瑪赫奈·卡達西亞

遊戲開始時，瑪赫奈乘坐喬邦尼的車躲避魔女的追殺，在躲避過程中，喬邦尼囑咐瑪赫奈萬一自己出了事就去向雷頓教授尋求幫助。隨後，突然活動起來的公園裡的雕像將二人連車帶人扔到樹上。二人被迫離開汽車，喬邦尼受傷，瑪赫奈遵照指示乘著夜色逃離去雷頓教授處尋求幫助。

瑪赫奈來到了雷頓的住處並說明來意，雷頓聽後決心幫助瑪赫奈。瑪赫奈向雷頓說明情況後，一隻鴿子出現在窗外，好心的路克開窗讓鴿子進來避雨，卻不料鴿子竟是魔女所變成，魔女擄走了瑪赫奈。隨後，雷頓和路克二人前去搜索瑪赫奈，並在倫敦塔橋隧道內的隱藏空間內發現了昏迷的瑪赫奈。為協助瑪赫奈逃脫，路克穿上的瑪赫奈的兜帽與雷頓吸引周圍魔女的注意，瑪赫奈則乘上從橋下通過的貨船離開。

乘上貨船後，瑪赫奈來到貨倉裡拿起了其中的一個逮捕君布玩偶，不料某盜竊組織將近期偷竊來的珠寶藏在了這批布玩偶中。組織的成員奧利弗在監視時發現了此情況，擔心玩偶被送檢導致暴露的奧利弗即決定奪回布偶。她從瑪赫奈手中搶過布偶，在爭搶中布偶的銘牌被扯掉，奧利弗隨後用周圍的正常布偶掉包，又拿起周圍的鐵管砸瑪赫奈。鐵管在砸下時被瑪赫奈抓住，僵持中奧利弗被不明人士擊中後腦暈倒，巡查的加德納發現情況，認為瑪赫奈偷竊玩偶並襲擊奧利弗，瑪赫奈被逮捕。被告×1

此案由成步堂龍一負責辯護，開庭前自稱為瑪赫奈老師的喬德拉帶著穿著學生服的失去高光的瑪赫奈，並表示開庭後只需認罪。但在法庭上成步堂仍然探知了真相，但最終卻沒有能找到襲擊奧利弗的犯人。

此後，瑪赫奈回到了迷宮城，並失去了在倫敦的部分記憶，並忘記了自己為何前往倫敦。在第一章，瑪赫奈救下了因不相信斯特里泰拉的故事而被騎士追捕的雷頓教授一行兩人，並走小道將二人帶往自己所居住的麵包師庫洛瓦大嬸的店內避風頭。在店內，雷頓教授和自稱一直在麵包店做麵包的成步堂真宵二人相遇。此後，雷頓路克二人幫助瑪赫奈找回了倫敦的相關記憶，三人發現在迷宮城人們的認知與外界存在不同，瑪赫奈提議並跟隨雷頓一行去大圖書館調查。

在圖書館內，三人成功得到了圖書管理員謎美的認可，借到了魔法大全，發現了魔法大全上魔女留下的字跡，並憑藉字跡解開了大圖書館的謎題，發現了大圖書館的隱藏地下室。在地下室中，三人發現了關於大魔女貝澤拉和噴火巨龍引發傳說大火的壁畫。看到此壁畫後，瑪赫奈似乎想起了些什麼。調查完畢後，雷頓二人返回麵包屋，瑪赫奈則去為麵包店買羊奶。

在瑪赫奈提著羊奶回麵包屋時，被兩位流氓埃利斯和特雷斯糾纏威脅。此時，魔女瑪達拉使用隱身魔法【米埃赫恩】，隨後使用火焰魔法【梅拉米恩】燒死兩名流氓，然後偽裝成目擊者嫁禍給瑪赫奈。瑪赫奈被逮捕並被起訴魔女罪和殺人罪。被告×2此時，瑪赫奈想起了自己被成步堂所救之事，便委託「麵包師」成步堂龍一為自己辯護。

在法庭之上，成步堂成功揭示了真相，真兇瑪達拉被當場執行火刑。臨刑前，瑪達拉指認瑪赫奈為大魔女貝澤拉，並表示自己嫁禍瑪赫奈是為了讓魔女審判完成其審判大魔女的使命，從而終止魔女審判，自己這樣的只能偶爾使用魔法的魔女也能過上安穩的生活。隨後，瑪赫奈以大魔女的嫌疑繼續被關押審訊。

在審判的次日，成步堂二人與瑪赫奈會面，瑪赫奈坦白了自己是斯特里泰拉的女兒。為了能被寫出更好的故事，迷宮城裡的人最開始都很親近她，但一天她撞到了一個人，然後此人當晚就被魔女奪去了生命，城裡的人便開始有了接近她就會被寫出不好的故事的氛圍。瑪赫奈又表示自己的母親早逝，父親斯特里泰拉在瑪赫奈小時候對她很溫柔，但不知何時父親和她越來越遠。她對自己的父親因要為城裡所有居民寫故事而無暇關心她表示了理解，並對自從她與父親分居一來一直照料她的庫洛瓦大嬸表示感謝。

此後，在雷頓教授被害案中，由於真宵是本案嫌疑人無法作為律師助手出席，在吉凱恩的允許下，瑪赫奈作為辯護律師助手出席，並協助成步堂洗清了真宵的嫌疑，揭露了貝爾迪克案的真相為自殺以及揭發了沒有殺人的魔女：阿爾格雷管家。阿爾格雷將在沒有殺人的情況下將會以魔女罪被處以火刑，為救下她，瑪赫奈做出自白表示自己是貝澤拉，並準備以自己遭受火刑來結束魔女審判。在瑪赫奈將被執行火刑時，真宵沖入牢籠救下了她，而真宵自己卻被鎖在了籠子裡，被處以火刑。

真宵被火刑後，成步堂路克瑪赫奈三人趁亂逃出了法庭。在法庭前的路上，躲避追捕的三人遇上了騎士檢察官吉凱恩。吉凱恩對真宵的事表示抱歉，並讓三人前往「拉布雷的店」躲避追捕。三人抵達後當晚，成步堂難以入睡，下樓取水時被拉布雷安慰，此事被同樣睡不著的路克和瑪赫奈聽到。發現成步堂已經可以重新振作後，路克與瑪赫奈最終也能夠安然入睡。到達「拉布雷的店」後次日，成步堂和路克二人去市場上調查，瑪赫奈則留守店內。在調查時二人偶遇已經被處已火刑的瑪達拉，並意識到了審判中或許存在著巨大的秘密，以及真宵同樣也可能活著的情況。此後，三人走路克逃出法庭時走的密道，並在阿爾格雷管家的幫助下抵達火刑裝置，並最終發現火刑裝置下方的密道。

三人在密道中發現了一輛馬車。乘坐上此馬車，三人來到了城外，並與早已展開搜查的真宵雷頓二人會合。此後，五人共同探索地下遺蹟，並發現了遺蹟中的惡魔之鐘。看到此鍾後，瑪赫奈突然回憶起了自己小時候目擊「火龍」燒毀城鎮的記憶，並認為自己就是引發傳說大火的貝澤拉。隨後，瑪赫奈一邊嘴上重複著「大魔女貝澤拉」，一邊獨自跑開了。

鐘樓上的瑪赫奈

成步堂雷頓四人回到城內尋找瑪赫奈。在迷宮城內，路克發現了斯特里泰拉寫下的「自己會被貝澤拉殺死，貝澤拉會遭受審判，自由與希望將照耀在獲得新生的城市上」的最後的故事。不久後，四人在鐘樓前發現了瑪赫奈。瑪赫奈念誦大火龍魔法【加硫尤烏】，隨即出現的火龍吞噬了斯特里泰拉所在的馬車，瑪赫奈也在吟唱魔法後昏倒，隨後被逮捕。被告×3

由於檢察官吉凱恩因「反叛」檢查長而被以反叛罪收監並且在結局前就再也沒能出場，瑪赫奈的審理由檢查長喬德拉親自負責。在詢問中，瑪赫奈招認了自己弒父的罪行，但成步堂仍然從中找到了矛盾並指出瑪赫奈的記憶出現錯亂其招供並不可靠，瑪赫奈則在回憶中陷入混亂而暈倒。

在瑪赫奈暈倒的期間，成步堂證明瞭當時鐘樓有第二個人存在，解開了鐘樓上通往第三層的機關，並發現了躲藏在第三層的瑪達拉。最後通過對瑪達拉的詢問證明瞭喬德拉在案發前也在樓上。成步堂準備要告發喬德拉，但由於喬德拉是此時迷宮城內僅有的檢察官，真·全迷宮城只有兩個檢察官，如果她站上了證人席就會沒人負責檢控，此時，雷頓教授出現，並準備作為檢方告發瑪赫奈。

在此後的審判中，成步堂成功揭露了城中所有的魔法都並非真正的魔法，其中部分魔法是由城外穿著「隱形斗篷」的「約瑪」實現的，喬德拉則直到此案前都是掌控所有「約瑪」的大魔女，但仍然不能解釋能瞬間實現的魔法的原理。本案的真相在此被揭露：斯特里泰拉命令瑪達拉扮為「貝澤拉」，在鐘樓上殺死自己；而喬德拉卻希望「貝澤拉」的身份是瑪赫奈，因此背著瑪赫奈爬上鐘樓，並使用安眠藥使瑪達拉昏迷！她們都穿著隱身斗篷，因此自警團的人無法發現她們。最終，喬德拉的計畫得逞。

到此，今日的案件已經真相大白，但為了給城市帶來自由與希望，迷宮城的人們還需要知道當初給人帶來災禍的傳說大火的真相。此時，雷頓指認唯一的目擊者瑪赫奈為造成傳說大火的犯人，並成功引出了「最後的證人」，本案的「受害者」斯特里泰拉。斯特里泰拉坦言自己真名為「利特拉斯塔·卡達希亞」，是英國巨大製藥公司「斯泰拉」的經營者，而迷宮城整個鎮子都是公司研究如何控制人們心智的設施。原來迷宮城的土壤有一種特殊物質，喝含此物質的水就能使人們只要聽到純銀的聲音瞬間就會暈過去，在這段時間進行操作對於城中居民而言就彷彿是瞬間實現的。而在此物質環境下生長的植物會產生一種毒素，只要進入人體內就會被施加強烈的心理暗示。斯特里泰拉使用的墨水就含此毒素，能揮發到空氣中從而被人們閱讀故事時吸入。這就是斯特里泰拉得以控制人們心智，當「造物主」的真相。

此處原本有人居住，利特拉斯塔與先前自殺的鍊金術師貝爾迪克皆出生於此。此地的人們並不知道上述兩種情況的真相，就把這兩者歸於貝澤拉的詛咒。少年的二人在一次探險時發現了地下遺蹟的銀制的「惡魔之鐘」，二人決定加倍努力反哺家鄉，建立起高大的鐘樓，將鍾運到鐘樓上，並在家鄉「火祭」的最高潮時敲響它，以此作為城鎮邁向富裕的新起點。他們在接下來若干年內努力奮鬥，成立了「斯泰拉」公司，在此期間二人各自結婚並各有了一個女兒：瑪赫奈和本名為庫洛奈的喬德拉。

瑪赫奈和庫洛奈

二人最終功成名就，成功在家鄉建好鐘樓。幼時的瑪赫奈一直對這座鐘非常好奇。於是利特拉斯塔為了嚇唬她，就順著古老的傳說給她編了一個「敲響就會引發火災，變成貝澤拉」的故事。在「火祭」當晚，瑪赫奈仍然按捺不住內心的好奇，便慫恿庫洛奈爬上鐘樓頂層，此後，庫洛奈敲響了惡魔之鐘，整座城鎮的人都陷入了昏迷，在沒人控制的情況下火祭的火焰迅速燒遍了全城，只有在塔頂燒不到的瑪赫奈和庫洛奈以及此時還在遺蹟中探索的利特拉斯塔、貝爾迪克二人倖免於難。在大火燒毀全城之時，瑪赫奈恢復了意識，並將從鐘樓欄杆龍形狀的鏤雕透過來的火光視為火龍。聯想到了先前父親講給自己的傳說，瑪赫奈認為自己敲鐘後變成了貝澤拉殺死了全村人，於是封閉了自己的內心，而庫洛奈也因為創傷認為是瑪赫奈敲的鐘。

此後，為了讓瑪赫奈走出陰影，利特拉斯塔不擇手段。他首先編寫了一個以假亂真的《起源畫冊》，虛構了「魔女」；為了讓瑪赫奈相信自己不是貝澤拉，真正的貝澤拉還在城中作惡，利特拉斯塔與貝爾迪克父女合力，在瑪赫奈眼前表演了畫冊的內容，並表示自己在畫冊寫下的東西會變成現實。為了維持這樣一個謊言，利特拉斯塔招募了一些想要失去記憶重啟人生的人作為居民，把有「魔女」的鎮子「迷宮城」造了出來。為進一步封印瑪赫奈的記憶，他們特意把鐘樓與庫洛奈隱藏起來了，鐘樓用隱身布蓋住，庫洛奈則自願成為「約瑪」並改名「喬德拉」。

在這十年間，貝爾迪克事實上承受著巨大的痛苦，縱使迷宮城的居民在簽訂協議時是自願的，他也認為這個故事是在欺騙人們，在招致不幸，為了拯救瑪赫奈，實在是有太多的人被捲入了。最終壓垮駱駝的稻草是三個月前的一道閃電擊中了鐘樓並導致隱身布起火被燒毀，鐘樓顯現。貝爾迪克認為自己想要隱藏的罪孽終究會顯現，於是覺得自殺。喬德拉也因此認為是瑪赫奈父女二人奪去了自己父親的生命。此時，利特拉斯塔正因自己身患絕症命不久矣而急於結束故事，於是喬德拉乘機改寫利特拉斯塔的故事，試圖破除瑪赫奈的記憶的封印，讓瑪赫奈直面可怕的記憶，以完成自己的復仇。

瑪赫奈跳樓

在最後成步堂等人證明瞭當初引發大火的實為庫洛奈，但瑪赫奈仍然承受不住巨大的心理壓力，選擇從鐘樓樓頂處跳樓輕生。緊急時刻，喬德拉出現在鐘樓頂層，拉住了瑪赫奈。但由於欄杆年久失修，二人一同從鐘樓上落下，在下落途中，隨著雷頓教授一指，二人突然停住了。原來為了實現飛行魔法等魔法，迷宮城內還存在有大量被隱藏的機械裝置，而二人正是被路克用隱藏的機械臂接住。在黎明到來之際成步堂和雷頓二人一同念誦《魔法大全》的封面咒文【洛斯特里亞】，隨後，隨著「看不見純黑」的暗示被解除，所有被特殊染料塗成純黑色的機械盡數顯現。

三人和解

斯特里泰拉向瑪赫奈坦白自己身患絕症，但又說根據貝爾迪克遺留下的資料，「斯泰拉」公司找到了治療方法。此後，庫洛奈和瑪赫奈父女和好，瑪赫奈和庫洛奈也重新成為了朋友。至於「迷宮城」，因為隨著真相的揭露，其「實驗」的性質已經結束了，因此斯特里泰拉準備讓居民恢復原先的記憶，把他們送回現實世界。然而審判長卻代表眾迷宮城居民提出留在迷宮城，將其建設為現實中的一個新城鎮。斯特里泰拉答應了這一點，並承諾在痊癒後與他們一起建設迷宮城。

最終，成步堂雷頓四人乘快艇離開迷宮城，瑪赫奈在岸邊送別四人，並與四人相約再見。

在小劇場1中，在一年後瑪赫奈來到了雷頓教授的研究室，與四人重逢,此時成叔應該已經失去了律師勳章，並一同喝紅茶，解謎。

在小劇場2中，瑪赫奈與四人前去倫敦回憶往事，在倫敦公園中，會動的石像原來是機關，並在近期成為了熱門景點。據切爾米警長所說，這樣做的目的是當帶出瑪赫奈的那個混帳偵探再出現在公園時，能把他扔到樹上。

在小劇場3中，斯特里泰拉痊癒，瑪赫奈爆出他在手術前因為緊張自己寫故事安慰自己，並當眾讀出（公開處刑）了斯特里泰拉的故事以及之後的庫洛奈的中二言論。

在小劇場4中，瑪赫奈帶著四人出現在庫洛瓦大嬸的麵包店裡，並想給大嬸一個驚喜。

在小劇場5中，瑪赫奈在市場上見到了之前的一眾配角。眾人在此吐槽自己名字的十分草率地只是簡單粗暴地取自諧音，並引起了瑪赫奈的不安。

在小劇場6中，瑪赫奈為庫洛奈準備了附有父親寄語的二人童年時的照片作為其生日禮物。

在小劇場7中，瑪赫奈與四人在街道上遇見吟遊詩人前往鍊金術士的小屋看望阿爾格雷管家並遇上了謎美。

在小劇場8中，瑪赫奈與四人來到了拉布雷的店中，並得知了吉凱恩與拉布雷交好的原因。

在小劇場9中，瑪赫奈與四人來到鐘樓前參觀火祭的準備，「特設法庭」也會被重新搭建，用於評選「年度貝澤拉小姐」。（順帶一提，瑪赫奈已經在名人堂裡了。）

在小劇場10中，瑪赫奈與四人在調查兩位流氓的途中來到森林裡，在此五人遇見了想要成為占卜師的裁判長和凱克夕陽紅組合。

在小劇場11中，御劍憐侍來到迷宮城和雷頓進行謎題對決。成步堂向瑪赫奈介紹御劍，並且由於御劍在成步堂介紹時被加上了「天才」二字，御劍和瑪赫奈對話時結巴了。

在小劇場12中，瑪赫奈和四人回到了倫敦，在倫敦內雷頓和成步堂向大家分享了製作遊戲時的一些細節。