亡骨之翎被討伐後，31A迎來了一段平和而閒適的時光，不過很快司令官便讓31A再度啟程前去位於京都的次世代能源研究所執行任務。在設施內由希發現了隱藏在暗門後的秘密研究室，並於其中找到了熾天使部隊全員過往的資料，大家身為人類時的信息被記載得一應俱全，可唯獨月歌的檔案裡什麼都沒有。回到基地上交資料後，31A被暫時限制了行動，隨後司令官單獨召見了月歌，並提出了一個推論：月歌很有可能是憑藉自身意志轉變成人型納比的。月歌認為這樣的話自己應該留有做為納比時的記憶，只不過這段記憶暫時被塵封在內心深處而無法知曉。回到宿舍後月歌也將此事告知了大家。晚間，月歌獨自外出散心，恰巧遇見了正在冥想的惠。此時，惠告訴月歌，自己的超能力已經足以幫助月歌潛入精神世界；在一番糾結後，月歌握住了惠的手...在精神世界醒來後，月歌走進一片熟悉的森林，隨後遇見了一隻黑熊並遭到了襲擊...等到從昏厥中恢復意識時黑熊已經消失，但與此同時月歌也感覺到背後似乎正在被注視著，沒想到剛回頭就立刻從精神世界中甦醒了過來。月歌將潛入精神世界的所見所聞告訴了惠與其他人，並決定在後續的作戰中就近前往能幫助惠補充能量的地點，從而使月歌的精神世界之旅能夠延續下去。
第二天，所有的部隊在簡報室集合，司令官告知各部隊將要執行九州登陸作戰等一系列任務，但因一些原因暫不考慮經由四國地區進入九州[9]。31A當天前往神戶開展偵察任務，回到基地報告時得知從明日開始的四天，31B將與31A共同行動，且除白虎外的四人將輪流擔任31B的隊長，31B即將在這次測試後考慮重新編組的事宜（31B視角可參見樋口聖華#經歷）。晚上，月歌通過惠的幫助潛入精神世界，並第一次在海岸邊的礁石上看到「過去的月歌」正在放風箏，她的旁邊有一隻納比，月歌於是上前搭話，卻在對方回頭的一瞬間再次從精神世界中甦醒了過來。惠認為這是因為月歌與過去的自己見面會觸發精神世界的矛盾所導致的，所幸能量還有剩餘，月歌便又一次遁入其中。這一次，月歌先前往自己過去的家中見到了母親陽向，向她解釋了身上制服的由來後，與陽向一起度過了一段如同往日一般的溫馨時光。傍晚，月歌離開家中，等了很久卻不見過去的自己回家。突然，陽向從家中飛奔向海邊，並大聲呼喊著月歌的名字，月歌也跟著來到了海邊，卻發現原先過去的自己所在之處已不見人影，只剩下了那隻納比留在原處。隨後月歌在周圍看到了父親與一些穿著軍警制服的人，並很快被一位正在搜救的警察發現，隨即再次觸發了精神世界的矛盾（因為穿著特徵而被認出）後從其中退出。
第三天，31A與31B一同執行火力偵察任務，當日由柊木梢來擔任31B的隊長，不過從實戰表現來看梢似乎並不能勝任隊長一職。返回基地後，二隊向司令官報告了部分星癌體會逃跑的情況。晚上，潛入精神世界的月歌再次來到了家中，從日曆上看到了當前所在的時間是2027年7月，並從陽向口中得知，七歲的小月歌曾在森林中遇到了兇猛的熊，而一隻納比從危機中將小月歌救下，從此便一直陪伴在她身邊。談到吉他與音樂，陽向希望月歌能將歌聲轉達給更多人，月歌回想起母親對自己的支持，不禁感傷了起來（因為母親的離世）並觸發了精神世界的矛盾（向母親告知自己來自未來）後從其中退出。回到宿舍後，月歌將She is legend解散的實情告知了眾人，當自己曾在音樂道路上取得了成就後，最希望能把歌聲唱給母親聽，然而母親卻在樂隊成立一年後因水難而過世。大家紛紛表示震驚與難過，不過月歌依舊希望能在新生She is legend繼續歌唱下去。
第四天，31A與31B繼續一同執行火力偵察任務，當日由水瀨李來擔任31B的隊長，不過散漫的李似乎也並不適合當隊長。返回基地後，由希與聖華將有關星癌體逃跑原因的推論向司令官匯報，認為部分星癌體可能被賦予了特殊的行為模式設計，並有可能因為戰場與環境的壓力而產生了自主進化。下午，考試成績墊底的四大天王月歌、惠、莓和waki被淺見教官喊去教室參加補習。晚上，潛入精神世界的月歌從各個場景中搜集記憶碎片，逐漸回想起了自己在音樂道路上前進的一切。回到家中，陽向給月歌展示了以往錄製的家庭影片，小月歌的吉他與唱歌技術隨著年齡的增長日益精湛，月歌因回想起過往而再度傷感，不由得觸發了精神世界的矛盾（向母親告知她的死訊）後從其中退出。
第五天，31A與31B繼續一同執行火力偵察任務，當日由水瀨莓來擔任31B的隊長，總算有點隊長的樣子了。返回基地後，31A眾人看到七海往風味街的方向走，便萌生了跟蹤的想法，隨後看見七海走進一家服裝店挑選衣物。晚上，潛入精神世界的月歌繼續從各個場景中搜集線索，並回想起了參加海選前母親為了帶小月歌散心而一起放飛風箏，以及用手機和母親自拍合影的回憶。回到家後，月歌打算做些什麼來回報母親，於是便進入自己的房間，看到了許多能勾起往日回憶的物件。最後，月歌將吉他取出並來到母親身邊，即興創作了一首《陽のさす向こうへ》。優美動聽的旋律令母親感動不已，月歌卻因再次透露真實身份而觸發了精神世界的矛盾後從其中退出。第六天，31A與31B一同執行最後一處火力偵察任務，當日由聖華來擔任31B的隊長。二隊在途中遭遇了一支星癌體集團，隨後在短暫商討下決定了作戰方針。然而，為了躲避星癌體襲擊的聖華不幸地踩到了一處塌陷的地面，隨後被地下水衝到了深處。眾人將情況匯報給司令官，最後得到了營救情報並將聖華帶回了地面。回到基地後，司令官宣佈通過對這幾天的觀察與評判，最終決定31B的隊長將由水瀨莓來擔任。
第六天晚上，潛入精神世界的月歌繼續從各個場景中搜集線索，並回想起了自己通過選拔後，與父母一起賞櫻花與野營的快樂時光。月歌再次來到海岸邊，卻發現風箏早已不見，考慮到此時真正的自己可能已經回家，於是便從家的外圍接近。隨後，月歌看到了心碎的一幕：母親正在失聲痛哭著，父親則在一旁安慰，並透露出此時離月歌的失蹤已經過了1個月。不忍心繼續看下去的月歌連忙向父母表示自己就在這裡，卻被一旁的納比看到並觸發了精神世界的矛盾後從其中退出。好在惠的能量還有剩餘，月歌又一次遁入精神世界並回到了同樣的時間點，然而只能眼睜睜地看著陷入悲痛中的父母卻什麼也做不了。不知過了多久，月歌竟看到了奇蹟般的一幕：赤裸的小月歌徘徊著走向了家門口併力竭倒下，母親喜極而泣地懷抱著她。月歌這才明白過來，此時的「月歌」便是如今的自己，即是由那隻一直陪伴在小月歌家人身邊的納比變化而來，想必它是為了讓母親不再沉溺於傷心與悲痛之中，而決定成為她的女兒。此時小月歌發現了入侵者的存在，精神世界的入口再度關閉。月歌與惠復盤了之前的潛入，認為如果可以對精神世界產生干涉，那麼這個精神世界很有可能是存在於過去的世界，月歌或許可以通過潛入其中（時空穿越）來改變過去。二人隨後將這個假設告訴了夥伴們，儘管存在諸多的不確定因素，大家依舊支持月歌去尋找拯救家人的辦法，哪怕過去與未來都會因此而改變。
第七天，早晨點名時月歌久違地打算搞事情，卻被路過的司令官看到並喜提全隊體罰。隨後，除31C與30G外的其他隊伍在簡報室集合，司令官宣佈六支隊伍將對盤踞在姬路城的中樞星癌體「BrackenKnot」展開討伐作戰行動。其他隊伍各自負責佯攻或掩護，由31A與31B突進至boss所在處並將其剿滅。在作戰過程中，月歌遭受到boss的攻擊後暈倒在地，等緩過神來再次召喚熾天使時，卻發現只能召喚出一把武器。最終，眾人合力將BrackenKnot消滅。回到基地後月歌向司令官告知了情況，隨後來到競技場中測試，發現雙刀變單刀後月歌與隊伍整體的進攻節奏都會發生變化，經過考慮，司令官決定讓31A暫時退出前線並執行其它的作戰任務。晚上，潛入精神世界的月歌繼續從各個場景中搜集線索，並回想起了母親陪同自己選擇演出服，以及She is legend（Sil）名字的由來。隨後，月歌又回到了小月歌放風箏的時間點，為避免精神世界產生矛盾，於是月歌前往家中找到了假髮，喬裝後成功與小月歌說上了話，但一旁的納比很快便發現了異常，月歌再次被迫退出，並意識到了被納比認出同樣會使精神世界產生矛盾。或許是因為潛入的時間不長，惠依舊有剩餘的能量讓月歌再跑一趟。這一次，月歌將在海岸邊放飛風箏的潛在危險性告訴母親後離開，打算讓母親主動找到小月歌並將她帶回家中，卻不承想那天晚上的悲劇依舊照常發生，月歌被搜救的警察發現並觸發矛盾後退出。
第八天，久違的休假日到來，31A一起逛了樂器店與甜甜圈店，並在桑拿房中鍛鍊了身心，隨後遇到了正在與另一位軍官交談的七海。月歌鼓起勇氣上前問候搭訕，才得知自己給司令官起的外號「塚塚」已經在軍官中廣為流傳，大家也都覺得月歌十分有趣，月歌乘此良機再次向七海求婚，被乾脆利落地拒絕了。晚上，大家齊聚在練習室中創作並排練新歌。深夜，月歌獨自坐在自動販賣機旁若有所思，這時白河恰巧路過，月歌於是將自己潛入精神世界並想要通過干涉世界（過去）來幫助家人的心願告訴了前輩，感到似曾相識的白河回想起了曾經的「天啟」（可參見活動劇情「神諭與白色百合花」），於是便希望月歌不要輕易放棄並試著多掙扎幾次，這番話令月歌受到了鼓舞。隨後月歌提議大家一起去天台上乘涼，並分享了氣泡酒飲料，大家一同舉杯飲下。距離初次入隊已經過去了兩個季節，而正是因為夥伴們彼此之間的羈絆，大家方能一路充實地前行至今。
第九天，月歌被留下單獨訓練，其餘隊友以五人形態出擊去執行低難度的掃蕩任務。隊友們回到基地後，月歌仍在刻苦地進行單刀訓練，大家於是一起陪月歌進行組隊作戰的練習，不過司令官在觀看後覺得目前31A的戰鬥力仍無法恢復到原先的水平，便在晚間叫月歌到競技場去給她開小灶單獨加練。回到宿舍後，月歌向由希要了她曾經的電話號碼，打算在精神世界進行實驗。隨後，潛入精神世界的月歌繼續從各個場景中搜集線索，並回想起了母親曾給自己做最喜歡吃的鬆餅一事。回到家中的月歌立馬給過去的由希打了電話，可當時Sil尚未結成，由希並不認識月歌。感到有些失落的月歌告訴母親自己並不是月歌本尊，雖暫時並未觸發任何異常，但月歌很快透露了自己來自未來，此時在屋外穩定蹲點偷窺的納比出現，精神世界的矛盾被觸發後使月歌從其中退出。由於母親在之前替月歌梳頭時將髮夾取下，因此月歌是在取下髮夾的狀態下從精神世界消失的，不過回到現實後髮夾仍舊戴在頭上。
第十天，隊友們再次出發去執行任務，並覺察到了月歌的落寞與不甘；在出任務前同昨日一樣遇到了31B的眾人，感覺她們的關係似乎變得愈發微妙了起來？回到基地後大家再次陪同月歌訓練，而司令官在觀看後覺得儘管31A復健的進步很大但仍達不到理想的水準。晚餐時，月歌主動和司令官坐一桌並有所交流。深夜，潛入精神世界的月歌繼續從各個場景中搜集線索，並回想起了與父母一起過16歲生日時的幸福往昔時光。回到家附近的月歌打算通過放火產生的煙霧來吸引母親與小月歌的注意，然而幾度嘗試後玩脫了。惠的能量仍有剩餘，月歌再次遁入其中並仍打算在家裡實施放火戰略。回到家後，月歌有些情緒失控地希望母親暫時離開，而隨後在母親像往日一樣安撫自己時，月歌將這幾個月來在熾天使部隊的往事告訴了母親。隨後，月歌詢問母親是否能看出自己究竟是否是本尊，並回想起過去自己的納比身份也存在暴露的可能，便將真實身份說出，使精神世界的矛盾觸發。醒來後的月歌頓時豁然開朗了起來，意識到過去是無法被改變的，而那些自以為能從過往世界中獲得的新情報也正如由希所言，其實是在挖掘埋藏在內心深處的記憶。月歌認為即便如此，自己仍需要回想起曾經身為納比時的更多記憶，然而此時惠告訴月歌，她那能使月歌潛入精神世界的超能力也在不斷流失。回到宿舍後，大家都表示會繼續支持月歌的尋根之旅。
第十一天，隊友們繼續外出執行任務，回到基地後大家也一起陪同月歌訓練，功夫不負有心人，這次的訓練成果終於得到了司令官的認可，月歌得以歸隊。隨後，31A的眾人看到了正在吵架增進感情的莓與聖華。晚上，31A在餐廳舉辦了做為每章節保留節目的演唱會。深夜，月歌想回到更久遠的過去探尋究竟，來到精神世界後，月歌回到了小月歌七歲那年被熊襲擊的時間點，並目睹了事件的全過程：與小月歌在一起的父親音也受到了熊的攻擊後受了傷，而小月歌不忍拋下父親獨自逃跑，竟挺身而出與熊面對面...值此危難之時，一隻納比突然出現，並從虛空（蟲洞）中召喚出了月歌同款雙刀熾天使，將它們發射出去後成功擊退了來犯之熊。隨後小月歌找到了這隻納比，做為對救命恩人的感謝，希望把它帶回家去；音也雖不放心卻架不住小月歌的執著只得同意，此時做為旁觀者的月歌因自言自語而被發現並掉出了精神世界。惠的能量仍有剩餘，但此次進入精神世界後，月歌感覺自己像是在虛空中急速穿梭，隨後以宇宙視角看到了地球，並很快再次從精神世界中退出。回到宿舍後，由希覺得這應該是納比通過某種手段移動到地球的景象，大家似乎離真相又近了一步。23點後，所有的熾天使部隊被司令官緊急召集，並得知了前線的最新情況：由於原定的行軍路線上布滿了像是亡骨之翊吐出的紅色有毒結晶使土壤受到了汙染，考慮到如此大規模的結晶清理難度過大，司令部決定改變行軍路線，重新考慮經由四國登陸九州。
第十二天，31A前往奈良附近執行任務，期間在能量景點歇腳時可憐把之前和由希的談話內容向月歌透露了一點，月希間感情持續升溫！傍晚，月歌遇見了由依奈前輩，隨後與她一同去餐廳閒談，並於期間將自己前往精神世界後的近況告知了前輩，由依奈聽後似乎從天啟中感受到了什麼，於是便提醒月歌要多加小心。月歌下定決心探索一切的起源，來到精神世界後，一顆神秘的星球進入了視野之內，隨後月歌在星球上看到了一群納比並融入了其中，與此同時在高處的岩石上有一隻明顯老化的納比正在發表演說，他告訴族人們：敵人（星癌體）會捕食擁有智慧的納比個體，因此族群只剩下兩條路，要麼捨棄智慧繼續生活在母星，亦或是遠渡他鄉找到適宜生存的星球後再呼喚夥伴一同前往。當問及誰願意身先士卒時，象徵著月歌的納比毫不猶豫地跳向前方，隨後老納比稱呼月歌納比為「孫女」並讚賞了她的勇氣。月歌醒來後將事實告訴了大家，並認為正是因為自己率先抵達地球然後呼喚了夥伴，才使得納比們被人類改造為戰鬥兵器，因此而感到內疚，不過大家一致認為這是為了種族的延續而不得不進行的必然選擇，並不是月歌的錯。深夜，情緒依舊低落的月歌外出散心並偶遇了waki，對方告訴月歌，目前的悲劇都是因這場戰爭而起，因此儘早獲得勝利才是當務之急。與waki交流後，月歌的心情有所平復。
第十三天，司令官委派31A前往四國地區東邊的門戶——位於瀨戶內海的淡路島執行調查任務。31A於調查中注意到了一處異常明亮的地點，抵達後卻發現此時這裡既沒有發光或者漏電也沒有星癌體，便進入位於此處的研究設施內，且由於司令官的囑託而並未深入。離開後，31A發現不遠處沿岸的發電設施正散發著亮光，走近一看發現一隻巨大的星癌體正吸附在高壓電塔上，並且它很有可能是早些時候從剛才的研究設施那裡過來的。在戰鬥中，月歌多次獨自衝上前迎戰，卻不慎在想要防禦時舉起了並沒有裝備熾天使兵器的左手...悲劇就此發生，月歌被這隻巨型星癌體一口吞下，隨後下落不明......（後續的敘事可參見和泉由希#經歷）
第十四天清晨，熾天使部隊協力消滅了RazingEclipse，月歌也終於得到了解救，在由希的懷中甦醒並恢復了意識如果先前（截止至Day10）沒有在精神世界中集齊所有回憶，則擊敗boss後月歌將不會醒來，遊戲會迎來分支的BE結局。脫離危險後，31A的眾人一起去醫院探望月歌，並再次磕起了月希cp。出院後，月歌先後遇見了莓、聖華與白河，隨後來到司令官室報導。司令官將一樣物品交予月歌，打開一看卻發現那正是自己頭上所戴著的同款髮夾，但由於原先的這對髮夾是由父親親手製作的，理應不會出現連細節都一模一樣的複製品...月歌突然想到，這或許是因為曾經（Day9晚上）自己曾在精神世界留下了髮夾所導致的，也許那個世界與現在始終是連接在一起的，而當下要做的是...月歌急忙與司令官告別，隨後一口氣跑向了天台，即惠惠所在的地方（此時的bgm：「陽のさす向こうへ」）。月歌希望能夠與母親做最後的道別，便再度啟程前往了精神世界...這次的時間點是2027年9月，此時小月歌應該正在上學，家中只有母親在。月歌來到了母親身邊，將包括自己真實身份與一年後母親死訊在內的一切都告知了她，並覺得或許正是因為母親察覺到納比月歌不是自己真正的女兒，才會在海岸邊徘徊時因過于思念或是感到自暴自棄等緣故而不幸落難。不過，當母親知道此時的月歌是由軟軟（一直陪伴在小月歌家中的納比）所化身而成後，仍舊微笑著對月歌說，自己並不會為此而感到自暴自棄，月歌無需感到抱歉哦。而正是因為與納比月歌的相處，才讓陽向重新意識到了自己是如此深愛著女兒，並能夠有機會更好地表達對月歌的愛。「謝謝你來到我們家，謝謝你成為我的女兒」。月歌聽後再也抑制不住自己的感情，在母親的懷抱中失聲痛哭：
至此，過往與母親一起度過的回憶化作一幅幅彩色畫卷，永遠地存續在了月歌的心中。
