情。自古雪中送炭的人少，落井下石的人多，雖然被勒索，來是隻得乖乖的交出10000元，換到憤怒的手形。有了憤怒的手形，便可以再登上 3F去找怪老者，亮出重金買來的憤怒的手形，他就不再擋路，通過他身後的門進入新的迷宮。沿途遇到一個魔界人向主人公談起美嘎頓 之石（メガトンのたま）的情報，牠說美嘎頓之石被施了奇妙的魔法，人類無法碰觸，而且變得十分重，想要拿起來必須要兼具體力和力量才行。問牠到底體力和力量要合計多少才夠？想不到居然賣起關子，說一時想不起來，給牠1000元或許會想出來。忍痛付錢，想不到又含混其詞，就是要錢，付了幾次之後，終於探出原來體力和力量合計超過 30就可以拿起美嘎頓之石。
重新下到B1F，出樓梯不久就遇到龍一，他說他找到魔神皇了，可是魔神皇不肯釋放曉子，叫主人公和他一起進去理論。一進門魔神皇就開門見山的說，要救曉子是有條件的。龍一心急，也沒聽什麼條件就滿口答應。魔神皇說，從這房間南面的門出去上樓，去把美嘎頓之石拿來再說。龍一一聽轉頭就要動身出發，卻被魔神皇阻止。說沒叫你去，不必瞎忙，是要主人公去取，因為主人公有仲魔簇擁隨護，才有可能取得。真是飛來橫禍，看來救人不是件輕鬆事，不過為了龍一和曉子乞求的眼光，只好勉為一行。
通過南邊的門，深處有一個傳送點可以傳送到另一個迷宮，走不遠就看到一個樓梯，爬上 1F遊歷一番，在一個轉角遇到墮天使阿姆多西亞斯（アムドゥシアス）說要替魔神皇除去主人公，攻略到這裡當然不能束手待斃，呼喚出仲魔奮力作戰。打倒阿姆多西亞司之後，進入牠身後的房間，在壺中發現美嘎頓之石，因為人類不能手摸，所以要呼喚力大的仲魔來拿。通常用LV33的破壞神阿雷斯（アレス）就可以完成任務。
捧著美嘎頓之石回去見魔神皇，想不到他又提出了新的要求。雖然不滿，可是為了救人也不得不接受。這次的任務是打倒怪老師大月先生。正在奇怪大月先生不是魔神皇的手下嗎？魔神皇解釋說不是，是大月自己來投效的，可是這無能的傢伙沒能阻止主人公一行到魔界來，連龍一這麼沒用的人都可以跑來，真是太讓他失望了。無用的人是不需要存在的，所以要主人公去和他做一個了斷。
一樣從南面的門下去通過傳送到另一個迷宮，這次從遇到的第二個樓梯上去。在迷宮深處可以找到大月先生的實驗室，撞進裡面發現大月先生又經過改造，變得威力更強。在仲魔齊力攻擊下將大月打敗，於是便回頭找魔神皇交差。想不到魔神皇說主人公沒有「給他死」，這樣的結果不太滿意，不願意放人。要主人公從北邊的門下找到他的神像，對神像五體投地行三跪九叩之禮作為補償。聽到這麼過份的要求，主人公不禁怒火中燒，要不是龍一在一旁相勸，髒話就要罵出來了。無奈，只好再度動身，先找到神像再說。
在途中的回復之泉略事休息，這回在迷宮深處找到的是向下的樓梯，進入B2F是一個相當大的迷宮。在B2F找尋魔神皇的神像，沿途聽到許多魔界人對魔神皇歌功頌德信仰虔誠。找到魔神皇的神像，神像口中發聲叫主人公下拜，心不甘情不願的五體投地行了三跪九叩之禮，再回去找魔神皇看他有甚麼話說。回到房間門口，龍一跑出來滿臉陪笑，說感謝主人公為他們這樣折騰奔波，還受此屈辱。同伴查理也出現，說他一個人找了半天也找不到可以解除封印有關環的情報，一個人難以成事，還是兩人一起合作吧。於是查理重回陣中，兩人一同進入魔神皇所在的房間。魔神皇看主人公已經拜過了，臉露微笑，說那麼接下來的工作是…………話沒講完，龍一已經按耐不住，破口大罵魔神皇折騰人沒完沒了，衝向前就要將魔神皇飽以老拳。但是突然間龍一的身體在空氣中消失，曉子見狀發出淒厲的尖叫。魔神皇說不用擔心，只是讓這衝動的傢伙飛到別的地方去而已…………沈吟一會又說，既然兩個人想要在一起，就成全妳們兩個吧。話畢帶著曉子一同消失在主人公面前留下主人公和查理面面相覤。沒辦法，兩人只好動身前往尋找魔神皇、龍一及曉子的行蹤。
想起從南邊的門出去，迷宮深處還有第三個向上的樓梯未曾探索，兩人便結伴前往一探。經過一串跳躍地帶之後又重見魔神皇，不過龍一及曉子已經變成石像了。魔神皇說這就是違揹他的下場，不過既然主人公這麼想救這兩人，便給你們一個機會，還好現在這兩個傢伙石化還沒多久，或許還沒完成凝固；主人公若將石頭打破，也許兩個人就可以從石頭裡蹦將出來。問主人公要不要敲石頭？猶豫了一下伸手往石像的腦袋敲下，當頭棒喝希望能救出兩人，沒想到石像卻碎成碎片[注 6]。魔神皇大笑離去，說是主人公的愚蠢殺死了這兩人，留下兩人滿懷歉意的望著散落一地的碎片。定神一看，碎片裡閃閃發光，出現無欲之環（むよくのリング），將之撿起好好收藏。
拿著無欲之環，這或許是解開封印的關鍵，趕快前往封印之間試試。獻上無欲之環解開封印，可以選擇要不要進入新開放的區域。進入之後遇到的是大月先生，這回他已經全身改造成大型的機器人。他說只要打倒主人公一行就可以獲得魔神皇的認同，所以要主人公乖乖引頸受死，他要拿首級去請功。呼喚出仲魔齊心戰鬥終於打倒大月先生，這回他再也不能作怪了。此時可以選擇要不要繼續前進，若是在與大月作戰時受了損傷，最好先去回復補充。
再進入封印之間前進，擋在前面的是魔神皇，他說主人公一行能解開封印真應該接受誇獎表揚，但是先前的努力在此要劃上句點，就像他先前說的，違反他的意志想從魔界逃脫是不可能的。又說，玩弄主人公這麼久，給他許多的樂趣，真應該好好感謝才是，所以決定讓你們痛快的一死。話畢變身攻擊過來，主人公照例呼喚仲魔群毆。
打倒魔神皇之後，魔神皇口中猶不認輸，說既然這次讓你贏了，就讓主人公一行回到現世吧。不過想要從此無事的生活是不可能的，只是讓你們多活一會罷了。下次再見面的時候，會讓你們知道魔神皇真正的恐怖……
再回過神來時，只見主人公和查理站在校門口，學校已經不見了變成一個大坑，像被炸彈炸過一樣。兩人猶如經歷了一場惡夢，查理說這經過不能跟別人講，否則會被當成瘋子送到精神病院去。和主人公約定三針其口之後，便告辭各自回家準備轉學事宜。
唉，經過了這種事還唸書嗎？學校真是是非之地呀。
宮本明篇
此處連接遊戲一開始選擇同伴後的情景。由此可見宮本明篇相比另外3條線區別相當大。
找到同伴後先上 3F的 2H班找八幡老師，這個書呆子不知外面發生了什麼事，還在和你說他新買的筆記型電腦怎樣怎樣。聽老師吹牛完，可以到 1F的電腦室記錄了。不過在電腦室門口遇到奪門而出的電算部社長佐藤 勝彥，後面還緊追著一隻餓鬼。棒球棒登山鍬齊下，一陣乒乒乓乓，將餓鬼打死解救了電算社長。佐藤說他本來是想經由網路和外界聯絡，結果聯絡不成卻收到一個怪程式，程式一執行就跑出怪物來，嚇得他屁滾尿流。又說這程式是一個叫STEVEN的人上傳的，網路上的名字大概是假名吧。眼鏡兄佐藤將裝有怪程式的磁片交給主人公，說他嚇死了，再也不碰這張磁片了。
佐藤不幫忙，於是主人公拿著磁片到 3F找八幡老師要借他新買的筆記型電腦來看看這怪磁片裡到底裝什麼。可是八幡老師捨不得，拿出他自製的手腕型終端機充數。只好將就著使用，啟動電腦，將磁片插入安裝，主人公獲得了與惡魔交談召喚的能力及自動繪圖自動回復分析等功能。
拿著新獲得的手腕型電腦，可以到 3F西北的房間，在那裡會遇到穿學生服的雪人ヒーホー君，他很欣然的加入成為仲魔。下樓，在 1F的用務員室（JANITOR）友人宮本明向門房老頭提出逃走的計畫，於是兩人便冒險從下水道（マンホール）逃走。走著走著一失足兩人竟然跌入深坑，一直落，一直落…………
兩人醒來的時候，不知身在何處，環境非常怪異，好像是在某地的地下八樓。四處看看，有個門卻打不開，兩人一陣亂轉之後，主人公在白日夢中看到的那少年又出現了。他說兩人雖然逃出來，不過這是不允許的。友人聞言大怒，正要揮拳理論，沒想到魔神皇小指一彈，兩人就失去意識，昏迷前瞬間還聽到魔神皇狂笑不已。
主人公先行醒來，看到友人還趴在地上，不知是死是活。突然看到一個模糊的影像，自稱是魔王阿蒙（アモン），他說他意外被魔神皇襲擊，靈魂和軀體分離，所以要借友人宮本明的身體一用。接著不分由說，便與友人合體，只見友人全身發毛，頭上長角，緩緩的從地上爬起。友人和惡魔合體之後，能力數值全部加一，同時也獲得了惡魔的部份能力。友人根據惡魔阿蒙的記憶說，此地名叫幽閉之塔，是魔界在地底的一部份。而現今魔界的主持人，就是那莫名其妙的魔神皇。他不知怎的，將學校拉入了魔界中，現在是弄得一團混亂，主人公想要離開此地，還得從此人身上下手。
再回到那個門，友人因為繼承惡魔的怪力，便能將那門打開。一條路直走，下到B10F，此地有紀錄，回復及邪教之館，以此作根據地像未知進行探險。先在B10F轉轉，打聽消息，交談下得知此地是地之諾莫斯（ノモス），是這幽閉之塔最下層，上面還有第一諾莫斯，第二諾莫斯，第三諾莫斯，第四諾莫斯，天之諾莫斯等部分，而魔神皇就住在最上層的天之諾莫斯。
一面練功一面向上探索，在B9F可以聽到有關守護靈（ガーディアン）的情報。原來本遊戲中人是不會死的，所謂的死，就是換一個守護靈來附身，守護靈的能力也會影響主人公的能力。因為友人宮本明的魔法也是繼承自守護靈，所以若死的次數太少，反而學到的魔法有限；但是如果死的頻率太高，守護靈可是會越換越弱。[注 4]
繼續上樓，樓梯逐漸出現分叉，有的是通往玄室的，不要走錯了。這玄室裡囚禁著惡魔阿蒙的同伴，可以經由和平的會談把牠拉攏成為仲魔，不必粗魯的動手動腳，血濺五步。這三間玄室中，在B6F甕中的是LV25的神獸賽巴克（セバク）。一見面，賽巴克以為主人公一行是魔神皇的爪牙，便要開打。此時不要衝動，先動之以理，選「說得」（せっとく）。告訴牠宮本明就是惡魔阿蒙，是來幫助牠的。但賽巴克並不相信，一定要動手比畫比畫。好好講講不聽，友人的火爆脾氣發作起來便要動手（選「戰鬥」，たたかう）場面一觸即發。孰料正在緊張的時候，賽巴克仰天哈哈大笑，說這脾氣個性果然是阿蒙沒錯，欣然加入成為同伴[注 7]。B4F玄室中的是LV35的女神哈得賀魯（ハトホル），要在新月時會面才會加入。B2F的是LV42的魔神託託（トート），必須有上述的神獸女神召喚出來在陣中，一同說得才能順利加入。
繞來繞去爬到B3F，此地有道具屋和鑑定屋，需要解毒及回復麻痺藥的話，要在這裡要補充。道具屋和鑑定屋是同一老闆，忙得分身乏術，平常鑑定屋不營業，需要的話要新月時來才行。一路上去，在B1F順便打開間歇泉（間欠泉）的閥門（バルプ），以便以後可以利用自B10F直達1F。
上到 1F，西北角有回復之泉，東南角有記錄點。在北邊中央看到傳說的分離之門（ジェセルの門），可是打不開。繞到東面找到一個下樓的樓梯，再次往下探險，可以在B3F找到藍色的鑰匙（あおのカギ），惡魔阿蒙說這可以用來打開分離之門。拿鑰匙去開門，結果一開門跑出一隻妖獸阿歐帕夏（アオパシャ），這沒有準備下的衝突，令主人公一行非常狼狽。匆忙抄起武器應戰，結果居然發現槍擊對牠無效，只好用劍及魔法慢慢支持，奮鬥良久終於把牠打倒。踏著死獸的屍體，打起精神前進，眼前的門就是進入第一諾莫斯的路了。
第一諾莫斯共六層，6F是塔佩特（タペト）街，可惜現在街裡的人全被鬼女布莎楊斯達（ブーシャヤンスタ）催眠，無法正常運作。這裡出現的惡魔顯然比在地之諾莫司出現的高明許多，要步步為營前進。爬至3F出現叉路，從西北的樓梯上樓可以去開啟間歇泉的閥門，但是從東南的梯子才是通往六樓塔佩特街的正途。爬上六樓，眼前就是記錄石盤和回復之泉。
第一諾莫斯 6F相當大。沒有打倒關主布莎楊斯達，市街無法恢復，同時也不能繼續攻略，所以主人公必須尋找關主藏身之處。穿越了一大堆損傷地帶的機關，終於找到鬼女布莎楊斯達。僥倖打倒鬼女布莎楊斯達之後，塔佩特市街的人自昏睡中醒來。
離開塔佩特街進入第二諾莫斯，出沒惡魔的等級又上升許多。爬上 7F，在 7F聽人說此地常有一神秘美女出沒，她會引導人穿過黑暗長廊，不過條件是過程中眼睛要閉起來不可張開，超級神秘的。上到 8F果然看到傳說中的神秘少女，主人公可自選要不要接受她的引導。接受引導的話，有可能平安無事度過彼岸，也可能被暗算變成蒼蠅。不過被變成蒼蠅也沒什麼不好，稍後在 10F某房間中，必須是蒼蠅才能聽到重要情報。10F西北角房間裡，有一群蒼蠅嗡嗡叫，如果主人公一行中有人被變成蒼蠅，則蒼蠅會將你視為同類提供有用的情報，不然則不理睬。蒼蠅說，要參見「主人」，的話，進黑暗地帶後，直一，右一，左二，左二，左一，便可見到。又說「主人」很討厭火，叫主人公不要犯了大忌。聽完情報後，在附近有回復之泉，可以解除蒼蠅的詛咒，回復正常之身了。
在 13F可以開啟間歇泉的閥門，同時也有樓梯可以上 14F。14F有間歇泉的出口，同時也有閘門（GATE）可惜被魔力封閉不能打開。回到 13F，再次見到謎之美女，這回她把主人公帶入了一團黑暗之中。想起 10F蒼蠅的話，直一，右一，左二，左二，左一，轉來轉去的來到一個房間門前。不要懷疑，座南朝北的大厝就是關主的家，敲門之後進入。關主是長得像蒼蠅的幽鬼多魯吉（ドゥルジ），原來牠就是那美女的化身……噁……
打倒幽鬼多魯吉之後，登上 14F打開閘門進入第三諾莫斯。一進入第三諾莫斯，友人宮本明就說有說不出的異樣感覺，但到底是什麼感覺又描述不出。14F西面中央有紀錄石盤，西北有落穴可以回到塔佩特街，需要合體的人大概會利用到吧。東面有一個老人會要求參觀主人公的守護靈，如果守護靈夠力的話，老人滿意之餘會贈送寶劍。同層樓還有猜卡片遊樂場和尚不能利用的間歇泉。樓梯有兩個，不過只有西南方那個才能順利上樓。
爬到 17F，此地有邪教之館方便主人公合體。友人直吵著說越往上爬奇異的感應越強。17F的樓梯一共有四個，兩個往上，兩個往下。南邊往下的就是主人公來時道路，往上則是死路。從北邊的樓梯下樓，可以找到防具店，但是並不通往任何地方。回到 17F，再從北邊的樓梯上樓，上到 20F，有回復之泉可以療養，同時在此地也聽到神之大門（ネチェリ）的情報。繼續往上，在 21F聽人說起，才知道原來魔神皇將惡魔阿蒙的魂魄與身體分離，魂魄關在地之諾莫斯，身體賞賜給第三諾莫斯的關主曼蒙（マンモン）。曼蒙得此意外之助，變得法力無邊，得以鎮守第三諾莫斯，這也是友人一進第三諾莫斯就一直覺得有異樣感應的緣故。在這 21F也是四個樓梯，兩個往上，兩個往下。西面往下的是主人公來時路，往上是死路；東面往下到 18F可以取得開啟神之大門用的白色鑰匙（しろのカギ），往上則可繼續上樓。
一路爬上 24F，整整爬了十層，腳酸得不得了。24F北面中央就是神之大門，聽說門後有一大票偉大的厲害的傢伙，是眾神聚集之所，不過先不急著進去，在外圍逛逛。西北角有落穴可以回到 14F，不過先開啟間歇泉閥門之後再來配套利用會從西南的樓梯下樓可以比較方便。從西南角的樓梯下樓，在 23F有猜卡片遊樂場，22F有武器店。如果從 24F東南角的落穴墜下，在 19F時進入房間後可以被傳送到間歇泉的閥門開關前。啟動開關後墜下 14F，這時就可以利用間歇泉回到 24F，不必再逐層上爬。
正式打開神之大門進入 24F內圈攻略，在深處找到邪神曼蒙。打敗牠，惡魔阿蒙取回牠被奪走的軀體，再次與友人進行合體，變得更面目猙獰，但能力也顯著上升。奪回失去的身體之後，友人信心大增，直催主人公往上去尋魔神皇的晦氣，於是一行便從神之大門之後的閘門進入第四諾莫斯。
進入第四諾莫斯向 26F挑戰，在此地遇到魔神皇傳送過來的影像，傲慢的稱讚主人公能向上攻略至此，不過這裡就是極限，因為他特別從魔界解放了一頭大龍來阻止主人公一行。這裡有許多地方不能使用電腦，主人公要更小心的前進。27F是一個螺旋迷宮，逆時針一直走可以走到傳送點跳出，在另一個小迷宮找到上升的樓梯。在 28F樓梯附近會遇到魔神皇召喚的邪龍阿其達哈卡（アジ．ダハーカ），最討厭的是牠會噴毒氣，中毒之後的成員攻擊力遽減，幾乎不能戰鬥。幾番波折之後將牠擊敗，從牠身後的傳送點跳到另一個大迷宮，這個大迷宮也是一大堆傳送點，跳來跳去終於找到上樓的樓梯。29F的房間多是單向門，通過之後門即在身後閉合。請細心觀察地圖上房門的邊界，可以知道門開啟關閉的方向。
爬上 30F，音樂和景色一變，令人肅然起敬。正在驚駭之餘，走沒數步，出現魔神皇的幻影，告訴主人公此是天之諾莫斯。又說主人公真是有趣，居然能在魔界中混那麼久，剛才派去的邪龍阿其達哈卡大概是徒具虛名，不怎麼強，沒能阻止主人公的前進。一陣大笑之後又說，希望主人公一行能在天之諾莫斯「玩」得愉快。一路走出天之諾莫斯，魔神皇住在 37F，沒有門牌，用腳踹開門進去就是。
打倒魔神皇後，魔神皇的控制力消失，幽閉之塔將回到魔界。和惡魔阿蒙合體的友人說，人類有人類的歸宿，惡魔有惡魔的故鄉，要把主人公送回現世。主人公就算不願意也是不行，頂多白挨一下被打昏了送走。當主人公回神過來之時，發現自己在學校門口發呆，校舍不見了，地上一個大洞。正在奇怪之際，被背後一個同學叫住，他說他蹺課先走一步，結果隨後學校就發生大爆炸，好多人失蹤到現在還找不到，好像只有主人公一人倖免的樣子，真是太好了……。
唉，原因不明的大爆炸……，只能這樣解釋了，如說是跑到魔界去了，誰會相信呢？這樣一講，可能會被送到精神病院去吧。
